减毒病毒构建与体外验证
构建携带Nsp1-K164A/H165A等减毒修饰的SARS-CoV-2,并验证其体外减毒特性。
在WA1/2020基因组基础上删除furin切割位点PRRA、删除ORF6-8并引入Nsp1 K164A/H165A突变,获得Nsp1-K164A/H165A;另构建携带BA.1或BA.5刺突的BA.1-LAV和BA.5-LAV。
Intranasal or airborne transmission-mediated delivery of an attenuated SARS-CoV-2 protects Syrian hamsters against new variants.
多层级证据:叙利亚仓鼠鼻内免疫/空气传播模型、病毒攻击、小鼠加强免疫及体外假病毒感染
雄性叙利亚仓鼠(Mesocricetus auratus) 雄性BALB/c小鼠 Vero E6细胞 H1299-hACE2细胞
叙利亚仓鼠鼻内接种100 PFU或10^4 PFU Nsp1-K164A/H165A 攻击用104 PFU Delta或Omicron BA.1、BA.2.12.1、BA.5分离株 空气传播模型:供体与哨兵仓鼠用带孔金属隔板分隔,避免直接接触 BALB/c小鼠先接种两剂MVA-S,8周后鼻内给予10^4 PFU BA.1-LAV或BA.5-LAV ELISA检测RBD特异性IgG/IgA,FRNT50检测中和抗体
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建携带Nsp1-K164A/H165A等减毒修饰的SARS-CoV-2,并验证其体外减毒特性。
在WA1/2020基因组基础上删除furin切割位点PRRA、删除ORF6-8并引入Nsp1 K164A/H165A突变,获得Nsp1-K164A/H165A;另构建携带BA.1或BA.5刺突的BA.1-LAV和BA.5-LAV。
评估Nsp1-K164A/H165A经鼻内接种后的黏膜和全身免疫原性。
叙利亚仓鼠鼻内接种100 PFU或10^4 PFU Nsp1-K164A/H165A或WA1/2020,收集血清、鼻洗液和BALF,检测抗RBD IgG/IgA、中和抗体及IFNγ分泌细胞。
评估鼻内免疫对Delta和Omicron变异株攻击的保护效果。
免疫后35天,用104 PFU Delta或Omicron BA.1分离株鼻内攻击,检测鼻洗液、肺、气管和鼻甲中的病毒载量及肺部病理。
评估Nsp1-K164A/H165A的空气传播效率及传播后对哨兵仓鼠的免疫保护。
供体仓鼠鼻内接种100 PFU Nsp1-K164A/H165A或WA1/2020,1天后与哨兵仓鼠配对于带隔板笼中,监测哨兵仓鼠感染、血清转化,并在4.5个月后用BA.2.12.1攻击。
评估Nsp1-K164A/H165A对引起较重疾病的BA.5变异株的攻击保护。
叙利亚仓鼠接种100 PFU Nsp1-K164A/H165A,60天后用104 PFU BA.5分离株鼻内攻击,检测体重、病毒载量和肺部病理。
评估携带BA.1或BA.5刺突的减毒病毒作为加强免疫的潜力。
BALB/c小鼠先接种两剂MVA-S,8周后鼻内给予10^4 PFU BA.1-LAV或BA.5-LAV,检测变异株特异性中和抗体。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco极限必需培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| pLVX-hACE2载体 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 病毒滴定 | 黄蓍胶 | -- | -- |
| 免疫荧光 | 兔抗Wuhan-1核衣壳蛋白抗体 | Genscript | -- |
| Alexa-488标记抗兔抗体 | -- | -- | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | -- | -- | |
| 中和试验 | 兔抗SARS-CoV-2核衣壳蛋白抗体 | Genscript | U739BGB150-5 |
| 重组LY-CoV555(Bamlanivimab) | -- | -- | |
| ELISA | Immulon 2HB板 | -- | -- |
| HRP标记山羊抗仓鼠IgG | Southern Biotech | 6060-05 | |
| 兔抗仓鼠IgA抗体 | Brookwood Biomedical | sab 3001a | |
| HRP标记山羊抗兔IgG | Southern Biotech | 4030-05 | |
| ABTS/H2O2过氧化物酶底物 | SeraCare | -- | |
| ELISpot | 仓鼠IFN-γ ELISpotBASIC试剂盒 | MABTECH | 3102-2H |
| MSIP板 | Millipore | -- | |
| 伴刀豆球蛋白A | Sigma-Aldrich | -- | |
| TMB底物 | -- | 3651-10 | |
| 免疫荧光 | SARS核衣壳蛋白抗体 | Sino Biologicals | 40143-MM05 |
| MX1抗体 | Proteintech | 13750-1-AP | |
| 前表面活性蛋白C抗体 | EMD Millipore | AB3786 | |
| Iba1抗体 | Abcam | ab5076 | |
| RAGE抗体 | Abcam | ab216329 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab219332 | |
| Alexa Fluor 488标记二抗 | ThermoFisher | A-21206 | |
| Alexa Fluor 647标记二抗 | ThermoFisher | A-31571 | |
| Alexa Fluor 647标记二抗 | ThermoFisher | A-21447 | |
| Hoechst 33342染料 | -- | -- | |
| 假病毒包装 | Lipofectamine 3000转染试剂 | -- | -- |
| 假病毒感染 | Leica Stellaris 5共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 组织匀浆 | Precellys Evolution组织匀浆仪 | Bertin | -- |
| RNA提取 | QIAamp vRNA迷你试剂盒 | QIAGEN | -- |
| RNeasy 96试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| 病毒滴定 | Cytation7成像读数仪 | Agilent | -- |
| ELISA | VersaMax酶标仪 | Molecular Devices | -- |
| 免疫荧光 | NanoZoomer 2.0-RS全切片数字扫描仪 | Hamamatsu | -- |
| Axio Observer Z1倒置显微镜 | Carl Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 叙利亚仓鼠鼻内免疫 | 病毒剂量(100 PFU或10^4 PFU)、接种体积(50 µl)、仓鼠年龄(4-6月龄雄性) 阅读提示:Methods中Hamster challenge experiments小节及图1、图2图注 |
| 变异株攻击实验 | 攻击病毒株(Delta、BA.1、BA.2.12.1、BA.5)、攻击剂量(104 PFU或104 FFU)、攻击时间(免疫后35天或60天) 阅读提示:Methods中Hamster challenge experiments小节及图3、图8、图9图注 |
| 空气传播实验 | 供体与哨兵仓鼠配对比例、隔板设计、检测时间点(1-4 DPE鼻洗液) 阅读提示:Methods中Hamster challenge experiments小节及图7图注、Supplementary Movie 1 |
| 小鼠加强免疫实验 | MVA-S基础免疫剂量和间隔(两剂,8周后加强)、BA.1-LAV/BA.5-LAV剂量(10^4 PFU)、小鼠年龄(10周龄雄性BALB/c) 阅读提示:Methods中Boosting of MVA-vaccinated BALB/c mice with LAV小节及图10图注 |
| ELISA和中和抗体检测 | RBD包被浓度(1 µg/mL)、血清起始稀释度(1:160、1:80、1:20)、检测终点(OD405 0.02或0.05) 阅读提示:Methods中Measurement of antibody by ELISA和SARS-CoV-2 neutralization assay小节 |