鉴定Wdr47为CP相关蛋白
确定Wdr47在多纤毛中的表达、定位及其与CP的关系。
利用cDNA阵列和免疫印迹检测mTEC分化过程中Wdr47表达;免疫染色和3D-SIM观察mEPC中Wdr47与CP标记Hydin的定位;Triton X-100预提取检测Wdr47与CP的结合。
Wdr47, Camsaps, and Katanin cooperate to generate ciliary central microtubules.
包含小鼠mEPC/mTEC体外模型、Wdr47敲除与条件敲除小鼠、EM超微结构、活细胞成像及LFQ蛋白质组,并完成功能与机制验证。
小鼠室管膜细胞(mEPC)体外多纤毛分化模型 小鼠气管上皮细胞(mTEC)气液界面培养模型 Wdr47基因敲除及条件敲除小鼠 HEK293T细胞共转染与免疫共沉淀
Wdr47−/− mEPC多纤毛完全缺失中央对微管,且摆动由平面变为旋转性 Wdr47缺失导致CP蛋白(Hydin、Spef1、Spag6、Spag16)纤毛定位消失或显著降低,Rsph4a不受影响 过表达Camsaps或含CKK/LC片段可在Wdr47−/− mEPC中诱导中央微管,但效率低、数量异常或位置错误 GFP-p60K257A显性抑制Katanin切割活性导致Hydin阴性纤毛增加及CP缺失 Wdr47Kof/−及Wdr47flox/flox;GFAP-Cre小鼠出现脑积水和慢性鼻窦炎
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Wdr47在多纤毛中的表达、定位及其与CP的关系。
利用cDNA阵列和免疫印迹检测mTEC分化过程中Wdr47表达;免疫染色和3D-SIM观察mEPC中Wdr47与CP标记Hydin的定位;Triton X-100预提取检测Wdr47与CP的结合。
验证Wdr47缺失对多纤毛摆动和CP超微结构的影响。
将Wdr47Kof/+与EIIa-Cre杂交获得Wdr47−/−小鼠,培养mEPC进行活细胞成像、荧光珠流动实验和透射EM分析。
确定Wdr47缺失是否影响CP蛋白定位及已形成CP的稳定性。
免疫染色检测CP蛋白和径向辐条蛋白;纯化纤毛进行LFQ蛋白质组和免疫印迹;GFP-Wdr47回补实验;Wdr47flox/flox mEPC中Cre诱导敲除进行CP维持实验。
验证Wdr47缺陷是否导致多纤毛相关疾病表型。
构建Wdr47Kof/−小鼠和Wdr47flox/flox;GFAP-Cre条件敲除小鼠,进行HE染色、MRI、扫描EM和脑切片活细胞成像。
确定Camsaps在纤毛中的定位及其与Wdr47的相互关系。
质谱检测纯化纤毛中的Camsaps;3D-SIM观察Camsaps与CP标记的定位;GFP-Camsaps与Wdr47共定位;Wdr47缺失后检测Camsaps纤毛定位。
验证增加Camsaps水平能否部分补偿Wdr47缺失并诱导中央微管形成。
在Wdr47−/−mEPC中过表达GFP-Camsap1/2/3或Centrin1-GFP,活细胞成像检测摆动模式,免疫染色检测Hydin定位,透射EM分析中央微管数量和位置。
确定Wdr47和Camsaps相互作用及纤毛定位所需的结构域。
构建Wdr47 N端和C端缺失体及Camsap1截短体,共转染HEK293T进行免疫共沉淀;在Wdr47−/−mEPC中表达GFP-Wdr47或缺失体,检测Camsap1和Hydin纤毛定位及摆动模式。
确定Camsaps的CKK和LC片段是否足以诱导中央微管形成。
在Wdr47−/−mEPC中过表达GFP-CKK和GFP-LC片段,活细胞成像、免疫染色和EM分析中央微管形成。
确定Katanin的微管切割活性是否为中央微管种子产生所必需。
在野生型mEPC中过表达GFP-p60或显性抑制型GFP-p60K257A,检测Hydin定位、摆动模式和EM超微结构;在Wdr47−/−mEPC中共表达RFP-p60K257A与GFP-Camsaps,检测rescue效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Ausbian | VS500T | |
| 谷氨酰胺 | Sigma | G8540 | |
| 青霉素 | Solarbio | P8420 | |
| 链霉素 | Solarbio | S8290 | |
| mTEC分离 | 链霉蛋白酶E | Sigma | P6911 |
| DNA酶I | Sigma | D5025 | |
| mTEC培养 | DMEM-Ham's F-12培养基 | Thermo Fisher | 11330-032 |
