CRC模型中截短APC表达的确认
验证所用细胞系、类器官及小鼠模型表达截短APC及其与β-catenin稳定的关系
对小鼠细胞系YAMC、IMCE、IMCE βcat和人细胞系HCT116Δ、HCT116、SW480、DLD1、HT29及患者来源类器官裂解液行Western blot,检测截短APC、βcat及β-actin/GAPDH
Mutant APC reshapes Wnt signaling plasma membrane nanodomains by altering cholesterol levels via oncogenic β-catenin.
含小鼠结肠细胞系、人CRC细胞系、类器官、小鼠肠道模型及果蝇模型,并行功能与机制验证
小鼠结肠上皮细胞系YAMC、IMCE及IMCE βcat 人结直肠癌细胞系HCT116、HCT116Δ、SW480、DLD1、HT29 患者来源结肠类器官及CRISPR编辑APC类器官 CDX2P-CreERT2×Lgr5-EGFP-CreERT2-Apc小鼠(GC、AGC、AfGC) 果蝇肠道模型
IMCE(Apc 850/+)与YAMC(Apc +/+)等细胞的游离胆固醇filipin III荧光定量,n=3独立生物学重复 GPMV相分离温度Tmisc测定:YAMC 20.0°C,IMCE 27.6°C,IMCE βcat 28.4°C,DLD1 28.3°C,HT29 25.3°C FLIM-FRET检测D4H/tH、LRP6、Fzd7、Dvl1等相互作用,Wnt3a刺激30 min,MβCD 10 mM 30 min、mevastatin 5 µM 24 h STORM超分辨成像分析类器官及小鼠结肠细胞中Fzd7/LRP6/Dvl1簇面积与密度 果蝇喂食0.3%、0.03%、0.003%及0%胆固醇饮食5天,esg-Gal4TS驱动hLRP6/hFzd7表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证所用细胞系、类器官及小鼠模型表达截短APC及其与β-catenin稳定的关系
对小鼠细胞系YAMC、IMCE、IMCE βcat和人细胞系HCT116Δ、HCT116、SW480、DLD1、HT29及患者来源类器官裂解液行Western blot,检测截短APC、βcat及β-actin/GAPDH
检验致癌性APC是否升高质膜游离胆固醇
对完整细胞、GPMV、小鼠结肠隐窝、Lgr5+干细胞及类器官行filipin III染色,用成像流式与共聚焦定量;并用Amplex Red法测总胆固醇
解析致癌性APC扰动的胆固醇稳态分子通路
对YAMC、IMCE、IMCE βcat细胞及AGC/AfGC小鼠隐窝和36例人配对样本行bulk RNA-Seq、GSEA与差异表达分析,并用Western blot验证蛋白水平
验证胆固醇摄取相关基因变化的功能相关性
将YAMC、IMCE、IMCE βcat在脂蛋白剥夺血清条件下培养24 h或72 h,用filipin III与流式检测质膜胆固醇变化
在体内和患者来源模型中验证质膜稳态失调
对GC、AGC、AfGC小鼠结肠隐窝、GPMV、Lgr5+干细胞及患者来源类器官行filipin III与Di-4染色,定量游离胆固醇与膜有序性
检验致癌性APC对Wnt受体、脂质与效应分子相互作用及纳米簇的影响
在YAMC、IMCE、IMCE βcat中共表达EGFP/mCherry标记的D4H、tH、Lypd6、LRP6、Fzd7、PLC-δ1、Dvl1,行FLIM-FRET;并用STORM与Voronoi/DBSCAN分析类器官和小鼠结肠细胞中受体簇
检验游离胆固醇单独是否足以重塑Wnt受体组织并激活Wnt信号
果蝇喂食不同浓度胆固醇饮食,在肠道干/祖细胞中表达hLRP6/hFzd7并行FLIM-FRET;用3T3 LL报告细胞和TCF-LacZ果蝇检测βcat/Wnt活性
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 小鼠诱导 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | ThermoFisher | 21870076 |
| GlutaMAX-I | ThermoFisher | 35050061 | |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30070.03 | |
| ITS通用培养添加剂 | Corning | 354351 | |
| 青霉素-链霉素 | ThermoFisher | 15140148 | |
| 干扰素-γ | Sigma | 11276905001 | |
| 高糖RPMI-1640 | ATCC | 30-2001 | |
| McCoy's 5A培养基 | Sigma | M8403 | |
| DMEM培养基 | ThermoFisher | 10569010 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | ThermoFisher | L3000001 | |
| OPTI-MEM培养基 | ThermoFisher | 31985070 | |
| 胆固醇调控 | 甲基-β-环糊精-胆固醇复合物 | Sigma-Aldrich | C4951 |
| GPMV制备 | 菲律宾菌素III | Sigma | SAE0087 |
| GPMV相分离 | FAST DiI | ThermoFisher | D7756 |
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning | 356231 |
| Advanced DMEM/F12 | Gibco | 12634010 | |
| 表皮生长因子 | Life Technologies | PHG0311 | |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | Sigma | A9165 | |
| N2添加剂 | Life Technologies | 17502-048 | |
