患者样本蛋白质组与代谢特征分析
比较FLT3-ITD+与FLT3-wt AML的蛋白质表达及OXPHOS相关代谢特征。
分析CD34+分选AML患者样本的无标记定量蛋白质组,进行GO和GSEA分析;用Seahorse检测OCR,用比色法检测ETC复合物I/II活性,并行Western blot检测ETC亚基。
Inhibition of the succinyl dehydrogenase complex in acute myeloid leukemia leads to a lactate-fuelled respiratory metabolic vulnerability.
包含患者CD34+样本蛋白质组与功能分析、AML细胞系体外实验、13C3乳酸示踪及小鼠异种移植模型体内验证,涵盖功能与机制验证。
FLT3-ITD+与FLT3-wt AML患者CD34+原代细胞 AML细胞系MOLM13、MV4-11、HL60、K562、THP1、TF1 MV4-11和HL60 luciferase转导NSG小鼠异种移植模型 健康CB、PBSC及NBM来源CD34+细胞
TTFA处理浓度200 μM(凋亡实验)或100 μM(代谢与ECAR实验),处理时间24-48 h 3-NPA处理浓度2 mM(体外),体内给药10 mg/kg(HL60)或40 mg/kg(MV4-11),每日腹腔注射 CHC体外浓度400或800 μM,体内100 mg/kg每日腹腔注射;AZD3965体外25-200 nM Seahorse OCR/ECAR检测中寡霉素A 2.5 μM、FCCP 2.5 μM、抗霉素A 2 μM与鱼藤酮2 μM顺序注射 13C3乳酸示踪使用8 mM或20 mM U-13C3乳酸处理6 h,GC-MS分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较FLT3-ITD+与FLT3-wt AML的蛋白质表达及OXPHOS相关代谢特征。
分析CD34+分选AML患者样本的无标记定量蛋白质组,进行GO和GSEA分析;用Seahorse检测OCR,用比色法检测ETC复合物I/II活性,并行Western blot检测ETC亚基。
评估FLT3-ITD+与FLT3-wt AML对ETC复合物I/II抑制剂的敏感性差异。
用TTFA、3-NPA和鱼藤酮处理AML细胞系及原代CD34+ AML细胞,Annexin V/DAPI流式检测凋亡;用shRNA敲低SUCLG1/2检测生长与TTFA诱导凋亡。
明确ETC复合物II抑制对线粒体呼吸和糖酵解的影响,并检验外源乳酸能否恢复呼吸与存活。
Seahorse检测TTFA处理后的OCR和ECAR;检测培养基中葡萄糖、谷氨酰胺和乳酸浓度变化;外源添加乳酸或丙酮酸后检测凋亡与OCR;使用MCT1抑制剂CHC和AZD3965检测乳酸摄取。
验证乳酸作为碳源进入TCA循环,并解析ETC复合物II抑制后的代谢路径。
MOLM13细胞在含U-13C3乳酸条件下培养,提取极性代谢物进行GC-MS分析,检测TCA中间产物同位素分布。
检验联合抑制乳酸输入和ETC复合物II是否增强抗白血病效果。
体外联合TTFA或3-NPA与CHC或AZD3965处理AML细胞系及原代细胞,检测凋亡与活力;体内用MV4-11和HL60异种移植小鼠,随机分组给予vehicle、3-NPA、CHC或联合治疗,监测白血病负荷与生存。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素 | Life Technologies | -- | |
| 链霉素 | Life Technologies | -- | |
| 淋巴细胞分离液 | Alere technologies | -- | |
| DNase I | -- | -- | |
| autoMACS造血祖细胞磁珠分选试剂盒 | Miltenyi Biotech | -- | |
| αMEM培养基 | Thermo Scientific | -- | |
| 马血清 | Invitrogen | -- | |
| β-巯基乙醇 | Merck Sharp & Dohme BV | -- | |
| 氢化可的松 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 粒细胞集落刺激因子 | Amgen | -- | |
| N-Plate(临床级TPO) | Amgen | -- | |
| 白细胞介素-3 | Sandoz | -- | |
| Stem line-S0192培养基 | Sigma-Aldrich | -- | |
| c-Kit | Novus Biologicals | 255-SC | |
| FLT3配体 | -- | -- | |
| 药物处理 | 鱼藤酮 | Sigma-Aldrich | -- |
| α-氰基-4-羟基肉桂酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| AZD3965 | MedChemExpress | -- | |
| 2,2-二氯苯乙酮 | Sigma | -- | |
| L-乳酸钠 | Sigma-Aldrich | L7022 | |
| 奎扎替尼 | MedChemExpress | HY-13001 | |
| 动物实验 | 白消安 | Sigma-Aldrich | -- |
| D-荧光素 | PerkinElmer | -- | |
| 流式分析 | Annexin V(FITC) | Mylteni Biotech | -- |
| 抗人FcR封闭剂 | Mylteni Biotech | -- | |
| 抗Fc | BD Biosciences | -- | |
| CD45-PerCP抗体 | Biolegend | 3040256 | |
