温度与cAMP信号对TET1表达的调控分析
确定TET1表达是否受产热刺激调控并与Ucp1表达呈负相关。
比较野生型C57BL/6J小鼠在室温、4°C寒冷或30°C热中性环境24小时后iWAT、eWAT和BAT中Tet1和Ucp1的mRNA及蛋白表达;在3T3-L1、永生化米色和棕色脂肪细胞分化前后检测TET1表达;在原代米色脂肪细胞中用Forskolin或去甲肾上腺素刺激3小时检测Tet1和Ucp1 mRNA。
TET1 is a beige adipocyte-selective epigenetic suppressor of thermogenesis.
含离体米色脂肪细胞增益/缺失功能、脂肪选择性敲除小鼠体内代谢表型、ChIP及RNA-Seq机制验证
永生化米色和棕色脂肪细胞系 3T3-L1白色脂肪细胞 原代腹股沟白色脂肪细胞 Fabp4-Cre脂肪选择性Tet1敲除小鼠
米色脂肪细胞中Tet1敲低或过表达后,Forskolin刺激下Ucp1等产热基因表达及线粒体呼吸变化 Adi-Tet1KO小鼠在4°C冷暴露下的直肠核心体温、氧气消耗及血清甘油水平 高脂饮食(60%热量来自脂肪)喂养后体重、体成分、胰岛素和葡萄糖耐量 Tet1突变体(Tet1∆CD、Tet1CD、Tet1CDM)过表达对Ucp1的抑制效应 TET1与HDAC1共免疫沉淀及ChIP-reChIP在Ucp1和Ppargc1a调控区的共结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TET1表达是否受产热刺激调控并与Ucp1表达呈负相关。
比较野生型C57BL/6J小鼠在室温、4°C寒冷或30°C热中性环境24小时后iWAT、eWAT和BAT中Tet1和Ucp1的mRNA及蛋白表达;在3T3-L1、永生化米色和棕色脂肪细胞分化前后检测TET1表达;在原代米色脂肪细胞中用Forskolin或去甲肾上腺素刺激3小时检测Tet1和Ucp1 mRNA。
检验TET1是否以细胞自主方式抑制米色脂肪细胞产热基因表达和线粒体呼吸。
在成熟永生化米色脂肪细胞中用shRNA敲低Tet1、Tet2或Tet3,或用慢病毒过表达Tet1,检测Forskolin刺激下Ucp1、Ppargc1a、Cidea、Elovl3等产热基因表达,以及基础和去甲肾上腺素刺激下的线粒体呼吸。
确定TET1在体内对寒冷耐受、能量消耗和饮食诱导肥胖的调控作用。
利用Fabp4-Cre构建脂肪选择性Tet1敲除小鼠(Adi-Tet1KO),在4°C冷暴露下监测直肠温度、氧气消耗和血清甘油;冷暴露7天后检测iWAT和BAT组织学及UCP1、PGC1α蛋白表达和线粒体呼吸;高脂饮食喂养后评估体重、体成分、胰岛素和葡萄糖耐量。
判断TET1对产热基因的抑制是否需要其DNA去甲基化酶活性。
在米色脂肪细胞中过表达Tet1 WT、Tet1∆CD、Tet1CD或Tet1CDM突变体,检测Forskolin刺激下Ucp1表达和线粒体呼吸;敲低Dnmt1/3a/3b后联合敲低Tet1检测Ucp1;用α-KG或琥珀酸二乙酯预处理后检测Forskolin诱导的Ucp1;用5hmC-Seal-Seq分析冷暴露前后iWAT中5hmC水平;用亚硫酸氢盐PCR测序分析Ucp1和Tet1启动子/增强子CpG甲基化。
确定TET1是否通过与HDAC1相互作用介导产热基因抑制。
在HEK293T细胞中共转染Ty1-Tet1 WT或Ty1-Tet1∆CD与Myc-HDAC1进行共免疫沉淀;在过表达Ty1-Tet1的米色脂肪细胞中进行HDAC1和Ty1的ChIP-reChIP及ChIP-qPCR,检测Ucp1和Ppargc1a调控区结合;在WT和KO iWAT中进行H3K27ac ChIP-qPCR;用CRISPR-Cas敲除HDAC1后检测TET1过表达对Ucp1和Ppargc1a的抑制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 罗格列酮 | Cayman | -- |
| 胰岛素 | Sigma | -- | |
| 地塞米松 | Sigma | -- | |
| 异丁基甲基黄嘌呤 | Sigma | -- | |
| 药物处理 | α-酮戊二酸 | Sigma | -- |
| 琥珀酸二乙酯 | Sigma | -- | |
