DDD复合物重构
获得DDB1-DDA1-DET1复合物的结构信息
在Expi293F细胞中共转染DDB1、DDA1、DET1,串联亲和纯化后进行单颗粒冷冻电镜数据采集与三维重构
Cryo-EM structure of the human COP1-DET1 ubiquitin ligase complex.
含冷冻电镜结构解析、体外泛素化、pull-down、XL-MS、质谱鉴定及突变体验证等多个独立证据层级
Expi293F细胞共表达纯化的重组蛋白复合物 体外泛素化反应体系 负染电镜与冷冻电镜组装体
COP1-DDD复合物的冷冻电镜结构及分辨率(层1约4.33 Å、层2约4.23 Å) c-Jun或ETS2共表达诱导二聚体组装及凝胶过滤约700 kDa DET1与COP1、Ube2e2界面突变体pull-down结合验证 体外泛素化中Ube2d3与neddylated CULLIN4-RBX1对c-Jun多泛素化的作用 XL-MS鉴定的COP1-c-Jun交联主要位于COP1 WD40结构域
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得DDB1-DDA1-DET1复合物的结构信息
在Expi293F细胞中共转染DDB1、DDA1、DET1,串联亲和纯化后进行单颗粒冷冻电镜数据采集与三维重构
解析COP1与DDD及Ube2e2形成的组装状态
共转染GST-COP1与DDD质粒,串联纯化后进行冷冻电镜数据采集,分类得到DDD、DDD-E2、二聚体DDD-E2-COP1和堆叠组装体
验证结构解析的蛋白相互作用界面
构建DET1、COP1、Ube2e2界面残基突变体,进行共转染与体外正反向pull-down及western blot检测
检验底物结合是否诱导复合物由堆叠转为二聚体
将MBP-c-Jun或ETS2与DDD-Ube2e2-COP1共转染,串联纯化后经Superose 6凝胶过滤、负染电镜和冷冻电镜分析
确定Ube2e2与Ube2d3在c-Jun泛素化中的作用
以纯化的COP1-c-Jun、DET1-COP1-c-Jun或DDD-Ube2e2-COP1-c-Jun复合物,在含E1、泛素、ATP及不同E2和CULLIN4-RBX1条件下进行体外泛素化反应并用抗体检测
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体检测 | 抗MBP标签小鼠单克隆抗体 | Beyotime | AF2912 |
| 抗c-Jun兔单克隆抗体 | Beyotime | AF1612 | |
| 抗泛素抗体 | Abcam | ab134953 | |
| 抗GST标签小鼠单克隆抗体 | Yeason | 30901ES50 | |
| HRP偶联FLAG标签小鼠单克隆抗体 | Yeason | 30502ES60 | |
| HRP偶联山羊抗小鼠IgG | CWBIO | CW0102S | |
| HRP偶联山羊抗兔IgG | CWBIO | CW0103S | |
| 蛋白表达 | Expi293F细胞 | Thermo Fisher | A14527CN |
| 聚乙烯亚胺 | Biohub | 78PEI40000-1g | |
| 蛋白纯化 | 谷胱甘肽琼脂糖4B | Cytiva | 17075605 |
| 还原型谷胱甘肽 | Sangon | A600229-0050 | |
| Strep-Tactin琼脂糖树脂 | IBA | 2-1201-010 | |
| 脱硫生物素 | Sigma-Aldrich | D1411 | |
| MBP树脂 | NEB | E8021S | |
| pull-down实验 | GST磁珠 | Beyotime | P2253 |
| 交联质谱 | DSBU交联剂 | Thermo Fisher | A35459 |
| 蛋白表达 | 大肠杆菌Rosetta细胞 | AlpaLifeBio | KTSM106L |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 重组蛋白共表达与纯化 | 质粒组合与标签配置(His-DDB1、TSF-DET1、GST-COP1、无标签DDA1、MBP-Ube2e2 S76G-C139S、MBP-c-Jun);转染后1 mM丁酸钠处理及培养时间 阅读提示:Methods中Protein expression and purification小节 |
| DDD复合物冷冻电镜数据采集 | 样品浓度0.2 mg/ml、UltrAuFoil 1.2/1.3 300目载网、300 kV、能量过滤20 eV、像素0.85 Å、总剂量52.6 e-/Å2 阅读提示:Methods中Cryo-EM grid preparation and data acquisition小节 |
| COP1-DDD-Ube2e2组装体数据采集 | 样品浓度0.3或0.535 mg/ml、部分数据载物台倾斜10°、总剂量46.55/46.32/47.42/48.6 e-/Å2 阅读提示:Methods中Cryo-EM grid preparation and data acquisition与Cryo-EM data processing小节 |
| 体外泛素化实验 | 各组分浓度、缓冲液组成、37 °C 2 h反应、E2种类(Ube2e2 WT/C139S/C139A、Ube2d3)及CULLIN4-RBX1是否neddylated 阅读提示:Methods中In vitro ubiquitination assay小节及Fig. 5图注 |
| 交联质谱 | DDD-Ube2e2-COP1-c-Jun 0.5 μM与DSBU 0.1 mM、25 °C 40 min、酶切比例1:20、FDR 1% 阅读提示:Methods中Crosslinking mass spectrometry小节 |