| 胰岛素 | Sigma | I6634 | |
| 转铁蛋白 | Sigma | T8158 | |
| 霍乱毒素 | Sigma | C8052 | |
| 表皮生长因子 | Sigma | E4127 | |
| 牛垂体提取物 | Sigma | P1167 | |
| 视黄酸 | Sigma | R2625 | |
| 胶原蛋白 | Sigma | C8897 | |
| 0.4微米孔径聚酯膜Transwell小室 | Corning | 3470 | |
| Nu血清 | BD | 355100 | |
| DAPT | Sigma | D5942 | |
| mEPC分离 | 木瓜蛋白酶 | Worthington | LS003126 |
| mEPC培养 | 层粘连蛋白 | Sigma | L2020 |
| 玻璃底培养皿 | Cellvis | D29-14-1.5-N | |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966-2 |
| 蛋白质组学 | MonoSpin C18柱 | GL Science | -- |
| ReproSil-Pur C18-AQ 1.9微米树脂 | Dr. Maisch GmbH | -- | |
| Easy-nLC 1200纳升级高效液相色谱 | Thermo Scientific | -- | |
| Q Exactive Orbitrap质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫荧光成像 | Leica TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| Delta Vision OMX SR成像系统 | GE Healthcare | -- | |
| 活细胞成像 | Andor Neo sCMOS相机 | Andor | -- |
| Olympus IX71显微镜 | Olympus | -- | |
| 荧光珠流动实验 | Fluoresbrite PolyFluor 570荧光微球 | Polysciences | 24061-10 |
| Hamamatsu EMCCD相机 | Hamamatsu | -- | |
| 透射电镜 | Tecnai G2 Spirit透射电子显微镜 | FEI | -- |
| 扫描电镜 | FEI Quanta 250扫描电子显微镜 | FEI | -- |
| 磁共振成像 | BioSpec 70/30 USR磁共振成像系统 | Bruker | -- |
| 组织切片 | Leica VT 1000S振动切片机 | Leica | -- |
| RM 2235切片机 | Leica | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗FLAG磁珠 | Sigma | A2220 |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma | 539134 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| mEPC多纤毛分化与活细胞成像 | 血清饥饿起始分化时间、成像帧率140 fps、成像温度与物镜倍数 阅读提示:Methods细胞培养与Light microscopy小节;Fig. 1g、Fig. 2f、Fig. 5b |
| Wdr47敲除与条件敲除小鼠基因型 | Wdr47Kof/+、EIIa-Cre、GFAP-Cre杂交策略;Wdr47flox/flox;GFAP-Cre条件敲除;Wdr47Kof/−小鼠存活周期 阅读提示:Methods Mice小节;Fig. 1f、Fig. 3c |
| Camsaps过表达rescue实验 | 慢病毒感染时间点day −1、day 2、day 5;GFP阳性率>80%;GFP-Camsap1表达量约为内源2.3倍 阅读提示:Methods细胞培养与病毒感染的描述;Fig. 5a |
| 透射EM纤毛横截面分析 | 固定条件2.5%戊二醛、1% OsO4;切片厚度70 nm;CP缺失和中央微管数量计分标准 阅读提示:Methods Electron microscopy小节;Fig. 1i、Fig. 5f、Fig. 6g |
| Katanin切割活性抑制实验 | GFP-p60K257A点突变构建;慢病毒感染时间点;GFP阳性细胞计分标准 阅读提示:Methods Plasmids与细胞培养小节;Fig. 7c–g |