构建ADH5缺失细胞并评估FA敏感性
验证ADH5在DNA修复正常时限制FA细胞毒性。
用CRISPR/Cas9在HCT116构建ΔADH5、ΔGCLM、ΔTP53 ΔADH5等细胞,在Nalm6中使用ΔADH5和ΔFANCB细胞,检测FA处理后的活力、γ-H2AX、p-p53、凋亡、细胞周期和3D球形成。
Endogenous formaldehyde scavenges cellular glutathione resulting in redox disruption and cytotoxicity.
含人细胞系、秀丽隐杆线虫及DNA修复缺陷细胞多层级证据,并有氧化应激、GSH比值及回复实验验证
人Nalm6前B淋巴母细胞白血病细胞 人HCT116结直肠癌细胞 秀丽隐杆线虫adh-5突变体 鸡DT40细胞及人PD20成纤维细胞
FA处理浓度与时间:Nalm6和HCT116细胞48 h,FA 0、15、22.5、30、60、90、120、150、180 μmol L−1等 L-BSO浓度与处理时间:Nalm6 50 μmol L−1,HCT116 100 μmol L−1或500 μmol L−1 NAC处理方式:500 μmol L−1共处理或1/10 mmol L−1预加载24 h 秀丽隐杆线虫L1期FA浓度10和12 mmol L−1,NAC 10 mmol L−1共孵育 UPLC-HRMS检测GSH、GSSG和HSMGSH,样本n=9(未处理)或n=5(FA处理)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ADH5在DNA修复正常时限制FA细胞毒性。
用CRISPR/Cas9在HCT116构建ΔADH5、ΔGCLM、ΔTP53 ΔADH5等细胞,在Nalm6中使用ΔADH5和ΔFANCB细胞,检测FA处理后的活力、γ-H2AX、p-p53、凋亡、细胞周期和3D球形成。
确认H24K24.3为ADH5线虫同源基因并参与FA耐受。
用CRISPR/Cas9生成adh-5(sbj21)缺失突变体,表达ADH-5::GFP融合蛋白,检测L1期和成虫对FA的存活及发育。
验证FA是否引起细胞氧化还原失衡和ROS积累。
使用H2DCFDA、DHE、roGFP、Grx1-roGFP2、PBSF、ESR自旋探针CMH及线虫HyPer和Pgst-4::GFP报告氧化应激。
验证外源硫醇抗氧化剂能否预防FA细胞毒性。
在HCT116细胞和秀丽隐杆线虫中联合使用NAC、GSH-MEE、Trolox与FA,检测活力、3D球形成和线虫存活发育。
验证内源性GSH合成对FA耐受的贡献。
用L-BSO抑制GSH合成,用CRISPR/Cas9构建ΔGCLM及ΔADH5 ΔGCLM细胞,检测FA处理后活力和集落形成。
验证细胞内FA与GSH反应生成HSMGSH并影响GSH稳态。
体外合成HSMGSH,用UPLC-HRMS检测细胞提取物中GSH、GSSG和HSMGSH,计算GSH:GSSG比值,并用Grx1-roGFP2报告氧化还原电位。
验证GSH合成是否保护范可尼贫血通路缺陷细胞免受FA毒性。
在鸡DT40 ΔFANCI、ΔBRCA2细胞、人PD20 FANCD2−/−成纤维细胞和Nalm6 ΔFANCB细胞中联合FA与L-BSO检测活力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Thermo Scientific | 12100061 |
| Roswell Park Memorial Institute 1640培养基 | Thermo Scientific | 31800105 | |
| 胎牛血清 | Natocor | -- | |
| 鸡血清 | Gibco | 16010167 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 16110082 | |
| 药物处理 | 甲醛 | Pierce | 28908 |
| L-丁硫氨酸亚砜亚胺 | Sigma-Aldrich | B2515 | |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A7250 | |
| 谷胱甘肽单乙酯 | Santa Cruz | sc-203974 | |
| Trolox | Sigma-Aldrich | 238813 | |
| 顺铂 | Santa Cruz | sc-200896 | |
| 羟基脲 | Santa Cruz | sc-29061 | |
| ROS检测 | 2′,7′-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Sigma-Aldrich | D6883 |
| 二氢乙锭检测试剂盒 | CaymanChem | 601290 | |
| 流式分析 | PE Annexin V凋亡检测试剂盒 | BD Pharmigen | 579563 |
| 活力检测 | 刃天青 | Sigma-Aldrich | R7017 |
| CellTiter(MTS) | Promega | G3582 | |
| GSH检测 | GSH-Glo谷胱甘肽检测 | Promega | V6911 |
| Western blot | GCLM抗体 | Atlas antibodies | HPA023696 |
| FLAG抗体 | Abcam | ab49763 | |
| p53抗体 | CST | 9282 | |
| 磷酸化p53抗体 | CST | 9284 | |
| 磷酸化组蛋白H2A.X抗体 | CST | 9718 | |
| 磷酸化CHK1抗体 | CST | 2348 | |
| 磷酸化CHK2抗体 | CST | 2661 | |
| Vinculin抗体 | Santa Cruz | sc-73614 | |
| 转染与编辑 | Lipofectamine 3000 | Thermo Scientific | L3000015 |
| pX458载体 | Addgene | 48138 | |
| 线虫实验 | Cas9 | NEB | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度(HCT116 3000细胞/孔,Nalm6 5000细胞/孔)、FA浓度范围、处理时间(HCT116 3天,Nalm6 4–5天)、L-BSO和NAC浓度 阅读提示:Methods“Viability and survival assays”及图1、图4、图5图注 |
| 3D球形成 | 琼脂糖包被、细胞接种数(2×10^3或4×10^3细胞/孔)、FA/L-BSO/NAC/GSH-MEE/Trolox浓度、检测时间5–7天 阅读提示:Methods“3D-Spheroid assay”及图4、图5图注 |
| ROS检测 | H2DCFDA、DHE、PBSF、CMH浓度、处理时间48 h、阳性对照L-BSO和抗霉素A浓度 阅读提示:Methods“ROS measurements”及图3图注 |
| UPLC-HRMS代谢物检测 | 细胞数(1×10^6或1.25×10^6细胞/皿)、FA 150 μmol L−1处理48 h、样本数(未处理n=9,FA处理n=5)、归一化方式 阅读提示:Methods“Sample preparation for UPLC-HRMS analysis”及图6图注 |
| 秀丽隐杆线虫FA处理 | 线虫同步化方法、L1期FA浓度10和12 mmol L−1、NAC 10 mmol L−1、孵育4 h、存活和发育评分时间点 阅读提示:Methods“Survival and development assays in C. elegans”及图2、图4图注 |