MI后心脏成纤维细胞亚群与时序特征分析
表征心肌损伤后出现的炎症性心脏成纤维细胞及其时间动态和转录特征。
利用小鼠MI后0、1、4、7、28天的snRNA-seq数据,对成纤维细胞富集簇(1、4、14、18)进行无监督亚聚类,鉴定五种成纤维细胞亚群并分析炎症基因表达。
TAK1 drives inflammatory fibroblast acquisition and shapes myocardial infarction responses in male mice.
包含snRNA-seq、体外原代心脏成纤维细胞功能与机制验证、TAK1条件性敲除小鼠MI和TAC模型及体内免疫细胞分析
TAK1fl/fl小鼠原代心脏成纤维细胞 Col1a2-CreERT:TAK1fl/fl成纤维细胞特异性TAK1敲除小鼠 非再灌注心肌梗死(MI)小鼠模型 横向主动脉缩窄(TAC)小鼠模型
TAK1fl/fl心脏成纤维细胞经Ad-CMV-iCre或Ad-CMV-LacZ转导,48 h后用于实验 配体刺激浓度:TGF-β 10 ng/ml、bFGF 20 ng/ml、IL-1β 15 ng/ml、TNF-α 10 ng/ml 体内TAK1敲除:他莫昔芬75 mg/kg腹腔注射5天,洗脱5天;或含他莫昔芬饲料约400 mg/kg diet 2周,洗脱1周 MI模型为永久性左冠状动脉结扎,术后1周和4周超声心动图;TAC仅纳入狭窄压差≥40 mmHg小鼠 免疫细胞流式:CD45pos、CD64posMHCIInegLy6Chigh/Ly6Clow单核细胞、CD45posCD64negLy6CintSSChigh中性粒细胞等设门策略
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征心肌损伤后出现的炎症性心脏成纤维细胞及其时间动态和转录特征。
利用小鼠MI后0、1、4、7、28天的snRNA-seq数据,对成纤维细胞富集簇(1、4、14、18)进行无监督亚聚类,鉴定五种成纤维细胞亚群并分析炎症基因表达。
比较IL-1β、TNF-α和TGF-β在心脏成纤维细胞中激活的信号通路,明确炎症与纤维化信号的差异。
分离成年小鼠心脏成纤维细胞,用IL-1β、TNF-α、TGF-β或bFGF刺激,免疫印迹检测NF-κB、p38、SAPK/JNK、SMAD3及肌成纤维细胞标志物。
确定TAK1是否传播心脏成纤维细胞中的炎症信号而不影响TGF-β-SMAD信号。
在TAK1fl/fl心脏成纤维细胞中通过Ad-CMV-iCre敲除TAK1,Ad-CMV-LacZ为对照,免疫印迹检测TNF-α、IL-1β或TGF-β刺激后的NF-κB、p38、SAPK/JNK和SMAD3激活。
验证TAK1对炎症性成纤维细胞标志物表达及分泌组的影响。
对TAK1缺失或对照心脏成纤维细胞进行配体刺激,免疫印迹检测iNOS、COX2、MMP3,SUnSET检测新合成分泌蛋白,多重蛋白阵列检测趋化因子/细胞因子,LC-MS/MS检测脂质介质。
验证TAK1调控的成纤维细胞分泌程序是否直接影响免疫细胞募集。
用IL-1β刺激的TAK1缺失或对照成纤维细胞条件培养基,在Transwell中对骨髓来源中性粒细胞进行趋化实验,流式计数迁移细胞。
确定成纤维细胞TAK1在体内对MI后心脏重塑、功能及免疫细胞募集的作用。
他莫昔芬诱导Col1a2-CreERT:TAK1fl/fl小鼠TAK1敲除,行永久性冠状动脉结扎诱导MI,系列超声心动图、组织学检测瘢痕和纤维化,流式检测心脏免疫细胞。
检验成纤维细胞TAK1信号在压力过载诱导的心脏重塑中是否必要。
fbTAK1+和fbTAK1–小鼠行TAC,系列超声心动图、重量分析、羟脯氨酸检测胶原、压力-容积环分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 他莫昔芬诱导TAK1敲除 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 含他莫昔芬饲料 | Envigo | TD.130859 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12 GlutaMax培养基 | Gibco | 10565018 |
| 胎牛血清 | VWR | 76324-888 | |
| 青霉素/链霉素/两性霉素B | Sigma | A5955 | |
| 胰岛素转铁蛋白硒(ITS-G) | Gibco | 41400045 | |
| 人碱性成纤维细胞生长因子 | Peprotech | 100-18B | |
| 配体刺激 | 转化生长因子β | PeproTech | 100-21 |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18 C | |
| 白细胞介素-1β | PeproTech | 200-01B | |
| 肿瘤坏死因子α | PeproTech | 300-01 A | |
| TAK1敲除 | 腺病毒CMV-iCre | Vector Biolabs | 1045 |
| TAK1敲除对照 | 腺病毒CMV-LacZ | Vector Biolabs | 1080 |
| SUnSET检测 | 嘌呤霉素 | Millipore | P8833 |
| Western blot | 抗嘌呤霉素抗体 | Millipore | MABE343 |
