PRMT1介导的PHGDH精氨酸甲基化促进丝氨酸合成并代表肝细胞癌的治疗脆弱性

PHGDH arginine methylation by PRMT1 promotes serine synthesis and represents a therapeutic vulnerability in hepatocellular carcinoma.

作者信息Kui Wang, Li Luo, Shuyue Fu, Mao Wang, Zihao Wang, Lixia Dong, Xingyun Wu, Lunzhi Dai, Yong Peng, Guobo Shen, Hai-Ning Chen, Edouard Collins Nice, Xiawei Wei, Canhua Huang
PMID36823188
发布时间2023-02
DOI10.1038/s41467-023-36708-5

实验完整度

高

包含体外细胞、动物移植瘤、PDX模型及患者组织样本,并进行功能与机制验证

主要模型

Huh7细胞系 PLC/PRF/5细胞系 HEK293T细胞系 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 HCC患者来源异种移植(PDX)模型 HCC患者组织样本(队列1-4)

重点核对

PHGDH R236甲基化水平(使用位点特异性抗体mePHGDH (R236me1)检测) PHGDH催化活性及对底物3-PG的Km值 丝氨酸和甘氨酸水平(检测试剂盒或U-[13C]-葡萄糖示踪) GSH水平、GSH/GSSG比值、NADPH/NADP+比值及ROS水平 肿瘤体积、重量及Ki-67增殖指数

摘要

丝氨酸合成对肿瘤生长和生存至关重要,但其在癌症中的调控机制仍不清楚。在这里,我们利用整合代谢组学和转录组学分析,展示了代谢物和转录谱之间的异质性。具体而言,肝细胞癌(HCC)组织中丝氨酸水平升高,而丝氨酸生物合成途径中第一个限速酶磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)的表达显著下调。有趣的是,丝氨酸水平升高是由于蛋白质精氨酸甲基转移酶1(PRMT1)介导的PHGDH在精氨酸236位点的甲基化增强了PHGDH催化活性所致。PRMT1介导的PHGDH甲基化和激活增强丝氨酸合成,改善氧化应激,并在体外和体内促进HCC生长。此外,PRMT1介导的PHGDH甲基化与人类HCC组织中PHGDH过度激活和丝氨酸积累相关,并可预测HCC患者的不良预后。值得注意的是,用TAT标记的非甲基化肽阻断PHGDH甲基化可抑制丝氨酸合成,并在HCC患者来源异种移植(PDX)模型和皮下HCC细胞来源异种移植模型中抑制HCC生长。总体而言,我们的发现揭示了PHGDH活性和丝氨酸合成的调控机制,并提示PHGDH甲基化是HCC的潜在治疗脆弱性。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
肝细胞癌中丝氨酸合成如何被调控,以及PHGDH活性调控机制及其治疗潜力。
核心机制
PRMT1直接结合并甲基化PHGDH R236,增强PHGDH对底物3-PG的亲和力,从而激活PHGDH,促进丝氨酸合成,改善氧化应激,支持HCC生长。
主要证据
通过代谢组学和转录组学发现HCC中丝氨酸升高而PHGDH表达下调但活性升高;体外细胞实验、小鼠移植瘤模型和PDX模型验证PHGDH R236甲基化促进丝氨酸合成和肿瘤生长;患者组织样本显示PHGDH甲基化与活性及不良预后相关。
研究意义
揭示了PHGDH活性和丝氨酸合成的调控机制,提示PHGDH甲基化作为HCC潜在治疗靶点,阻断PHGDH甲基化可抑制HCC生长。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

HCC代谢组与转录组联合分析

探究HCC中代谢物与基因表达的关系

对29对HCC和癌旁正常组织进行非靶向代谢组学分析,对27对组织进行RNA-seq分析,计算差异丰度评分并进行KEGG通路富集分析。

2

PHGDH活性与HCC生长的关系验证

验证PHGDH催化活性对HCC细胞生长的必要性

使用PHGDH抑制剂NCT-503处理HCC细胞,结合丝氨酸/甘氨酸剥夺;利用CRISPR/Cas9敲除PHGDH,进行U-[13C]-葡萄糖示踪和细胞生长实验;皮下接种PHGDH KO细胞至裸鼠,给予对照或缺乏丝氨酸/甘氨酸饮食。

3

PHGDH甲基化位点鉴定及功能验证

确定PHGDH的甲基化位点及其对活性的影响

通过LC-MS/MS鉴定PHGDH相互作用蛋白和甲基化位点;构建R236K和V83A突变体;使用PRMT抑制剂AMI-1或AdOx处理;检测甲基化水平和PHGDH活性;测定底物亲和力。

4

PRMT1介导PHGDH甲基化验证

确认PRMT1是PHGDH的甲基转移酶

Co-IP验证相互作用;GST pulldown验证直接结合;siRNA或shRNA敲低PRMT1;回补PRMT1 WT或SGT/AAA突变体;体外甲基化实验使用重组蛋白。

