构建全基因组敲除文库
获得覆盖氧化葡萄糖酸杆菌B58全基因组的单基因破坏突变体文库
使用Knockout Sudoku方法构建转座子插入突变体文库,并浓缩为 condensed collection
Generation of a Gluconobacter oxydans knockout collection for improved extraction of rare earth elements.
构建全基因组敲除文库,结合高通量筛选、直接pH验证和RPP生物浸出功能验证。
氧化葡萄糖酸杆菌B58 转座子插入突变体文库 RPP生物浸出体系
突变体文库覆盖2733个基因, condensed collection含17706个突变体 TB法测定终点pH,BPB法测定酸化速率 直接pH测量验证22株突变体 RPP生物浸出实验使用10株低pH和4株高pH突变体 ICP-MS测定浸出液中稀土元素浓度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得覆盖氧化葡萄糖酸杆菌B58全基因组的单基因破坏突变体文库
使用Knockout Sudoku方法构建转座子插入突变体文库,并浓缩为 condensed collection
鉴定影响生物浸出液酸性的基因
使用百里酚蓝和溴酚蓝两种指示剂分别筛选终点pH和酸化速率
验证高通量筛选结果并确认产酸变化
选取22株突变体进行直接pH测量
验证产酸变化是否影响稀土元素提取效率
选取10株低pH和4株高pH突变体进行RPP生物浸出实验
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 酵母提取物 | Hardy Diagnostics | C7341 |
| 蛋白胨 | BD | 211677 | |
| 甘露醇 | VWR Chemicals | BDH9248 | |
| DNA提取 | Quick-DNA Miniprep试剂盒 | Zymo Research | D3024 |
| 文库构建 | TruSeq DNA PCR-Free文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 转座子突变 | 卡那霉素 | -- | -- |
| 二氨基庚二酸 | Sigma-Aldrich | D1377 | |
| 高通量筛选 | 百里酚蓝 | Sigma-Aldrich | SKU114545 |
| 溴酚蓝 | Bio-Rad | 161-0404 | |
| 生物浸出 | 焙烧磷粉 | -- | -- |
| ICP-MS分析 | 稀土元素混合标准品 | Sigma-Aldrich | 67349 |
| 铑内标 | Sigma-Aldrich | SKU04736 | |
| 过滤 | AcroPrep Advance 96孔过滤板 | Pall Corporation | 8029 |
| ICP-MS分析 | 硝酸 | J.T. Baker | JT9368 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 高通量产酸筛选 | 培养基成分(YPM)、葡萄糖终浓度(20% w/v)、染料浓度、培养时间和温度 阅读提示:Methods中“Thymol blue endpoint acidity assay”和“Bromophenol blue acidification rate screen”小节 |
| 直接pH测量 | 培养体积、葡萄糖终浓度、重复数、pH校准标准 阅读提示:Methods中“Direct measurement of biolixiviant pH”小节 |
| RPP生物浸出 | RPP用量(20 mg, 4% w/v)、浸出时间(36 h)、温度、稀释倍数、ICP-MS参数 阅读提示:Methods中“Direct measurement of REE bioleaching”小节 |
| 突变体文库构建 | 转座子质粒、接合比例、筛选抗生素浓度、 colony picking 参数 阅读提示:Methods中“Mating for transposon insertional mutagenesis”和“Curation of a whole-genome knockout collection”小节 |