HCC代谢组与转录组联合分析
探究HCC中代谢物与基因表达的关系
对29对HCC和癌旁正常组织进行非靶向代谢组学分析,对27对组织进行RNA-seq分析,计算差异丰度评分并进行KEGG通路富集分析。
PHGDH arginine methylation by PRMT1 promotes serine synthesis and represents a therapeutic vulnerability in hepatocellular carcinoma.
包含体外细胞、动物移植瘤、PDX模型及患者组织样本,并进行功能与机制验证
Huh7细胞系 PLC/PRF/5细胞系 HEK293T细胞系 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 HCC患者来源异种移植(PDX)模型 HCC患者组织样本(队列1-4)
PHGDH R236甲基化水平(使用位点特异性抗体mePHGDH (R236me1)检测) PHGDH催化活性及对底物3-PG的Km值 丝氨酸和甘氨酸水平(检测试剂盒或U-[13C]-葡萄糖示踪) GSH水平、GSH/GSSG比值、NADPH/NADP+比值及ROS水平 肿瘤体积、重量及Ki-67增殖指数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究HCC中代谢物与基因表达的关系
对29对HCC和癌旁正常组织进行非靶向代谢组学分析,对27对组织进行RNA-seq分析,计算差异丰度评分并进行KEGG通路富集分析。
验证PHGDH催化活性对HCC细胞生长的必要性
使用PHGDH抑制剂NCT-503处理HCC细胞,结合丝氨酸/甘氨酸剥夺;利用CRISPR/Cas9敲除PHGDH,进行U-[13C]-葡萄糖示踪和细胞生长实验;皮下接种PHGDH KO细胞至裸鼠,给予对照或缺乏丝氨酸/甘氨酸饮食。
确定PHGDH的甲基化位点及其对活性的影响
通过LC-MS/MS鉴定PHGDH相互作用蛋白和甲基化位点;构建R236K和V83A突变体;使用PRMT抑制剂AMI-1或AdOx处理;检测甲基化水平和PHGDH活性;测定底物亲和力。
确认PRMT1是PHGDH的甲基转移酶
Co-IP验证相互作用;GST pulldown验证直接结合;siRNA或shRNA敲低PRMT1;回补PRMT1 WT或SGT/AAA突变体;体外甲基化实验使用重组蛋白。
验证R236甲基化对丝氨酸合成及 redox 稳态的作用
在PHGDH KO细胞中回补PHGDH WT、R236K或V83A;U-[13C]-葡萄糖示踪检测丝氨酸/甘氨酸合成;检测GSH、GSH/GSSG、NADPH/NADP+和ROS水平;在PRMT1 KD背景下进行回补实验。
评估R236甲基化对肿瘤生长的影响
皮下接种回补PHGDH WT、R236K或V83A的PHGDH KO Huh7细胞至裸鼠;给予对照或-SG饮食;测量肿瘤体积、重量和Ki-67染色;在PRMT1 KD背景下进行类似实验。
评估PHGDH甲基化在HCC患者中的临床意义
对42对HCC组织进行IHC检测PHGDH R236甲基化和PRMT1;对20对组织进行IP和免疫印迹;分析PHGDH活性与甲基化/PRMT1的相关性;Kaplan-Meier生存分析。
探究阻断PHGDH甲基化的治疗潜力
合成TAT标记的非甲基化肽和甲基化肽;处理HCC细胞,检测PHGDH甲基化、活性、丝氨酸/甘氨酸水平、GSH/ROS及细胞生长;在PDX模型和皮下移植瘤模型中静脉注射肽,评估肿瘤生长和毒性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫印迹和IHC | PHGDH抗体 | Abcam | ab57030 |
| PHGDH抗体 | ThermoFisher Scientific | PA5-27578 | |
| PRMT1抗体 | Abcam | ab190892 | |
| 免疫印迹 | 单甲基精氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 8015 |
| 不对称二甲基精氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 13522 | |
| 对称二甲基精氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 13222 | |
| 免疫印迹和IHC | PHGDH R236单甲基化抗体 | GL Biotech | -- |
| 细胞培养 | 无丝氨酸/甘氨酸DMEM | US Biological Life Sciences | D9800-03 |
| 药物处理 | AMI-1 | MedChemExpress | HY-18962 |
| GSK3368715 | MedChemExpress | HY-128717A | |
| NCT-503 | Selleck | S8619 | |
| 代谢示踪 | U-[13C]-葡萄糖 | Cambridge Isotope Laboratories | CLM1396 |
| 甲基化实验 | S-腺苷甲硫氨酸 | MilliporeSigma | A4377 |
| 免疫沉淀 | FLAG磁珠 | MilliporeSigma | A2220 |
| 链霉亲和素磁珠 | MilliporeSigma | 69203 | |
| Protein A/G磁珠 | Millipore | IP10 | |
| ROS检测 | 2′,7′-二氯荧光素二乙酸酯 | MilliporeSigma | 35845 |
| NADPH/NADP+检测 | NADP+/NADPH检测试剂盒 | Beyotime | S0179 |
| 丝氨酸/甘氨酸检测 | DL-丝氨酸检测试剂盒 | Biovision | K743 |
| 甘氨酸检测试剂盒 | Biovision | K589 | |
| IHC | MaxVision HRP-聚合物抗鼠/兔IHC试剂盒 | MXB Biotechnology | 5010 |
| DAB显色剂 | MXB Biotechnology | 0031 | |
| PHGDH活性检测 | Varioskan LUX多功能微孔板读数仪 | ThermoFisher Scientific | -- |
| 质谱分析 | Q Exactive Plus Orbitrap液质联用系统 | ThermoFisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源(Huh7、PLC/PRF/5、HEK293T)、培养基(DMEM+10% FBS)、丝氨酸/甘氨酸剥夺培养基(US Biological Life Sciences, D9800-03)及透析FBS浓度 阅读提示:Methods中Cell culture小节 |
| PHGDH抑制剂处理 | NCT-503浓度(20 μM)、处理时间、联合丝氨酸/甘氨酸剥夺条件 阅读提示:Fig. 1g及Methods中Reagents小节 |
| PHGDH活性检测 | 反应体系(50 mM Tris-HCl pH 8.5, 1 mM EDTA, 240 μM 3-PG, 120 μM NAD+, 30 mM glutamate)、温度(28°C)、His-PSAT1浓度(80 μg/mL)、荧光检测参数(Ex. 340 nm, Em. 460 nm) 阅读提示:Methods中PHGDH activity assay小节 |
| U-[13C]-葡萄糖示踪 | U-[13C]-葡萄糖浓度(25 mM)、示踪时间(24 h)、细胞数量(5×10^6) 阅读提示:Methods中13C-labeled metabolite analysis by LC-MS/MS小节 |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c nude, 6周龄雄性)、细胞接种量(5×10^6)、饮食干预时间(肿瘤注射后5天)、GSK3368715剂量(100 mg/kg,口服,每两天一次)、TAT肽剂量(10 mg/kg,尾静脉注射,每两天一次) 阅读提示:Methods中Animal studies小节 |
| 患者组织样本 | 队列1-4的样本量、性别比例、来源(West China Hospital)、伦理批准 阅读提示:Methods中Study approval小节及Supplementary Table 1 |
| 体外甲基化实验 | His-PHGDH(5 μg)、GST-PRMT1(5 μg)、SAM浓度(200 μM)、反应缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 8.0, 20 mM KCl, 5 mM DTT, 4 mM EDTA)、孵育条件(37°C, 1.5 h) 阅读提示:Methods中In vitro methylation assay小节 |