宿主CBS/H2S在Mtb感染中的作用
验证Mtb感染是否改变宿主CBS表达及H2S水平,并评估CBS缺失对细菌载量和生存的影响。
用Mtb H37Rv感染RAW 264.7巨噬细胞和小鼠腹腔巨噬细胞,检测CBS蛋白水平;用Cbs+/−和野生型小鼠进行Mtb感染,检测肺和脾的细菌载量、生存期及病理变化。
Hydrogen sulfide stimulates Mycobacterium tuberculosis respiration, growth and pathogenesis.
包含Cbs+/−小鼠感染模型、巨噬细胞体外感染、Mtb呼吸与代谢分析、转录组及基因突变株验证,并有功能与机制验证
Cbs+/−小鼠与野生型小鼠Mtb感染模型 小鼠腹腔巨噬细胞 Mtb H37Rv及cydC::aph、ΔdosS、ΔdosT等突变株 耻垢分枝杆菌和牛分枝杆菌BCG
Cbs+/−小鼠与野生型小鼠在Mtb感染后的生存期、肺和脾的细菌载量 GYY4137浓度(5、10、25、50、100 µM)对Mtb生长、ATP和OCR的双相效应 Mtb cydC::aph突变株中GYY4137对OCR和生长的刺激作用减弱 AOAA(13 mg/kg,每周6天,共6周)和GYY4137(25 mg/kg,每周3天,共6周)腹腔给药对小鼠肺部细菌载量的影响 RNA-seq中25 µM GYY4137处理1小时后差异表达基因及Dos调节子诱导
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Mtb感染是否改变宿主CBS表达及H2S水平,并评估CBS缺失对细菌载量和生存的影响。
用Mtb H37Rv感染RAW 264.7巨噬细胞和小鼠腹腔巨噬细胞,检测CBS蛋白水平;用Cbs+/−和野生型小鼠进行Mtb感染,检测肺和脾的细菌载量、生存期及病理变化。
验证H2S是否直接调节Mtb生长、ATP水平和呼吸。
用H2S供体GYY4137和NaHS处理Mtb,检测CFU、ATP水平和OCR;用LC-MS/MS检测代谢物;用13C标记进行碳追踪分析。
确定H2S刺激Mtb呼吸是否主要通过CytBD。
使用Mtb cydC::aph突变株(CytBD缺陷)和互补株,检测GYY4137对OCR、ATP和生长的影响;用耻垢分枝杆菌和KCN处理区分aa3型氧化酶和CytBD。
分析H2S对Mtb基因表达的影响及Dos调节子诱导是否依赖DosS/DosT。
对Mtb和cydC::aph进行RNA-seq;用qRT-PCR检测WT、ΔdosS、ΔdosT和ΔdosST突变株中Dos调节子基因表达。
评估H2S是否促进Mtb进入低氧休眠及抵抗氧化应激。
用甲硝唑处理检测GYY4137暴露后Mtb在低氧下的存活;进行8周低氧和再氧合恢复实验;用CHP和MND氧化应激检测存活率;用DHE检测ROS。
验证H2S是否逆转•NO对Mtb呼吸的抑制,以及药理学调节CBS是否改变小鼠感染结局。
用•NO供体DETA/NO和GYY4137处理Mtb检测OCR、ATP和CFU;在巨噬细胞和小鼠中使用CBS抑制剂AOAA和GYY4137,检测细菌载量和血清硫化物水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| H2S供体处理 | GYY4137 | Cayman Chemicals | -- |
| 细菌培养 | Middlebrook 7H9肉汤 | Difco | -- |
| BBL 7H11琼脂 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫印迹 | 抗CBS抗体 | Santa Cruz | sc-67154 |
| 抗3-MST抗体 | Abcam | ab85377 | |
| 抗CSE抗体 | Proteintech | 12217-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc-25778 | |
| 抗iNOS抗体 | Abcam | ab3523 | |
| 过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG二抗 | Abcam | ab6721 | |
| 流式细胞术 | Ly-6G (Gr-1) APC抗体 | eBioscience | 17-9668-82 |
| CD11b eVolve 605抗体 | eBioscience | 83-0112-42 | |
| F4/80抗原APC-eFluor 780抗体 | eBioscience | 47-4801-82 | |
| CD4 eVolve 605抗体 | eBioscience | 83-0042-42 | |
| CD45.2-Bv650抗体 | BioLegend | 109836 | |
