人COP1-DET1泛素连接酶复合物的冷冻电镜结构

Cryo-EM structure of the human COP1-DET1 ubiquitin ligase complex.

作者信息Shan Wang, Fei Teng, Goran Stjepanovic, Feng Rao, Ming-Yuan Su
PMID41540009
发布时间2026-01-15
DOI10.1038/s41467-026-68375-7

实验完整度

高

含冷冻电镜结构解析、体外泛素化、pull-down、XL-MS、质谱鉴定及突变体验证等多个独立证据层级

主要模型

Expi293F细胞共表达纯化的重组蛋白复合物 体外泛素化反应体系 负染电镜与冷冻电镜组装体

重点核对

COP1-DDD复合物的冷冻电镜结构及分辨率(层1约4.33 Å、层2约4.23 Å) c-Jun或ETS2共表达诱导二聚体组装及凝胶过滤约700 kDa DET1与COP1、Ube2e2界面突变体pull-down结合验证 体外泛素化中Ube2d3与neddylated CULLIN4-RBX1对c-Jun多泛素化的作用 XL-MS鉴定的COP1-c-Jun交联主要位于COP1 WD40结构域

摘要

泛素修饰通过调节蛋白质稳定性和功能来调控基本细胞活动。从植物到人类均存在的泛素连接酶COP1在发育相关转录因子的泛素化中起关键作用。COP1既可独立发挥作用,也可通过DET1衔接蛋白整合入CULLIN4-RING泛素连接酶(CRL4)复合物。尽管具有重要生物学意义,COP1及含DET1复合物的结构与功能机制仍知之甚少。本文报道了人COP1与DDB1-DDA1-DET1及Ube2e2形成复合物的冷冻电镜结构,揭示了一种无活性的堆叠组装状态。与COP1底物(包括c-Jun或ETS2)共表达可破坏该构型,诱导构象重排为一种允许底物进入的独特二聚体状态。结构建模鉴定了COP1 WD40结构域的空间组织,即底物招募部位。DET1作为结构支架,桥接COP1与Ube2e2以启动底物上潜在的泛素添加,而DDB1招募CULLIN4-RBX1复合物以促进Ube2d3介导的泛素链延伸。这些结果揭示了CRL4DET1-COP1 E3连接酶复合物结构状态与其底物特异性激活机制之间的动态相互作用,为泛素化调控提供了机制见解,并为未来E3连接酶动力学研究奠定基础。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人CRL4DET1-COP1 E3连接酶复合物如何组装,以及如何识别底物并被底物激活?
核心机制
DET1作为支架桥接COP1与Ube2e2启动泛素添加,DDB1招募CULLIN4-RBX1促进Ube2d3介导泛素链延伸;底物结合诱导复合物由无活性堆叠状态转变为活性二聚体。
主要证据
冷冻电镜解析DDB1-DDA1-DET1、COP1-DDD-Ube2e2堆叠及二聚体结构,结合负染电镜、凝胶过滤、XL-MS、质谱和pull-down突变体验证,以及体外泛素化实验。
研究意义
揭示了CRL4DET1-COP1复合物的动态结构互作与底物特异性激活机制,为泛素化调控和E3连接酶动力学研究提供机制基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

DDD复合物重构

获得DDB1-DDA1-DET1复合物的结构信息

在Expi293F细胞中共转染DDB1、DDA1、DET1,串联亲和纯化后进行单颗粒冷冻电镜数据采集与三维重构

2

COP1-DDD-Ube2e2组装体结构解析

解析COP1与DDD及Ube2e2形成的组装状态

共转染GST-COP1与DDD质粒,串联纯化后进行冷冻电镜数据采集,分类得到DDD、DDD-E2、二聚体DDD-E2-COP1和堆叠组装体

3

DET1-COP1与DET1-Ube2e2界面突变验证

验证结构解析的蛋白相互作用界面

构建DET1、COP1、Ube2e2界面残基突变体,进行共转染与体外正反向pull-down及western blot检测

4

底物诱导的构象转变验证

检验底物结合是否诱导复合物由堆叠转为二聚体

将MBP-c-Jun或ETS2与DDD-Ube2e2-COP1共转染,串联纯化后经Superose 6凝胶过滤、负染电镜和冷冻电镜分析

5

体外泛素化验证E2分工

确定Ube2e2与Ube2d3在c-Jun泛素化中的作用

以纯化的COP1-c-Jun、DET1-COP1-c-Jun或DDD-Ube2e2-COP1-c-Jun复合物,在含E1、泛素、ATP及不同E2和CULLIN4-RBX1条件下进行体外泛素化反应并用抗体检测

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
抗MBP标签小鼠单克隆抗体BeyotimeAF2912
抗c-Jun兔单克隆抗体BeyotimeAF1612
抗泛素抗体Abcamab134953
抗GST标签小鼠单克隆抗体Yeason30901ES50
HRP偶联FLAG标签小鼠单克隆抗体Yeason30502ES60
HRP偶联山羊抗小鼠IgGCWBIOCW0102S
HRP偶联山羊抗兔IgGCWBIOCW0103S
Expi293F细胞Thermo FisherA14527CN
聚乙烯亚胺Biohub78PEI40000-1g
谷胱甘肽琼脂糖4BCytiva17075605
还原型谷胱甘肽SangonA600229-0050
Strep-Tactin琼脂糖树脂IBA2-1201-010
脱硫生物素Sigma-AldrichD1411
MBP树脂NEBE8021S
GST磁珠BeyotimeP2253
DSBU交联剂Thermo FisherA35459
大肠杆菌Rosetta细胞AlpaLifeBioKTSM106L

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
重组蛋白共表达与纯化
质粒组合与标签配置(His-DDB1、TSF-DET1、GST-COP1、无标签DDA1、MBP-Ube2e2 S76G-C139S、MBP-c-Jun);转染后1 mM丁酸钠处理及培养时间
阅读提示:Methods中Protein expression and purification小节
DDD复合物冷冻电镜数据采集
样品浓度0.2 mg/ml、UltrAuFoil 1.2/1.3 300目载网、300 kV、能量过滤20 eV、像素0.85 Å、总剂量52.6 e-/Å2
阅读提示:Methods中Cryo-EM grid preparation and data acquisition小节
COP1-DDD-Ube2e2组装体数据采集
样品浓度0.3或0.535 mg/ml、部分数据载物台倾斜10°、总剂量46.55/46.32/47.42/48.6 e-/Å2
阅读提示:Methods中Cryo-EM grid preparation and data acquisition与Cryo-EM data processing小节
体外泛素化实验
各组分浓度、缓冲液组成、37 °C 2 h反应、E2种类(Ube2e2 WT/C139S/C139A、Ube2d3)及CULLIN4-RBX1是否neddylated
阅读提示:Methods中In vitro ubiquitination assay小节及Fig. 5图注
交联质谱
DDD-Ube2e2-COP1-c-Jun 0.5 μM与DSBU 0.1 mM、25 °C 40 min、酶切比例1:20、FDR 1%
阅读提示:Methods中Crosslinking mass spectrometry小节