| CL316,243 | Sigma | -- | |
| Western blot | Tet1抗体 | GeneTex | GTX1242071 |
| β-actin抗体 | Thermo Fisher | MA5-14739 | |
| UCP1抗体 | Abcam | Ab10983 | |
| PGC1α抗体 | Abcam | Ab54481 | |
| ChIP-qPCR | H3K27ac抗体 | Abcam | Ab4729 |
| 流式分析 | CD45-PerCP/Cy5.5抗体 | Biolegend | 103131 |
| F4/80-PE/Cy7抗体 | Biolegend | 123113 | |
| 免疫沉淀 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白A/G PLUS琼脂糖 | Santa Cruz | SC-2003 | |
| Dot-blot | DNeasy血液与组织DNA提取试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| 细胞呼吸 | 寡霉素 | -- | -- |
| FCCP | -- | -- | |
| 鱼藤酮 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RETROscript第一链合成试剂盒 | Ambion | -- | |
| RT-qPCR | SYBR Green qPCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| RNA-Seq | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| 5hmC-Seal | UDP-叠氮葡萄糖 | Active Motif | 55020 |
| T4 β-葡萄糖基转移酶 | Thermofisher | EO0831 | |
| Zymo DNA清洁浓缩试剂盒 | Zymo | D4014 | |
| 链霉亲和素C1磁珠 | Thermofisher | 65001 | |
| 亚硫酸氢盐测序 | EZ DNA甲基化-闪电试剂盒 | Zymo Research | D5030 |
| Topo TA克隆系统 | Invitrogen | -- | |
| AAV注射 | AAV8-hAdp-iCre病毒 | Vector Biolabs | -- |
| AAV8-Null对照病毒 | Vector Biolabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物温度挑战 | 小鼠品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、年龄、冷暴露温度(4°C)和热中性温度(30°C)、暴露时长(24小时或7天)、每组样本量 阅读提示:Methods Animals小节及图1、图4图注 |
| 脂肪选择性Tet1敲除 | Cre品系(Fabp4-Cre)、敲除效率(iWAT、eWAT、BAT脂肪细胞 fraction 中>80%)、对照设置、非脂肪组织验证 阅读提示:Results相应段落及Supplementary Fig. 3 |
| 高脂饮食代谢表型 | 饮食配方(60%热量来自脂肪)、起始年龄(8周龄)、喂养时长(至多3个月)、体重监测频率、体成分和耐量试验时间点 阅读提示:Methods Animals小节及图5图注 |
| 米色脂肪细胞 gain/loss-of-function | 细胞系(永生化米色脂肪细胞)、分化阶段(成熟day 5)、转导时长(48小时)、Polybrene浓度(8 μg/ml)、Forskolin和去甲肾上腺素浓度(文中未明确说明)、每组n数 阅读提示:Methods Cell culture小节及图2、图3图注 |
| TET1-HDAC1机制验证 | ChIP抗体(Ty1、HDAC1、IgG)、ChIP-qPCR n=3、H3K27ac ChIP-qPCR n=3、HDAC1敲除验证 阅读提示:Methods ChIP-qPCR小节及图7图注 |