| 小鼠CD45.1 PE抗体 | BD biosciences | 553776 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | -- | 23227 | |
| 4–15% mini Protean TGX预制胶 | Bio-rad | 4561085 | |
| LF-PVDF膜(Trans-blot Turbo RTA转移试剂盒) | -- | 1704274 | |
| Odyssey封闭液 | -- | 927-40000 | |
| Oxphos抗体混合物 | Thermo Fisher Scientific | 45-8199 | |
| Actin抗体(兔) | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| Alexa Fluor 680山羊抗兔 | Invitrogen | A21109 | |
| IRDye 800CW驴抗鼠 | Li-Cor | 926-32212 | |
| 代谢物检测 | L-乳酸脱氢酶 | Sigma-Aldrich | -- |
| 谷氨酰胺酶 | Sigma-Aldrich | G8880 | |
| 谷氨酸脱氢酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ETC复合物活性检测 | ETC复合物II酶活性试剂盒 | Abcam | ab109908 |
| ETC复合物I活性试剂盒 | Abcam | ab109721 | |
| 13C3乳酸示踪 | U-13C3-乳酸 | Cambridge Isotope Laboratories | -- |
| 正缬氨酸 | -- | -- | |
| BCA检测试剂盒 | -- | 23227 | |
| DNA提取 | PureGene试剂盒 | Qiagen | -- |
| qRT-PCR | SsoAdvanced SYBR Green预混液 | Bio-Rad | -- |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| TRIzol LS试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 仪器 | Seahorse XF96分析仪 | Seahorse Bioscience, Agilent | -- |
| O2k系统 | OROBOROS Instruments | -- | |
| MACSQuant流式细胞仪 | Miltenyi Biotech | -- | |
| MoFlo-Astrios流式分选仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Odyssey Clx扫描仪 | Li-Cor Biosciences | -- | |
| Multiskan Sky酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| IVIS Lumina成像系统 | Caliper Life Sciences Inc | -- | |
| 7890A气相色谱仪联用Agilent 5975C质谱仪 | Agilent | -- | |
| CFX384 Touch实时PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| Nanodrop分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 原代AML细胞与健康CD34+细胞的培养与处理 | 原代AML细胞需在MS5基质细胞共培养条件下处理;TTFA浓度100 μM,处理48 h;FLT3-ITD+与FLT3-wt分组及样本量需核对 阅读提示:Methods中AML and healthy primary cell isolations and in vitro cell culture conditions小节及Fig. 2c–e图注 |
| ETC复合物II抑制剂处理细胞系 | TTFA 200 μM或100 μM、3-NPA 2 mM、鱼藤酮20 μM的处理时间(24 h)及技术重复数 阅读提示:Methods中Viability assays与Reagents小节及Fig. 2a图注 |
| Seahorse OCR/ECAR检测 | 每孔接种细胞数(细胞系100,000,原代CD34+ 200,000)、寡霉素A 2.5 μM、FCCP 2.5 μM、抗霉素A 2 μM与鱼藤酮2 μM;乳酸补救实验中TTFA 600 μM、CHC 600 μM、乳酸2 mM的注射顺序 阅读提示:Methods中Oxygen consumption and extracellular acidification rate measurements小节及Fig. 3b、Fig. 4a图注 |
| 13C3乳酸示踪与GC-MS | MOLM13细胞数15×10^6、U-13C3乳酸浓度8 mM或20 mM、TTFA 200 μM、处理时间6 h、norvaline回收标准用量5 ng 阅读提示:Methods中Labeled [13C3] lactate tracing with GC-MS小节及Fig. 4d–g图注 |
| 体内联合用药实验 | MV4-11模型:NSG小鼠5×10^5细胞静脉注射,3-NPA 40 mg/kg、CHC 100 mg/kg每日腹腔注射,每组n=5;HL60模型:2×10^5细胞,3-NPA 10 mg/kg,每组n=5;随机分组与终点指标 阅读提示:Methods中In vivo model using HL60 cells与In vivo model using MV4–11 cells小节及Fig. 5f–n图注 |