建立异型和同型克隆竞争模型
区分基因敲低是否引起竞争性消除而非普遍性细胞活力损害
利用hs-Flp/Act>CD2>Gal4或tub>CD2>lexA系统在果蝇翅盘产生GFP或mCherry标记的克隆,比较异型(突变克隆 surrounded by WT)和同型(组织-wide敲低背景下的非竞争克隆)中的克隆占据率
The NMDA receptor regulates competition of epithelial cells in the Drosophila wing.
果蝇翅盘异型/同型克隆竞争模型、免疫染色、FRET乳酸传感、遗传和药理干预多层级验证
果蝇翅成虫盘异型克隆竞争模型 果蝇翅成虫盘同型克隆竞争模型 Myc过表达超级竞争克隆模型
NR2-RNAi克隆在异型背景中被消除而在同型背景中保留 NR2过表达克隆过度生长并占据组织 Myc克隆中NR2上调且NR2敲低消除Myc超级竞争 乳酸FRET传感器检测失败者与赢家细胞内乳酸水平 MCT1抑制剂或Mct1/ImpL3敲低阻断乳酸转移并挽救失败者消除
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
区分基因敲低是否引起竞争性消除而非普遍性细胞活力损害
利用hs-Flp/Act>CD2>Gal4或tub>CD2>lexA系统在果蝇翅盘产生GFP或mCherry标记的克隆,比较异型(突变克隆 surrounded by WT)和同型(组织-wide敲低背景下的非竞争克隆)中的克隆占据率
验证NR2相对水平是否决定细胞竞争行为
使用5种NR2-RNAi构建体敲低NR2,或在克隆中过表达NR2,量化克隆占据率;并用AP5抑制NR2
确定NR2敲低克隆被消除所依赖的信号通路
检测p-JNK、PucLacZ和MMP1;在NR2-RNAi克隆中同时敲低grnd、hep或表达bsk-DN、p35、DIAP1,观察克隆消除是否被挽救
检验JNK是否通过PDK磷酸化PDH并导致失败者克隆消除
检测p-PDH;在NR2-RNAi克隆中共敲低PDK或过表达PDH,量化克隆占据率和cleaved DCP1阳性细胞
验证失败者细胞是否产生并分泌乳酸给赢家细胞
使用UAS-lactate FRET传感器在克隆或组织-wide表达,检测NR2-RNAi克隆及周围细胞的乳酸FRET信号;用MCT抑制剂、Mct1敲低、乳酸喂养干预
检验阻止乳酸转移是否挽救失败者克隆消除
在NR2-RNAi克隆中共敲低Mct1、ImpL3或CG13907/CG3409,或使用MCT1抑制剂,量化克隆占据率
验证NR2是否参与Myc超级竞争以及乳酸是否从失败者转移至Myc赢家
检测Myc克隆中NR2表达;在Myc克隆中敲低NR2或组织-wide敲低NR2,或使用AP5,量化Myc克隆占据率和WT细胞消除;用乳酸FRET检测MCT抑制剂处理下Myc克隆和周围细胞的乳酸变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 小鼠抗dNR2抗体 | -- | -- |
| 小鼠抗dlg1抗体 | DSHB | -- | |
| 小鼠抗GFP抗体 | Roche | 11814460001 | |
| 小鼠抗MMP1抗体 | DSHB | -- | |
| 兔抗cleaved DCP1抗体 | Cell Signaling | -- | |
| 小鼠抗p-JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9255 | |
| 鬼笔环肽-555 | Invitrogen/Molecular probes | A34055 | |
| 小鼠多克隆抗MCT1抗体 | Abcam | ab90582 | |
| 兔多克隆抗Myc抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-28207 | |
| 兔多克隆抗p-PDHE1抗体 | Abcam | ab92696 | |
| Vectashield封片剂 | Vector Labs | -- | |
| 含DAPI的Vectashield封片剂 | Vector Labs | -- | |
| 线粒体染色 | 四甲基罗丹明甲酯 | -- | -- |
| MitoTracker Red CMXRos | LifeTechnologies | M7512 | |
| 乳酸喂养和抑制剂处理 | L-乳酸 | Sigma Aldrich | 71718-10G |
| AP5 | Sigma Aldrich | A8054 | |
| PEAQX四钠盐水合物 | Sigma Aldrich | 1999 | |
| AR-C155858 | Bio-Techne (Tocris) | -- | |
| 离体乳酸FRET成像 | M16培养基 | Sigma Aldrich | M7292 |
| μ-slide腔室盖玻片 | ibidi | 80826 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 克隆诱导和竞争实验 | 热激条件37°C 10分钟;克隆诱导后48或72小时解剖;异型与同型遗传背景;每个基因型/条件分析10个翅盘,至少3次独立实验 阅读提示:Methods中的Fly husbandry和Homotypic and heterotypic cell competition assays小节;Fig. 1图注 |
| NR2敲低和过表达 | NR2-RNAi构建体种类(GD3196、TRIPJF02044、TRIPHMS02012、TRIPHMS02176、NR2TW);NR2过表达条件;AP5浓度5 μM处理48小时 阅读提示:Methods中的Fly strains和Lactate feeding and treatments with inhibitors小节;Fig. 1、Supplementary Fig. 3 |
| JNK>PDK>PDH机制验证 | grnd-RNAi、hep-RNAi、bsk-DN、p35/DIAP1、Pdk-RNAi、UAS-Pdh的基因型;p-PDH免疫染色抗体浓度1:200 阅读提示:Methods中的Fly strains和Immunohistochemistry小节;Fig. 2、Fig. 3 |
| 乳酸FRET检测 | UAS-lactate FRET表达方式(克隆或nub-Gal4组织-wide);离体成像M16培养基;MCT抑制剂离体浓度10 nM;监测时间10分钟 阅读提示:Methods中的Lactate measurements using FRET-based metabolite sensor小节;Fig. 4、Fig. 6 |
| Myc超级竞争实验 | UAS-Myc基因型;NR2-RNAi与Myc共表达;组织-wide NR2敲低;AP5处理浓度5 μM 阅读提示:Methods中的Fly strains和Lactate feeding and treatments with inhibitors小节;Fig. 8 |