临床样本与公共数据集中ACSS2表达分析
验证ACSS2在MASH患者和公共队列中是否上调并与炎症相关。
分析HPA数据库、公共scRNA-seq数据、GSE89632和GSE59045数据集;对正常对照、MASLD和MASH患者肝组织切片进行ACSS2免疫组化染色。
ACSS2-KAT5 complex-driven histone crotonylation orchestrates a pro-inflammatory program to promote the transition from MASLD to MASH.
含患者肝组织、多种小鼠MASH模型、原代肝细胞与细胞系,并进行基因敲除/过表达、机制验证及药物干预
MASH患者肝组织样本(正常对照、MASLD、MASH) 肝细胞特异性Acss2敲除(Acss2-HKO)小鼠及Acss2-Flox对照小鼠 HFFD/MCD/CCL4诱导的MASH小鼠模型 MIHA、HEK293T、AML12细胞系及小鼠原代肝细胞
HFFD喂养16周,NCD为对照;Acss2-Flox与Acss2-HKO分组,n=6-8 AAV8尾静脉注射剂量5×10¹¹ VG/只,100 μL,随后HFFD 16周 ACSS2抑制剂25 mg/kg腹腔注射,每周3次,持续8周 Navitoclax 50 mg/kg口服灌胃,隔天一次,MCD最后2周 PA处理浓度与时间(剂量和时间依赖性实验)及CCL4 2 ml/kg腹腔注射,每周3次,共8周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ACSS2在MASH患者和公共队列中是否上调并与炎症相关。
分析HPA数据库、公共scRNA-seq数据、GSE89632和GSE59045数据集;对正常对照、MASLD和MASH患者肝组织切片进行ACSS2免疫组化染色。
验证ACSS2在饮食诱导MASH小鼠肝脏中是否上调。
用NCD或HFFD喂养小鼠,进行IHC和Western blot检测ACSS1/2/3蛋白水平。
验证PA是否剂量和时间依赖性上调ACSS2,以及ACSS2敲低对炎症因子的影响。
用不同浓度PA处理小鼠原代肝细胞和MIHA细胞,Western blot检测ACSS1/2/3;siRNA敲低ACSS2后qPCR检测Il-1、Il-6、Tnfα、Mcp1。
验证肝细胞ACSS2缺失是否减轻MASH进展。
构建Acss2-HKO小鼠,在HFFD、MCD和CCL4模型中评估肝脏表型、代谢指标、炎症、纤维化和衰老标志物。
验证恢复ACSS2表达是否加重HFFD诱导的MASH。
通过尾静脉注射AAV8-Acss2或AAV8-control,随后HFFD喂养16周,评估肝脏损伤、代谢和炎症指标。
揭示ACSS2驱动MASH的潜在机制。
对HFFD喂养的Acss2-Flox和Acss2-HKO小鼠肝脏进行RNA-seq,进行KEGG、GSEA和GO富集分析,筛选差异基因。
验证AIF1是否介导ACSS2对炎症和衰老的调控。
在PA处理的MIHA细胞和原代肝细胞中进行ACSS2和AIF1敲低/过表达,检测炎症因子和衰老标志物;在Acss2-HKO小鼠中通过AAV8过表达AIF1,评估表型逆转。
阐明ACSS2如何通过KAT5介导的组蛋白巴豆酰化调控AIF1转录。
LC-MS鉴定ACSS2相互作用蛋白,Co-IP、PLA和免疫荧光验证ACSS2-KAT5相互作用;ChIP-qPCR检测KAT5、H3K18cr和H3K27cr在AIF1启动子的富集;EMSA验证复合物与启动子结合;使用S267A/S267D突变体和U0126抑制ERK。
评估药理学抑制ACSS2对MASH的治疗潜力。
HFFD喂养8周后,随机给予ACSS2i(25 mg/kg)或vehicle腹腔注射,每周3次,继续HFFD 8周,评估代谢、肝脏损伤、炎症和衰老指标。
验证衰老肝细胞是否驱动ACSS2过表达诱导的MASH进展。
Acss2-Flox小鼠注射AAV8-Acss2后MCD喂养4周,最后2周口服Navitoclax(50 mg/kg,隔天一次),评估肝脏损伤、炎症和衰老。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 人肝组织免疫组化 | ACSS2单克隆抗体 | Proteintech | 16087-1-AP |
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基(DMEM) | Gibco | C11965500BT |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | 11330032 | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-010-1 A | |
| 青霉素-链霉素 | Biosharp | BL505A | |
| 动物模型 | 高脂饮食(60%脂肪) | Research Diets | D12492 |
| 细胞处理 | 棕榈酸 | Sigma‒Aldrich | P9767 |
| 牛血清白蛋白和无脂肪酸白蛋白(BSA) | BBI Co., Ltd. | 9048-46-8 | |
| 动物给药 | ACSS2抑制剂 | Selleck Chemicals | S8588 |
| 原代肝细胞分离 | IV型胶原酶 | Biosharp | BS165-1 g |
| Percoll细胞分离液 | Biosharp | BS909 | |