| IFN-γ-APC抗体 | BioLegend | 505810 | |
| BD固定/透化试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞因子分析 | Bio-Plex Pro小鼠细胞因子17重检测试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| 呼吸测量 | XF96细胞外通量分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Oroboros Oxygraph-2k呼吸测量仪 | Oroborus Instruments | -- | |
| ATP检测 | Enliten ATP检测系统 | Promega | -- |
| ROS检测 | 二氢乙锭 | -- | -- |
| H2S检测 | WSP-1荧光探针 | Cayman Chemicals | -- |
| 硝酸盐/亚硝酸盐检测 | 硝酸盐/亚硝酸盐荧光检测试剂盒 | Cayman Chemicals | -- |
| RNA-seq | Ribo-Zero试剂盒 | Illumina | -- |
| TruSeq文库构建试剂盒 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| SsoAdvanced SYBR green预混液 | Bio-Rad | -- | |
| LC-MS/MS | Agilent 1200系列二元HPLC系统 | Agilent Technologies | -- |
| QTRAP 5500质谱仪 | AB/MDS Sciex | -- | |
| Waters Xterra C18色谱柱 | Waters | -- | |
| FNC分析 | [13C6]葡萄糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| [13C2]乙酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Micro BCATM蛋白检测试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| •NO供体处理 | DETA/NO | Sigma | -- |
| 精胺NONOate | Cayman Chemicals | -- | |
| 氧化应激实验 | 甲萘醌 | -- | -- |
| 低氧实验 | 甲硝唑 | -- | -- |
| 巨噬细胞处理 | 氨基氧乙酸 | -- | -- |
| 细菌培养 | 泰洛沙泊 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠感染与生存分析 | 小鼠品系(C57BL/6J Cbs+/+与B6;129P2-Cbstm1Unc/J Cbs+/−)、感染途径(气管滴注或气溶胶)、初始感染剂量、每组10只、观察至300天 阅读提示:Methods中“Mtb infection of mice”与Fig. 1g图注 |
| GYY4137处理Mtb的体外生长与呼吸测量 | GYY4137浓度(5、10、25、50、100 µM)、spent GYY4137对照、处理时间(生长至12天,ATP 24小时,OCR实时)、NaHS验证 阅读提示:Methods中“H2S donor compounds and preparation”与“Bioenergetic analysis using the Seahorse XF96 analyzer”;Fig. 2图注 |
| cydC::aph突变株的呼吸与生长验证 | Mtb cydC::aph与互补株的构建、GYY4137浓度(10、25、50、100 µM)、OCR和CFU检测时间点 阅读提示:Methods中“Bacterial strains and growth conditions”;Fig. 4图注 |
| RNA-seq与qRT-PCR的H2S处理条件 | GYY4137 25 µM处理1小时、生物学重复数(RNA-seq每组3,qRT-PCR每组5)、低氧控制验证、差异表达阈值(倍数≥±1.5且q<0.05) 阅读提示:Methods中“Isolation of RNA and sequencing”与“Isolation of RNA and quantitative RT-PCR”;Fig. 5图注 |
| AOAA与GYY4137小鼠给药实验 | AOAA剂量13 mg/kg、每周6天、共6周;GYY4137剂量25 mg/kg、每周3天、共6周;腹腔注射;感染后2周开始治疗;每组5−6只 阅读提示:Methods中“AOAA/GYY4137 treatment in mice”;Fig. 6k、l图注 |