鉴定差异表达的外泌体lncRNA
筛选PDAC患者与健康个体血清外泌体中差异表达的lncRNA,以发现潜在的诊断生物标志物。
从5例PDAC患者和5例健康个体的血清中分离外泌体,提取RNA并进行lncRNA测序,筛选出在PDAC中显著上调的lncRNA,并通过RT-qPCR和FISH在更大样本中验证。
The LINC00623/NAT10 signaling axis promotes pancreatic cancer progression by remodeling ac4C modification of mRNA
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内小鼠模型和类器官模型等多层级验证,并进行了机制研究。
PDAC细胞系(BxPC-3、PANC-1) 患者来源的类器官(PDO)模型 皮下异种移植和转移小鼠模型 患者来源的异种移植(PDX)模型
PDAC细胞系BxPC-3和PANC-1用于体外功能实验 皮下注射5×10^6细胞建立异种移植瘤模型 通过尾静脉或脾内注射5×10^5细胞建立转移模型 ASO-LINC00623以10 nmol/次瘤内注射,每3天一次,治疗36天 使用SPSS 19.0和GraphPad Prism 6.0进行统计分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选PDAC患者与健康个体血清外泌体中差异表达的lncRNA,以发现潜在的诊断生物标志物。
从5例PDAC患者和5例健康个体的血清中分离外泌体,提取RNA并进行lncRNA测序,筛选出在PDAC中显著上调的lncRNA,并通过RT-qPCR和FISH在更大样本中验证。
验证LINC00623对PDAC细胞增殖、迁移、侵袭和上皮间质转化(EMT)的影响。
在BxPC-3和PANC-1细胞中敲低或过表达LINC00623,进行CCK-8、克隆形成、Transwell迁移和侵袭、伤口愈合实验,并通过Western blot检测EMT标志物。
验证LINC00623在体内促进肿瘤生长和转移的能力。
将敲低或对照的PDAC细胞皮下注射到裸鼠建立异种移植模型,或通过尾静脉和脾内注射建立转移模型,观察肿瘤生长和转移。
揭示LINC00623与NAT10及USP39的相互作用及其对NAT10蛋白稳定性的影响。
通过RNA pulldown、RIP和Co-IP实验验证LINC00623与NAT10及USP39的结合,并检测LINC00623对NAT10蛋白水平、泛素化水平及半衰期的影响。
识别NAT10介导的ac4C修饰的靶基因,并验证其对mRNA稳定性和翻译效率的影响。
在NAT10敲低细胞中进行RIP-seq、acRIP-seq、RNA-seq和Ribo-seq,整合分析筛选受NAT10调控的靶基因,并通过RT-qPCR和Western blot验证。
评估靶向LINC00623的抑制剂在PDX模型中的治疗效果。
建立PDX模型,瘤内注射ASO-LINC00623或对照ASO,监测肿瘤体积和重量,并通过组织病理学分析评估治疗效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | NCM | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green PCR试剂盒 | Toyobo | -- |
| ReverTra Ace qPCR反转录试剂盒 | Toyobo | -- | |
| 质粒构建 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL检测系统 | Tanon 5200 | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | Beyotime | -- |
| 抗NAT10抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271770 | |
| 抗USP39抗体 | Abcam | ab131244 | |
| 免疫组化 | 抗PCNA抗体 | Abcam | ab15497 |
| 抗NAT10抗体 | Abcam | ab194297 | |
| 抗Vimentin抗体 | Abcam | ab92547 | |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗N-cadherin抗体 | Abcam | ab76011 | |
| 抗LAMB3抗体 | Proteintech | 26795-1-AP | |
| 抗PHGDH抗体 | Proteintech | 14719-1-AP | |
| 抗KCNN4抗体 | Proteintech | 23271-1-AP | |
| 体外功能实验 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| 结晶紫 | Beyotime | -- | |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 3D类器官培养 | 胶原酶IV | STEMCELL | 7426 |
| IntestiCult类器官生长培养基 | STEMCELL | 06010 | |
| 外泌体分离 | exoRNeasy Midi试剂盒 | QIAGEN | 77144 |
| exoEasy Maxi试剂盒 | QIAGEN | 76064 | |
| 外泌体验证 | ZetaView PMX 110纳米颗粒分析仪 | Particle Metrix | -- |
| RIP | EZ-Magna RIP试剂盒 | Millipore | -- |
| RNA pulldown | 磁力RNA pull-down试剂盒 | Pierce | 20164 |
| IP | 蛋白A+G琼脂糖珠 | Thermo Scientific | 78610 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外功能实验 | 细胞系(BxPC-3和PANC-1)、转染方式(shRNA敲低或dCAS9-SAM过表达)、实验方法(CCK-8、克隆形成、Transwell、伤口愈合) 阅读提示:方法中的“体外功能实验”部分 |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(4-6周)、细胞注射数量(皮下5×10^6,尾静脉/脾内5×10^5)、观察时间(皮下4周,转移12周) 阅读提示:方法中的“体内功能实验”部分 |
| 类器官培养 | 组织来源(患者肿瘤)、胶原酶IV浓度(1.5 mg/mL)、基质胶(Matrigel)使用、生长培养基(IntestiCult)及添加剂(Y-27632、Primocin) 阅读提示:方法中的“3D类器官模型”部分 |
| 外泌体分离和验证 | 血清或培养基体积、试剂盒(exoRNeasy Midi Kit, exoEasy Maxi Kit)、外泌体特征(TEM、NTA、Western blot) 阅读提示:方法中的“外泌体分离”和“外泌体验证”部分 |
| 机制研究 | RNA pulldown、RIP、Co-IP实验条件、CHX和MG132处理浓度和时间 阅读提示:方法中的“RNA pulldown”、“RIP”和“IP”部分,以及结果图4图例 |
| 测序分析 | 样本处理(如NAT10敲低)、文库构建试剂盒、测序平台和分析软件版本 阅读提示:方法中的“RIP-seq”、“RNA-seq”、“acRIP-seq”和“Ribo-seq”部分 |
| PDX模型和治疗 | PDX建立方法、ASO-LINC00623剂量(10 nmol/次)、给药频率(每3天)、治疗时长(36天) 阅读提示:方法中的“体内功能实验”部分和结果图6图例 |