5

PHGDH甲基化对丝氨酸合成和氧化应激的影响

验证R236甲基化对丝氨酸合成及 redox 稳态的作用

在PHGDH KO细胞中回补PHGDH WT、R236K或V83A;U-[13C]-葡萄糖示踪检测丝氨酸/甘氨酸合成;检测GSH、GSH/GSSG、NADPH/NADP+和ROS水平;在PRMT1 KD背景下进行回补实验。

6

PHGDH甲基化对HCC生长的体内验证

评估R236甲基化对肿瘤生长的影响

皮下接种回补PHGDH WT、R236K或V83A的PHGDH KO Huh7细胞至裸鼠;给予对照或-SG饮食;测量肿瘤体积、重量和Ki-67染色;在PRMT1 KD背景下进行类似实验。

7

PHGDH甲基化与HCC临床相关性分析

评估PHGDH甲基化在HCC患者中的临床意义

对42对HCC组织进行IHC检测PHGDH R236甲基化和PRMT1;对20对组织进行IP和免疫印迹;分析PHGDH活性与甲基化/PRMT1的相关性;Kaplan-Meier生存分析。

8

靶向PHGDH甲基化的肽类抑制实验

探究阻断PHGDH甲基化的治疗潜力

合成TAT标记的非甲基化肽和甲基化肽;处理HCC细胞,检测PHGDH甲基化、活性、丝氨酸/甘氨酸水平、GSH/ROS及细胞生长;在PDX模型和皮下移植瘤模型中静脉注射肽,评估肿瘤生长和毒性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
PHGDH抗体Abcamab57030
PHGDH抗体ThermoFisher ScientificPA5-27578
PRMT1抗体Abcamab190892
单甲基精氨酸抗体Cell Signaling Technology8015
不对称二甲基精氨酸抗体Cell Signaling Technology13522
对称二甲基精氨酸抗体Cell Signaling Technology13222
PHGDH R236单甲基化抗体GL Biotech--
无丝氨酸/甘氨酸DMEMUS Biological Life SciencesD9800-03
AMI-1MedChemExpressHY-18962
GSK3368715MedChemExpressHY-128717A
NCT-503SelleckS8619
U-[13C]-葡萄糖Cambridge Isotope LaboratoriesCLM1396
S-腺苷甲硫氨酸MilliporeSigmaA4377
FLAG磁珠MilliporeSigmaA2220
链霉亲和素磁珠MilliporeSigma69203
Protein A/G磁珠MilliporeIP10
2′,7′-二氯荧光素二乙酸酯MilliporeSigma35845
NADP+/NADPH检测试剂盒BeyotimeS0179
DL-丝氨酸检测试剂盒BiovisionK743
甘氨酸检测试剂盒BiovisionK589
MaxVision HRP-聚合物抗鼠/兔IHC试剂盒MXB Biotechnology5010
DAB显色剂MXB Biotechnology0031
Varioskan LUX多功能微孔板读数仪ThermoFisher Scientific--
Q Exactive Plus Orbitrap液质联用系统ThermoFisher Scientific--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与处理
细胞系来源(Huh7、PLC/PRF/5、HEK293T)、培养基(DMEM+10% FBS)、丝氨酸/甘氨酸剥夺培养基(US Biological Life Sciences, D9800-03)及透析FBS浓度
阅读提示:Methods中Cell culture小节
PHGDH抑制剂处理
NCT-503浓度(20 μM)、处理时间、联合丝氨酸/甘氨酸剥夺条件
阅读提示:Fig. 1g及Methods中Reagents小节
PHGDH活性检测
反应体系(50 mM Tris-HCl pH 8.5, 1 mM EDTA, 240 μM 3-PG, 120 μM NAD+, 30 mM glutamate)、温度(28°C)、His-PSAT1浓度(80 μg/mL)、荧光检测参数(Ex. 340 nm, Em. 460 nm)
阅读提示:Methods中PHGDH activity assay小节
U-[13C]-葡萄糖示踪
U-[13C]-葡萄糖浓度(25 mM)、示踪时间(24 h)、细胞数量(5×10^6)
阅读提示:Methods中13C-labeled metabolite analysis by LC-MS/MS小节
动物实验
小鼠品系(BALB/c nude, 6周龄雄性)、细胞接种量(5×10^6)、饮食干预时间(肿瘤注射后5天)、GSK3368715剂量(100 mg/kg,口服,每两天一次)、TAT肽剂量(10 mg/kg,尾静脉注射,每两天一次)
阅读提示:Methods中Animal studies小节
患者组织样本
队列1-4的样本量、性别比例、来源(West China Hospital)、伦理批准
阅读提示:Methods中Study approval小节及Supplementary Table 1
体外甲基化实验
His-PHGDH(5 μg)、GST-PRMT1(5 μg)、SAM浓度(200 μM)、反应缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 8.0, 20 mM KCl, 5 mM DTT, 4 mM EDTA)、孵育条件(37°C, 1.5 h)
阅读提示:Methods中In vitro methylation assay小节