患者数据集分析与LILRB1表达验证
确定LILRB1表达与MM患者预后及侵袭性行为的相关性。
分析Zhan、Carrasco、Broyl、MMRF等MM患者数据集,比较不同预后、分期、复发状态和细胞遗传学风险组中LILRB1表达;通过Western blot和流式细胞术检测MM细胞系和原代患者样本中LILRB1蛋白表达。
Leukocyte immunoglobulin-like receptor B1 (LILRB1) protects human multiple myeloma cells from ferroptosis by maintaining cholesterol homeostasis.
包含患者数据集分析、多种MM细胞系体外实验、原代MM患者样本、NSG小鼠体内模型及机制验证(co-IP、LC-MS/MS、代谢物检测)
人MM细胞系ARP-1、MOLP-8、MM.1R等 原代MM患者样本 NSG小鼠尾静脉注射MM细胞模型
LILRB1敲低(shRNA #1和#3混合)或过表达后,MM细胞在体外对铁死亡诱导剂(RSL3、FIN56、erastin、AA)的敏感性和脂质过氧化水平 NSG小鼠尾静脉注射2×10^6个 luciferase表达CTR-KD或LILRB1-KD ARP-1(雄性)或MOLP-8(雌性)细胞,监测肿瘤负荷和生存 ferroptosis抑制剂liproxstatin-1(15 mg/kg,腹腔注射,每日)对LILRB1-KD MM-bearing小鼠肿瘤进展的逆转作用 LILRB1与LDLRAP1/LDLR的相互作用通过co-IP(内源和外源表达系统)和免疫荧光共定位验证 LDL/胆固醇摄取通过流式细胞术(pHrodo Red-LDL)、荧光微板读取细胞外/内胆固醇浓度检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定LILRB1表达与MM患者预后及侵袭性行为的相关性。
分析Zhan、Carrasco、Broyl、MMRF等MM患者数据集,比较不同预后、分期、复发状态和细胞遗传学风险组中LILRB1表达;通过Western blot和流式细胞术检测MM细胞系和原代患者样本中LILRB1蛋白表达。
验证LILRB1在MM体内发展中的作用。
在ARP-1和MOLP-8细胞中敲低LILRB1,在MM.1R细胞中过表达LILRB1,尾静脉注射入NSG小鼠,监测肿瘤负荷、骨髓浸润和生存。
确定LILRB1是否保护MM细胞免受铁死亡。
用铁死亡诱导剂RSL3、FIN56、erastin、AA或谷氨酰胺剥夺处理CTR-KD和LILRB1-KD MM细胞,检测脂质过氧化和细胞死亡;用铁死亡抑制剂Fer-1或DFO验证;在原代MM患者样本中检测LILRB1表达与脂质ROS的关系。
鉴定LILRB1在MM细胞中的新型相互作用蛋白并验证其在LDL摄取中的作用。
用抗LILRB1或抗IgG抗体进行co-IP,LC-MS/MS鉴定相互作用蛋白;co-IP验证LILRB1与LDLRAP1和LDLR的结合;免疫荧光检测共定位;流式细胞术和免疫荧光检测LDL摄取;检测细胞外和细胞内胆固醇浓度。
探究LILRB1缺失后胆固醇合成途径的变化及对角鲨烯的影响。
Western blot检测SQLE和HMGCR表达;用胆固醇合成途径抑制剂(simvastatin、terbinafine、NB598)处理细胞;HPLC-MS检测角鲨烯水平;ELISA检测CoQ10;13C6-葡萄糖同位素示踪分析角鲨烯和CoQ10合成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 原代MM细胞分离 | Ficoll-Paque PREMIUM密度梯度离心液 | Cytiva | 17544202 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | MilliporeSigma | R8758 |
| 动物饲养 | Teklad辐照全球无大豆蛋白挤压啮齿动物饲料 | inotivco | 2920X |
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion三合一质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| Dionex UltiMate 3000二元RSLCnano系统 | Thermo Scientific | -- | |
| Western blot | 抗FLAG抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig; 20543-1-AP |
| 抗LDLR抗体 | Proteintech | 10785-1-AP | |
| 抗LDLRAP1抗体 | Proteintech | 66932-2-Ig | |
| 抗APOB抗体 | Proteintech | 20578-I-AP | |
| 抗APOE抗体 | Proteintech | 66830-I-Ig | |
| 抗HMGCR抗体 | Proteintech | 13533-1-AP | |
| 抗His抗体 | Proteintech | 10001-0-AP; 66005-1-Ig | |
| LILRB1/CD85j兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 78144 | |
| 抗LILRB1抗体 | Abcam | ab238145 | |
| 抗SQLE抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271651 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32233 | |
| 抗小鼠二抗 | Cytiva | NA9311ML | |
| 抗兔二抗 | Cytiva | NA9341ML | |
