不同激活状态βarr1与Gα结合亲和力测定
验证βarr1是否与Gαs或Gαi1直接结合,以及双方激活状态对结合的影响
用MST测定纯化βarr1(全长基态、βarr1_ΔC活性构象集合态、V2Rpp结合态)与GDP或GTPγS结合的Gαs、Gαi1的结合亲和力
Functional and structural insights into interactions between β-Arrestin 1 and Gαs or Gαi1.
涵盖MST结合定量、HDX-MS界面分析、BODIPY-GTPγS、βXX释放、PLA及BRET细胞验证
纯化βarr1(全长、βarr1_ΔC、V2Rpp结合态) 纯化Gαs/Gαi1(GDP或GTPγS结合态、miniGα、GαAHD) HEK293S细胞(转染V2R,AVP刺激) ΔGαs细胞BRET传感体系
βarr1激活态采用C端截短βarr1_ΔC,并与全长及V2Rpp结合态比较 Gα激活态以GDP结合(无活性)或GTPγS结合(活性)制备 MST中标记βarr1 100 nM,20%激发功率、中等MST功率、25°C HDX-MS在D₂O中交换10、100、1000、10000 s,复合物摩尔比1:1和1:2 PLA中AVP刺激与未处理比较,统计采用非配对双尾t检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证βarr1是否与Gαs或Gαi1直接结合,以及双方激活状态对结合的影响
用MST测定纯化βarr1(全长基态、βarr1_ΔC活性构象集合态、V2Rpp结合态)与GDP或GTPγS结合的Gαs、Gαi1的结合亲和力
鉴定βarr1–Gα复合物形成相关的构象变化和潜在接触区域
将βarr1_ΔC与GTPγS结合的Gαs或Gαi1共孵育后进行HDX-MS,比较不同氘交换时间的肽段摄取变化
判断Gα的Ras样结构域和α螺旋结构域在βarr1结合中的作用
用miniGα(缺AHD)和分离的GαAHD,通过MST测定其与βarr1_ΔC的结合,并用HDX-MS分析结构域构建体的界面
验证βarr1结合是否改变Gαs或Gαi1的GDP/GTP周转
用BODIPY-FL–GTPγS监测GDP结合Gα在有无βarr1_ΔC时的荧光变化
验证Gαs或Gαi1是否影响βarr1激活状态
用bimane标记的Cys-free βarr1 G5W/D385C进行βXX释放实验,检测有无V2Rpp及不同Gα构建体时的荧光变化
验证内源Gαs与βarr1在细胞中的物理相互作用及AVP刺激的影响
在转染V2R的HEK293S细胞中进行PLA,比较AVP处理与未处理的PLA斑点
验证Gαs在细胞中是否促进βarr1的βXX释放
在ΔGαs细胞中共转染βarr1 BRET传感器、V2R和Gαs,检测基础及AVP刺激后的BRET变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| MST蛋白标记 | Monolith NT™ 蛋白标记试剂盒RED-马来酰亚胺第二代 | NanoTemper | -- |
| MST检测 | Monolith NT.115微量热泳动仪 | NanoTemper | -- |
| MST分析 | MO.Affinity Analysis软件v2.3 | -- | -- |
| 蛋白纯化 | Superdex 200(10/300)层析柱 | -- | -- |
| HiTrap Q层析柱 | GE Healthcare | -- | |
| SP层析柱 | GE Healthcare | -- | |
| Superdex 200 Increase 10/300 GL层析柱 | -- | -- | |
| HDX-MS酶解 | 固定化胃蛋白酶柱 | Life Technologies | -- |
| HDX-MS肽段富集 | C18 VanGuard捕集柱 | Waters | -- |
| HDX-MS肽段分离 | ACQUITY UPLC C18柱 | Waters | -- |
| HDX-MS质谱分析 | Xevo G2-XS四极杆飞行时间质谱仪 | Waters | -- |
| HDX-MS数据分析 | ProteinLynx Global Server 2.4 | Waters | -- |
| DynamX 3.0 | Waters | -- | |
| 核苷酸交换检测 | BODIPY-FL–GTPγS | Invitrogen | -- |
| 荧光检测 | Synergy Neo或Neo2酶标仪 | BioTek | -- |
| βXX释放实验标记 | 溴代bimane | -- | -- |
| βXX释放实验 | MicroFluor 96孔板 | -- | -- |
| PLA | Duolink®原位检测试剂绿色试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO92008 |
| 兔抗Gαs抗体 | Abcam | ab235959 | |
| 小鼠抗βarr1(ZA005)抗体 | Invitrogen | 39-5000 | |
| PLA成像 | Leica Thunder成像仪 | Leica | -- |
| Leica K8 sCMOS相机 | Leica | -- | |
| DFT51010滤光块 | Leica | 11525418 | |
| PLA图像分析 | FIJI | -- | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine™ 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| BRET实验 | 白色96孔板 | Greiner | 655083 |
| NanoLuc底物 | Promega | N1662 | |
| BRET检测 | CLARIOstar酶标仪 | BMG | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MST结合亲和力测定 | βarr1标记浓度100 nM、Gα系列稀释、GDP或GTPγS 20 μM、V2Rpp预孵育及维持浓度30 μM、温度25°C、MST功率 阅读提示:Methods中Microscale thermophoresis (MST)小节及Fig. 1图注 |
| HDX-MS | βarr1与G蛋白摩尔比1:1和1:2、室温孵育40 min、D₂O交换时间10/100/1000/10000 s、GTPγS或GDP 20 μM、淬灭条件 阅读提示:Methods中HDX-MS小节及补充数据1、2 |
| 结构域结合实验 | miniGα与GαAHD构建体边界(GαsAHD 68–192,Gαi1AHD 61–183)、MST条件 阅读提示:Methods中Gα、GαAHD和miniGα表达纯化小节及Fig. 3图注 |
| BODIPY-FL–GTPγS核苷酸交换 | BODIPY-FL–GTPγS 500 nM、Gα或复合物1.5 μM、激发485 nm/发射510 nm、每10 s记录共80 min、三次重复 阅读提示:Methods中BODIPY-FL–GTPγS assay小节及Fig. 4图注 |
| βXX释放实验 | βarr1 G5W/D385C 5 μM、Gα构建体15 μM、V2Rpp 50 μM、bimane标记条件、激发390 nm 阅读提示:Methods中β-arrestin βXX release assay小节及Fig. 5图注 |
| PLA细胞实验 | HEK293S细胞转染V2R、AVP刺激、抗体货号、视野计数与统计方法 阅读提示:Methods中Proximity ligation assay (PLA)小节及Fig. 6图注 |
| BRET实验 | ΔGαs细胞、每孔4×10⁴细胞、AVP 100 nM、NanoLuc底物1:1000、BRET检测窗口与20 min监测 阅读提示:Methods中Bioluminescence resonance energy transfer (BRET) assay小节及Fig. 6图注 |