比较KIF18A敲低对CIN和近二倍体细胞增殖的影响
验证CIN肿瘤细胞是否特异性依赖KIF18A进行增殖。
使用多种CIN肿瘤细胞系(MDA-MB-231、MDA-MB-468、HCC1806、HT29、LoVo、SW480、LS1034、HeLa Kyoto)和近二倍体细胞(MCF10A、HCT116),通过siRNA敲低KIF18A,利用自动化活细胞成像评估细胞密度变化。
Chromosomally unstable tumor cells specifically require KIF18A for proliferation.
包含多种CIN和近二倍体细胞系体外增殖、有丝分裂、纺锤体形态、中心体完整性及活细胞成像验证,并涉及信号通路机制解析。
染色体不稳定三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231、MDA-MB-468和HCC1806 染色体不稳定结直肠癌细胞系HT29、LoVo、SW480和LS1034 近二倍体细胞系MCF10A、HCT116 HeLa Kyoto细胞
siRNA浓度5 pmol,转染试剂Lipofectamine RNAiMAX,双敲低时浓度降至0.7倍 紫杉醇处理浓度:20 nM(3小时)或10 nM(24小时),诺考达唑5 μM(3小时),monastrol 20 μM,UMK57 500 nM 活细胞成像每2分钟拍摄一次,持续16-20小时;固定细胞免疫荧光使用γ-tubulin、α-tubulin、centrin-1等抗体 细胞增殖检测使用Cytation 5成像系统,每2小时拍摄一次,持续96小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CIN肿瘤细胞是否特异性依赖KIF18A进行增殖。
使用多种CIN肿瘤细胞系(MDA-MB-231、MDA-MB-468、HCC1806、HT29、LoVo、SW480、LS1034、HeLa Kyoto)和近二倍体细胞(MCF10A、HCT116),通过siRNA敲低KIF18A,利用自动化活细胞成像评估细胞密度变化。
探究KIF18A敲低是否诱导CIN细胞死亡。
在HT29和MCF10A细胞中敲低KIF18A,使用CellTox Green染料标记死亡细胞,通过活细胞成像计算相对细胞死亡;Western blot检测cleaved-caspase 3表达。
确定KIF18A敲低是否引起CIN细胞有丝分裂延迟或阻滞。
在CIN和近二倍体细胞中敲低KIF18A,通过固定细胞免疫荧光计算有丝分裂指数,通过DIC活细胞成像测量核膜破裂(NEB)至后期起始(AO)时间及有丝分裂失败比例。
检验KIF18A敲低是否诱导多极纺锤体和中心体碎片化。
固定细胞免疫荧光标记γ-tubulin、α-tubulin和centrin-1,计数多极纺锤体(≥3个γ-tubulin聚集中心);活细胞成像使用SiR-tubulin标记微管,观察纺锤体极分裂。
验证动态微管是否为中心体碎片化所必需。
在KIF18A敲低的MDA-MB-231细胞中,分别用紫杉醇(20 nM)或诺考达唑(5 μM)处理3小时,固定后分析多极纺锤体比例;比较临床相关浓度紫杉醇(10 nM,24小时)对MDA-MB-231和MCF10A细胞纺锤体形态的影响。
判断中心体碎片化是否依赖双极纺锤体或KIF11产生的力。
在KIF18A敲低的MDA-MB-231细胞中,使用monastrol(20 μM)诱导单极纺锤体,分析中心体碎片化;并测试紫杉醇(20 nM)对单极纺锤体中心体碎片化的影响。
验证增加动粒微管周转是否增强KIF18A敲低诱导的缺陷。
在KIF18A敲低的MDA-MB-231细胞中,使用UMK57(500 nM)处理或过表达mCherry-MCAK或mCherry-CPB-MCAK,检测增殖、有丝分裂指数和多极纺锤体。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| McCoys 5A培养基 | Gibco | -- | |
| 马血清 | Gibco | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Opti-MEM减血清培养基 | Gibco | -- | |
| Silencer和Silencer Select KIF18A siRNA | Invitrogen | -- | |
| KIF18B siRNA | Dharmacon | -- | |
| KIF4A siRNA | Invitrogen | -- | |
| KID/KIF22 siRNA | Invitrogen | -- | |
| MCAK/KIF2C siRNA | Dharmacon | -- | |
| MAD2 siRNA | Invitrogen | -- | |
| CLASP1 siRNA | Dharmacon | -- | |
| HSET/KIFC1 siRNA | Dharmacon | -- | |
| 乱序序列阴性对照siRNA | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | 紫杉醇 | Selleck Chemicals | -- |
| 诺考达唑 | Selleck Chemicals | -- | |
| monastrol | Selleck Chemicals | -- | |
| UMK57 | Duane Compton | -- | |
| 细胞增殖与毒性检测 | Cytation 5细胞成像多模式阅读器 | Biotek | -- |
| Gen5软件 | Biotek | -- | |
| Biospa 8自动化培养箱 | Biotek | -- | |
| 细胞毒性检测 | CellTox绿色染料 | Promega | G8742 |
| 细胞计数 | Hoechst染料 | Invitrogen | H3570 |
| 免疫荧光 | 小鼠抗α-微管蛋白(DM1α) | Millipore Sigma | T6199 |