| 抗COL1A1抗体 | Thermo Fisher | PA5-29569 | |
| 抗骨膜蛋白抗体 | Millipore | ABT253 | |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling | 19245S | |
| 抗MMP3抗体 | Invitrogen | MA5-42477 | |
| 抗COX2抗体 | Cell Signaling | 12282 | |
| 抗iNOS抗体 | Millipore | 06-573 | |
| 抗TAK1抗体 | Cell Signaling | 5206 | |
| 抗磷酸化NF-κB p65抗体 | Cell Signaling | 3033 | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling | 8242 | |
| 抗磷酸化SAPK/JNK抗体 | Cell Signaling | 4668 | |
| 抗SAPK/JNK抗体 | Cell Signaling | 9252 | |
| 抗磷酸化p38抗体 | Cell Signaling | 4511 | |
| 抗p38抗体 | Cell Signaling | 8690 | |
| 抗IκBα抗体 | Cell Signaling | 9242 | |
| 抗磷酸化Smad3抗体 | Cell Signaling | 9520 | |
| 抗Smad3抗体 | Cell Signaling | 9523 T | |
| HRP标记抗兔IgG二抗 | Cell Signaling | 7074 | |
| HRP标记抗小鼠IgG二抗 | Cell Signaling | 7076 | |
| PVDF膜 | Cytiva | 10600021 | |
| Pierce ECL Plus免疫印迹底物 | Thermo Scientific | 32132 | |
| 组织学染色 | 直接红80 | Sigma | 365548 |
| 流式细胞术 | APC标记抗小鼠Ly6C抗体 | Biolegend | 128016 |
| BV421标记抗小鼠CD192/CCR2抗体 | Biolegend | 150605 | |
| PE标记抗小鼠CD64抗体 | Biolegend | 139304 | |
| PE-Cyanine7标记CD45单克隆抗体 | Thermo Fisher | 25-0451-82 | |
| FITC标记MHC II类I-Ab单克隆抗体 | Thermo Fisher | 11-5320-82 | |
| 组织消化 | II型胶原酶 | Worthington Biochemical | -- |
| 细胞分离 | Percoll梯度 | Sigma Aldrich | P4937 |
| 心脏成纤维细胞分离 | II型胶原酶 | Worthington | 46H16739 |
| 羟脯氨酸检测 | 羟脯氨酸检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK008 |
| RNA提取 | Qiagen RNeasy微量RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| RNA测序文库构建 | TruSeq链特异性mRNA文库构建试剂盒 | Illumina | 20020594 |
| 中性粒细胞分离 | 中性粒细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 成纤维细胞特异性TAK1敲除与MI模型 | 他莫昔芬给药途径、剂量和洗脱时间;MI手术方式;纳入标准(超声确认梗死)和24 h内死亡排除标准 阅读提示:Methods中“Mice and tamoxifen-induced fibroblast-specific TAK1 deletion”“Non-reperfused myocardial infarction”小节及Fig. 4a图注 |
| 体外配体刺激与TAK1敲除 | IL-1β 15 ng/ml、TNF-α 10 ng/ml、TGF-β 10 ng/ml、bFGF 20 ng/ml;Ad-CMV-iCre/LacZ转导后48 h;血清饥饿条件 阅读提示:Methods中“Primary cardiac fibroblast isolation and culture”小节 |
| 心脏免疫细胞流式分析 | 取材时间点(MI后2、3、5天);胶原酶II浓度1200 U/mL消化45 min;Percoll浓度30%;抗体克隆与设门策略;按湿重归一化 阅读提示:Methods中“Flow cytometry”小节及Fig. 5b图注 |
| 中性粒细胞趋化实验 | 条件培养基稀释比例10%、25%、50%;Transwell孔径5.0 μm;趋化3 h;输入对照设置 阅读提示:Methods中“Neutrophil chemotaxis”小节及Fig. 7d图注 |
| 超声心动图与TAC模型 | MI后1周和4周超声时间点;TAC狭窄压差≥40 mmHg纳入标准;Simpson法测量体积指标 阅读提示:Methods中“Echocardiography acquisition and analysis”“Transverse aortic constriction”小节 |