代谢小分子化合物筛选
筛选能抑制胶质瘤细胞诱导的巨噬细胞迁移的脑渗透性代谢化合物。
用55种代谢重编程小分子化合物(10 μM)处理CT2A细胞,收集条件培养基进行Raw264.7迁移实验;对24种有效化合物在5 μM下进行第二轮筛选。
Lactate dehydrogenase A regulates tumor-macrophage symbiosis to promote glioblastoma progression.
含体外细胞系、原代巨噬细胞、GSC、小鼠原位模型、PDX及患者样本多层级,并有遗传与药理功能验证
小鼠胶质瘤细胞系CT2A和GL261 人胶质瘤干细胞GSC272与小鼠005 GSC C57BL/6及裸鼠颅内原位移植瘤模型 胶质母细胞瘤患者肿瘤与血浆样本
LDHA敲低(shLdha)或抑制剂stiripentol(10 μM)、FX11(8 μM)处理后CM对巨噬细胞迁移的影响 2-DG(10 mM)处理胶质瘤细胞后CM对Raw264.7、BMDM、THP-1迁移的影响 CCL2/CCL7重组蛋白(10 ng/ml)及shCcl2/shCcl7对巨噬细胞迁移的作用 stiripentol 150 mg/kg腹腔注射隔日给药对原位荷瘤小鼠生存的影响 YAP1/STAT3 ChIP-PCR与verteporfin(1 μM)、WP1066(10 μM)对CCL2/CCL7的调控
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能抑制胶质瘤细胞诱导的巨噬细胞迁移的脑渗透性代谢化合物。
用55种代谢重编程小分子化合物(10 μM)处理CT2A细胞,收集条件培养基进行Raw264.7迁移实验;对24种有效化合物在5 μM下进行第二轮筛选。
验证胶质瘤细胞糖酵解及LDHA在触发巨噬细胞迁移中的作用。
用2-DG、stiripentol、FX11处理或shLdha敲低CT2A、GL261、GSC272、005 GSC,收集CM进行transwell和划痕实验,检测多种巨噬细胞迁移。
确定LDHA调控的介导巨噬细胞招募的趋化因子。
结合RNA-seq、TCGA数据与分泌蛋白数据集筛选候选基因,用RT-qPCR、ELISA和重组蛋白验证CCL2和CCL7。
阐明LDHA调控CCL2/CCL7的转录机制。
GSEA筛选通路,免疫印迹检测P-ERK、YAP1、P-STAT3,使用ravoxertinib、verteporfin、WP1066及ChIP-PCR验证YAP1/STAT3与Ccl2/Ccl7启动子结合。
验证巨噬细胞通过含LDHA的EVs促进胶质瘤细胞糖酵解和存活。
用胶质瘤CM教育巨噬细胞(EMφ),分离EVs,检测LDHA传递、ECAR、细胞周期、凋亡及ERK-YAP1/STAT3-CCL2/CCL7信号。
评估抑制LDHA介导的共生对肿瘤生长、巨噬细胞浸润和生存的影响。
原位移植shLdha或对照细胞,使用stiripentol、isosafrole、BLZ945、WP1066处理,建立PDX及LDHA-mKO小鼠,检测生存、巨噬细胞和信号。
验证LDHA-YAP1/STAT3-CCL2/CCL7轴与患者巨噬细胞密度的关系。
对30例胶质母细胞瘤肿瘤进行LDHA与Mac-2免疫荧光,检测54例患者血浆LDHA、CCL2、CCL7及血浆EVs中LDHA。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 司替戊醇 | MCE MedChemExpress | HY-103392 |
| BLZ945 | Selleck Chemicals | S7725 | |
| WP1066 | Selleck Chemicals | S2796 | |
| 立体定位仪 | RWD Life Science | 68513 | |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | 11995-065 |
| 胎牛血清 | Fisher Scientific | 16140071 | |
| 抗生素-抗真菌剂 | Gibco | 15140-122 | |
| DMEM-Ham's F12培养基 | Gibco | 10565-018 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 22400-089 | |
| 神经干细胞增殖培养基 | Millipore | SCM005 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| 原代BMDM分离 | Ficoll密度梯度分离液 | Sigma Aldrich | 17-5442-02 |
| CD34磁珠 | Miltenyi | 130-100-453 | |
| 质粒转染 | 聚凝胺 | Millipore | TR-1003-G |
| 嘌呤霉素 | Millipore | 540411 | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 07-200-149 |
| 结晶紫 | Sigma | C-3886 | |
| 代谢化合物筛选 | 中枢神经系统渗透性化合物库 | MCE MedChemExpress | HY-L028 |
| 代谢检测 | 糖酵解检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK439 |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 | |
| ELISA | 人LDHA检测试剂盒 | Biomatik | EKE60382 |
| 人CCL2检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | RAB0054 | |
| 人CCL7检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | RAB0078 | |
| 小鼠CCL2检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | RAB0055 | |
| 小鼠CCL7检测试剂盒 | Invitrogen | BMS6006INST | |
| EV分离 | SmartSEC单细胞外囊泡分离系统 | System Biosciences | SSEC200A-1 |
| EV内化 | DiD荧光染料 | Biotium | 60014 |
| 免疫荧光 | DAPI抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1200-10 |
| 流式分析 | 可固定活力染料 | Invitrogen | 5211229035 |
| CD63外泌体捕获磁珠 | Abcam | ab239686 | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | 89901 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Millipore | 11697498001 | |
| SDS-PAGE凝胶 | GenScript | M00652 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1704270 | |
| LDHA抗体 | CST | 2012 | |
| YAP1抗体 | CST | 14074 S | |
| 磷酸化STAT3抗体 | CST | 9145 S | |
| RT-qPCR | RNeasy微型RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| SYBR Green PCR预混液 | Bio-Rad | 1725275 | |
| ChIP-PCR | Pierce磁珠染色质免疫沉淀试剂盒 | ThermoFisher | 26157 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 代谢化合物筛选 | 化合物浓度(初筛10 μM、复筛5 μM)、处理及CM收集时间、Raw264.7迁移实验重复数 阅读提示:Results 第1节及 Fig. 1d, e;Methods 'Metabolic compound screen' |
| 巨噬细胞迁移实验 | 巨噬细胞接种数量(Raw264.7与BMDM 1×10^4,THP-1 5×10^5)、迁移时间(8或16小时)、Transwell孔径5.0 μm 阅读提示:Methods 'Migration assay' 及 Fig. 1、Fig. 2、Fig. 3 图注 |
| LDHA抑制剂处理 | stiripentol 10 μM、FX11 8 μM、2-DG 10 mM的处理时长与CM收集流程 阅读提示:Results 第2节及 Fig. 2、Fig. 3 图注;Methods 'Cell culture' CM收集描述 |
| YAP1/STAT3机制验证 | verteporfin 1 μM、WP1066 10 μM、ravoxertinib浓度(文中未明确说明)、ChIP-PCR样本数n=4 阅读提示:Results 第4节及 Fig. 4 图注;Methods 'ChIP-PCR' |
| 体内药理实验 | stiripentol 150 mg/kg i.p.隔日给药起始天数与剂量数、BLZ945 200 mg/kg、WP1066 60 mg/kg、每组小鼠数量 阅读提示:Methods 'Mice and intracranial xenograft tumor models' 及 Fig. 6、Supplementary Fig. S13 图注 |
| 患者样本分析 | 肿瘤样本n=30、血浆胶质母细胞瘤n=54、脑膜瘤n=15、健康对照n=10及纳入标准 阅读提示:Methods 'Patient samples' 及 Fig. 7 图注 |