| 质粒转染 | Lipofectamine™ RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778150 |
| Lip2000转染试剂 | Biosharp | BL623D | |
| 质粒提取 | MolPure®无内毒素质粒大提试剂盒 | Yeasen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd. | 19036ES10 |
| 免疫组化 | DAB底物试剂盒 | ZSGB-BIO | ZLI-9019 |
| 流式细胞术 | Fc受体阻断剂 | BD Pharmingen | 553141 |
| CD45抗体 | BD Pharmingen | 557659 | |
| CD11b抗体 | BD Pharmingen | 562950 | |
| Ly6G抗体 | BD Pharmingen | 551460 | |
| 血清生化检测 | 天冬氨酸转氨酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C010-2-1 |
| 丙氨酸转氨酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C009-2-1 | |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A110-1-1 | |
| 血清细胞因子检测 | TNFα ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E04741m |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Ruixinbio | SYPM1543 | |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037A |
| 2×SP qPCR预混液 | Bioground | BG0014 | |
| EMSA | 核蛋白提取试剂盒 | Jiangsu KeyGEN Bio TECH | KGB5302-50 |
| 化学发光EMSA试剂盒 | Beyotime | GS009 | |
| Co-IP | Protein A/G PLUS琼脂糖珠 | Santa Cruz | sc-2003 |
| 抗DYKDDDDK磁珠 | GenScript | L00835-1 | |
| ChIP | SimpleChIP®酶法染色质IP试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9005 |
| ACSS2酶活检测 | 乙酰辅酶A ELISA试剂盒 | JINGMEI BIOTECHNOLOGY | JM‑11689M2 |
| 三磷酸腺苷 | Beyotime | D7378 | |
| 辅酶A | Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd | S35669 | |
| 醋酸钠 | Sigma | S8750 | |
| 动物给药 | Navitoclax(ABT-263) | Aladdin | A276560 |
| 羧甲基纤维素钠(CMC-Na) | Shanghai Winherb Medical Science Co., Ltd. | STL007-100g |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HFFD诱导MASH模型 | HFFD配方(60 kcal%脂肪,饮水中30%果糖)和喂养时长16周;NCD对照配方(D12450J);小鼠年龄8-10周,性别(雄/雌),每组n=6-8 阅读提示:Methods中MASH model小节及Fig. 2A图注 |
| AAV8介导的基因过表达 | AAV8血清型、剂量5×10¹¹ VG/只、尾静脉注射体积100 μL、注射后HFFD喂养16周;AAV8-Control对照 阅读提示:Methods中MASH model小节及Fig. 5A、Fig. 8A图注 |
| ACSS2抑制剂给药 | ACSS2i剂量25 mg/kg、腹腔注射、每周3次、持续8周;HFFD预喂养8周后开始给药;vehicle对照 阅读提示:Methods中MASH model小节及Fig. 7A图注 |
| Navitoclax清除衰老肝细胞 | Navitoclax剂量50 mg/kg、口服灌胃、隔天一次、MCD喂养最后2周;溶媒0.5% CMC-Na;MCD喂养4周 阅读提示:Methods中Navitoclax administration in MCD-fed mice小节及Fig. 8A图注 |
| PA处理细胞模型 | PA浓度和时间依赖实验的具体浓度与时间:文中未明确说明;PA处理时长24 h(代谢流分析);细胞类型(MIHA、原代肝细胞、AML12) 阅读提示:Fig. 1J图注、Methods中Metabolic flux analysis小节 |
| ChIP-qPCR检测AIF1启动子富集 | AIF1启动子区域−1199至−1100;抗体(KAT5、H3K18cr、H3K27cr、H3);IgG阴性对照;MIHA细胞Si-Acss2敲低 阅读提示:Fig. 6J-K图注及Results中对应段落 |