激酶抑制剂筛选
筛选调控FEME的蛋白激酶。
在RPE1细胞中用小分子抑制剂处理10分钟,固定后免疫染色Endophilin,计数FEME载体(EPAs)。
Cdk5 and GSK3β inhibit fast endophilin-mediated endocytosis.
包含体外细胞系、原代细胞、小鼠海马神经元及多种功能与机制验证(RNAi、突变体、活细胞成像、蛋白互作)。
人RPE1细胞 人原代真皮成纤维细胞(hDFA) 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) 小鼠海马神经元
小分子抑制剂筛选:10、100 nM和1、10 μM四个浓度,37°C处理10分钟 Cdk5或GSK3α/β敲低及WT、CA、DN突变体回补实验 CRMP4磷酸化位点突变体(S522A、S522D)及Endophilin结合位点突变体(R525E、P526A、P502A) Dynamin-1磷酸化位点突变体(S774A、S778A) 小鼠海马神经元中CRMP4突变体过表达及Semaphorin 3A处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选调控FEME的蛋白激酶。
在RPE1细胞中用小分子抑制剂处理10分钟,固定后免疫染色Endophilin,计数FEME载体(EPAs)。
验证Cdk5和GSK3β对FEME的负调控作用。
用RNAi敲低Cdk5或GSK3α/β,并过表达WT、CA或DN形式,检测FEME载体数量。
验证Endophilin招募GSK3β进行局部调控。
GST-SH3 pull-down、共免疫沉淀、共定位分析,检测GSK3β与Endophilin结合及pS9-GSK3β水平。
验证Cdk5/GSK3β对Dynamin-1招募的影响。
活细胞成像、GST-SH3 pull-down、共免疫沉淀及磷酸化位点突变体(S774A、S778A)结合实验。
验证Cdk5磷酸化CRMP4抑制其与Endophilin结合及Plexin A1分选。
共免疫沉淀、pull-down、突变体(S522A、S522D、R525E、P526A)实验,检测CRMP4与Endophilin结合及Plexin A1摄取。
验证Bin1招募Dynein及Cdk5/GSK3β的调控。
GST-SH3 pull-down、共免疫沉淀、蔗糖梯度分离FEME载体、共定位分析。
验证CRMP4-Endophilin互作对轴突发育的影响。
小鼠海马神经元电转CRMP4突变体,测量轴突长度、分支及生长锥塌陷。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM:F12 HAM 1:1培养基 | Sigma | D6421 |
| GlutaMAX-I | Thermo Fisher | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | -- | |
| Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher | -- | |
| 小分子抑制剂 | Dinaciclib | MedChemExpress | Hy-10492 |
| CHIR-99021 | Cayman | 13122 | |
| BIO | Sigma | B1686 | |
| Roscovitine | Santa Cruz | sc-24002 | |
| 多巴酚丁胺 | Sigma | D0676 | |
| 抗体 | 抗Endophilin A2克隆H-60 | Santa Cruz | 25495 |
| 抗磷酸化Ser9 GSK3β克隆D85E12 | Cell Signaling Technology | 5558 | |
| 抗Dynamin 1克隆41 | BD Pharmigen | 610245 | |
| 抗CRMP4 | Milipore | 5454 | |
| 抗Plexin A1 | Abcam | Ab32960 | |
| 抗Dynein克隆74.1 | eBioscience | 14-9772-80 | |
| 抗Bin1 | GeneTex | GTX103259 | |
| 活细胞成像 | CSU-X1转盘共聚焦头 | Perkin-Elmer | UltraVIEW VoX |
| 显微镜 | TCS Sp5 AOBS激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 神经元培养 | Neurobasal培养基 | Thermo Fisher | -- |
| B27添加剂 | Thermo Fisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 激酶抑制剂筛选 | 抑制剂浓度(10、100 nM和1、10 μM)、处理时间(10分钟)、阳性对照(10 μM多巴酚丁胺)和阴性对照(100 nM GDC-0941)、评分标准(>80%减少为降低,>200%增加为升高) 阅读提示:Methods 'Small compound inhibitors and ligands'及Fig. 1a, b |
| Cdk5/GSK3β遗传抑制及回补 | siRNA序列(CDK5 HSS101729、GSK3α HSS104518、GSK3β HSS104522)、转染试剂(Oligofectamine或RNAi MAX)、转染两次、分析时间(第3-4天)、回补突变体(WT、CA、DN) 阅读提示:Methods 'siRNA suppression of gene expression'及Fig. 3a, c |
| FEME载体分离 | 蔗糖梯度浓度(40.6%、35%、25%、8%)、超速离心条件(210,000×g,3小时,4°C)、抗Endophilin抗体偶联磁珠 阅读提示:Methods 'FEME carrier isolation'及Fig. 6f, g |
| 神经元形态学分析 | 小鼠海马神经元E16、电转DNA量(200 ng)、细胞数(5×10^4)、Semaphorin 3A浓度(5 nM)和处理时间(20分钟)、轴突长度测量方法 阅读提示:Methods 'Neuronal culture and analysis'及Fig. 5h-j |
| Plexin A1摄取实验 | Semaphorin 3A浓度(20 nM)、抗PlexinA1抗体浓度(10 μg/mL)、处理时间(5分钟)、酸洗步骤 阅读提示:Methods 'Cell stimulation and cargo uptake'及Fig. 5g |