| B27添加剂 | Life Technologies | 12587-010 | |
| [Leu15]-胃泌素1 | Sigma | G9020 | |
| 烟酰胺 | Sigma | N3376 | |
| A83-01 | Tocris | 2939 | |
| SB202190 | Sigma | S7067 | |
| primocin | Invivogen | ant-pm | |
| Y-27632 | Sigma | Y0503 | |
| 人Noggin | PeproTech | 120-10C | |
| 干细胞分选 | 活细胞成像液 | ThermoFisher | A14291DJ |
| 膜刚性检测 | Di-4-ANEPPDHQ | ThermoFisher | D36802 |
| Western blot | 抗APC抗体(小鼠) | EMD Millipore | OP44 |
| 抗APC抗体(人) | Abcam | ab40778 | |
| 抗Abca1抗体 | Cell Signaling | 96292 | |
| 抗Abcg1抗体 | Abcam | ab52617 | |
| 抗Lrp8抗体 | Invitrogen | PA1-16913 | |
| 抗Scarf1抗体 | Invitrogen | PA5-115870 | |
| 抗β-catenin抗体 | BD Biosciences | 610154 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc-365062 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling | 4970S | |
| ECL底物 | Bio-Rad | -- | |
| STORM成像 | 抗LRP6抗体 | R and D Systems | MAB2960 |
| 抗LRP6-AF647抗体 | R and D Systems | FAB1505R | |
| 抗Fzd7抗体 | R and D Systems | MAB1981-100 | |
| 抗Fzd7-AF647抗体 | R and D Systems | FAM1981R | |
| 抗Dvl1-AF647抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8025 AF647 | |
| 驴抗大鼠CF568二抗 | Biotium | 20092 | |
| 半胱胺 | Sigma | 30070 | |
| 葡萄糖氧化酶 | Sigma | G2133 | |
| 过氧化氢酶 | Sigma | C40 | |
| siRNA敲低 | Accell siRNA递送培养基 | Horizon Discovery | B-005000-500 |
| Accell小鼠Fzd7 siRNA | Horizon Discovery | E-041631-00-0005 | |
| Accell小鼠LRP6 siRNA | Horizon Discovery | E-040651-00-0005 | |
| 非靶向siRNA SMARTpool | Horizon Discovery | D-001910-10-05 | |
| 免疫染色 | 山羊抗大鼠AF647二抗 | Invitrogen | A21247 |
| Wnt活性检测 | 荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1500 |
| 细胞培养 | 多聚-D-赖氨酸 | Gibco | A3890401 |
| 8孔玻底载玻片 | Cellvis | C8-1.5H-N | |
| 质粒构建 | pUASt-attp质粒 | DGRC | 1419 |
| 果蝇饲养 | 胆固醇 | Sigma | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型诱导 | 他莫昔芬剂量100 mg/kg、腹腔注射连续4天;AGC 10周、AfGC/GC 3周终止;每组n=4(RNA-Seq)或3–15只(成像) 阅读提示:Methods 'Mice genetics, husbandry, diet, and study design'及Fig. 4B实验设计 |
| 细胞系与培养条件 | YAMC/IMCE/IMCE βcat于33°C、5% CO2、含10% IFN-γ的完全RPMI-1640培养;人CRC细胞37°C培养;HT29用McCoy's 5A 阅读提示:Methods 'Cell culture' |
| 胆固醇与膜刚性检测 | filipin III 50 µg/mL冰上45 min;Di-4 5 µM(共聚焦)或1 µM(流式);GPMV诱导缓冲液25 mM PFA、2 mM DTT,37°C 2 h 阅读提示:Methods 'In cellulo free cholesterol measurement via Filipin III microscopy'、'GPMV'及'Di4 microscopy' |
| FLIM-FRET相互作用检测 | Wnt3a条件培养基30 min;MβCD 10 mM 30 min;mevastatin 5 µM 24 h;PAO 20 µM 30 min;每条件10–15视野 阅读提示:Fig. 5–7图注及Methods 'FLIM-FRET' |
| STORM纳米簇分析 | 簇分析最大距离50 nm、最少10个分子;STORM最大宽度400 nm;每条件n=50–2274 ROI 阅读提示:Methods 'STORM'及Fig. 8图注 |
| 果蝇胆固醇喂养与Wnt报告 | 胆固醇饮食0.3%、0.03%、0.003%、0%;5日龄雌蝇喂食5天;29°C诱导2天(FRET)或5天(报告基因) 阅读提示:Methods 'Drosophila stocks and husbandry'、'Conditional expression of UAS-linked transgenes' |