| 免疫共沉淀 | 抗FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 |
| 免疫荧光 | 抗LDLR抗体 | R&D | AF2148 |
| 抗LDLRAP1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-514263 | |
| 驴抗山羊二抗 | Invitrogen | A32849 | |
| 驴抗小鼠二抗 | Invitrogen | A32773 | |
| 驴抗兔二抗 | Invitrogen | A-21206 | |
| 流式细胞术 | APC标记Annexin V | BioLegend | 640941 |
| APC抗人CD85j抗体 | BioLegend | 333720 | |
| APC小鼠IgG2b, κ同型对照抗体 | BioLegend | 400322 | |
| PE抗人CD85j抗体 | BioLegend | 333708 | |
| PE小鼠IgG2b, κ同型对照抗体 | BioLegend | 400314 | |
| APC抗人CD138抗体 | BioLegend | 352308 | |
| PE抗人CD138抗体 | BioLegend | 352306 | |
| PE抗Apo E抗体 | BioLegend | 803405 | |
| MTS检测 | MTS检测试剂盒 | Promega | -- |
| 细胞死亡检测 | 碘化丙啶溶液 | -- | -- |
| HPLC-MS检测角鲨烯 | Thermo Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- |
| Fortis SpeedCore PFP色谱柱 | Fortis | -- | |
| Thermo Orbitrap Fusion Lumos三合一质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 665/676脂质过氧化传感器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| BODIPY 581/591 C11脂质过氧化传感器 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 脂质过氧化(MDA)检测试剂盒 | Abcam | ab233471 | |
| 去蛋白样本制备试剂盒 | Abcam | ab204708 | |
| LDL摄取检测 | pHrodo Red标记LDL | Thermo Fisher Scientific | L34356 |
| 胆固醇浓度检测 | 总胆固醇检测试剂盒 | CELL BIOLABS, INC. | STA-390 |
| CoQ10检测 | 人辅酶Q10 ELISA试剂盒 | Novus | NBP3-21147 |
| Western blot | NuPAGE 4–12% Bis-Tris蛋白凝胶 | Invitrogen | -- |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | -- | |
| Bradford蛋白浓度测定试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞培养 | ANBL-6细胞系 | MilliporeSigma | SCC429 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| LILRB1敲低/过表达MM细胞体内模型 | 细胞系(ARP-1、MOLP-8、MM.1R)、注射细胞数(2×10^6)、注射途径(尾静脉)、小鼠性别(ARP-1雄性,MOLP-8/MM.1R雌性)、NSG小鼠周龄(6-8周)、终点指标(后肢瘫痪) 阅读提示:Methods 'MM mouse models'小节及Fig. 2图注 |
| 铁死亡诱导剂处理体外实验 | RSL3浓度(400 nM)和处理时间(脂质过氧化4h,细胞死亡10h)、FIN56浓度(15 µM)和时间(18h/24h)、AA浓度(75 µM)和时间(4h/10h)、erastin浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Fig. 3图注及Methods 'Detection of cell death'小节 |
| LDL/胆固醇摄取检测 | 无FBS培养24h、pHrodo Red-LDL稀释比例(1:500)和孵育时间(2h)、LDL浓度梯度(0、15、30、45 µg/ml)、胆固醇浓度梯度(0、5、10、20 µM) 阅读提示:Methods 'LDL uptake assay by labeled LDL and flow cytometry'和'Detection of extracellular and intracellular LDL/cholesterol'小节及Fig. 4、Fig. 5图注 |
| Co-IP与LC-MS/MS鉴定LILRB1相互作用蛋白 | 使用抗体(抗LILRB1或抗IgG)、细胞裂解液来源(ARP-1)、质谱仪器型号和数据分析参数(FDR 1% strict/5% relaxed) 阅读提示:Methods 'Mass spectrum analysis'小节及Fig. 4图注 |
| 角鲨烯和CoQ10检测 | HPLC-MS色谱柱(Fortis SpeedCore PFP)、流动相、流速(300 mL/min)、质谱监测离子(squalene 411.3985 m/z, squalene-d6 417.4362 m/z)、同位素示踪13C6-葡萄糖孵育24h 阅读提示:Methods 'Analysis of squalene by HPLC-MS'和'Analysis of Squalene and CoQ10 by UHPLC-HRMS'小节及Fig. 7图注 |