| 人抗着丝点抗体(ACA) | antibodies Incorporated | 15-235 | |
| 兔抗γ-微管蛋白 | Abcam | ab11317 | |
| 小鼠抗γ-微管蛋白 | Sigma-Aldrich | T5326 | |
| 兔抗KIF18A | Bethyl Laboratories | A301-080A | |
| 小鼠抗centrin-1 | Millipore Sigma | 04-1624 | |
| 兔抗mCherry | Abcam | ab167453 | |
| Alexa Fluor 488、594和647二抗 | Molecular Probes | -- | |
| 含DAPI的Prolong Gold抗淬灭封片剂 | Molecular Probes | -- | |
| 显微镜成像 | Ti-E或Ti-2E倒置显微镜 | Nikon Instruments | -- |
| NIS Elements软件 | Nikon Instruments | -- | |
| Clara冷却电荷耦合器件(CCD)相机 | Andor | -- | |
| Prime Bsi sCMOS相机 | Teledyne Photometrics | -- | |
| Spectra-X光源 | Lumencore | -- | |
| 活细胞成像 | SiR-微管蛋白 | Cytoskeleton | CY-SC002 |
| Western blot | 4-15%梯度胶 | BioRad | -- |
| PVDF膜 | BioRad | -- | |
| Odyssey封闭缓冲液 | Li-Cor | -- | |
| 小鼠抗GAPDH | Millipore | MAB374 | |
| 兔抗KIF18A | Bethyl Laboratories | A301-080A | |
| 兔抗Kif4A | Bethyl Laboratories | A301-074A | |
| 兔抗KIF22 | Millipore Sigma | HPA048213 | |
| 兔抗MCAK | Abcam | ab187652 | |
| 兔抗MAD2 | Bethyl Laboratories | A300-301A | |
| 兔抗Cleaved Caspase-3 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 山羊抗兔IgG DyLight 800偶联物 | Invitrogen | SA5-10036 | |
| 山羊抗小鼠IgG DyLight 680 | Invitrogen | SA5-10170 | |
| Odyssey CLx成像系统 | Li-Cor | -- | |
| qRT-PCR | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| 2100 Bioanalyzer | Agilent Technologies | -- | |
| 人GAPDH Taqman探针(Hs01015428_m1) | Thermo Fisher Scientific | Hs01015428_m1 | |
| 人KIF18A Taqman探针(Hs02786624_g1) | Thermo Fisher Scientific | Hs02786624_g1 | |
| 细胞系验证 | Promega GenePrint® 10系统 | Promega | B9510 |
| 质粒转染 | 4D核转染系统 | Lonza | -- |
| LTX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞增殖检测 | 细胞系来源(ATCC)、培养基类型、血清浓度、siRNA浓度(5 pmol)、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)、成像时间(96小时)、数据分析方法(归一化至对照) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfections; Proliferation and cytotoxicity assays; Figure 1 legend |
| 有丝分裂时长分析 | 活细胞成像间隔(2分钟)、成像时长(16-20小时)、NEB和AO定义、细胞系、siRNA处理时间(24小时前) 阅读提示:Methods: Live imaging; Mitotic timing and mitotic index analyses; Figure 3 legend |
| 多极纺锤体分析 | 固定和染色方法(甲醇或PFA/甲醇)、抗体稀释比例、多极纺锤体定义(≥3个γ-tubulin聚集中心)、成像物镜(40x、60x、100x)、z轴切片间隔(200 nm) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence; Mitotic spindle morphology analyses; Figure 4 legend |
| 药物处理实验 | 药物浓度(紫杉醇20 nM或10 nM、诺考达唑5 μM、monastrol 20 μM、UMK57 500 nM)、处理时间(3小时或24小时)、溶剂对照(DMSO)、加药时间(siRNA后24小时) 阅读提示:Methods: Drug treatments; Figure 6 and Figure 7 legends; Figure 8 legend |
| siRNA敲低效率验证 | siRNA来源和序列、qRT-PCR引物(KIF18A Hs02786624_g1, GAPDH Hs01015428_m1)、Western blot抗体、敲低效率计算 阅读提示:Methods: Knockdown quantification analysis; qRT-PCR; Supplementary Fig. 1 |