筛选调控小窝的BAR蛋白
鉴定参与小窝生物学及Cav1内吞转运的候选BAR蛋白。
用Cav1-GFP内吞转运实验在HeLa细胞中分别沉默pacsin2、SNX9、cip4、toca1、FBP17和dynamin2,悬浮1小时后计数核周Cav1-GFP。
An Abl-FBP17 mechanosensing system couples local plasma membrane curvature and stress fiber remodeling during mechanoadaptation.
含体外细胞、EM、单分子AFM、纯化蛋白体外实验、分子动力学模拟及多种基因敲除/敲低验证
人包皮成纤维细胞 HeLa细胞 RPE-1细胞 Cav1 KO与FBP17 KO MEF细胞
FBP17沉默或敲除采用独立siRNA/shRNA序列及KO细胞验证 Cav1内吞转运实验量化悬浮1小时后核周Cav1-GFP EM结合钌红标记表面连通结构计数小窝玫瑰花结 低渗处理浓度与时间:30或60 mOsm,2、5、10分钟及释放后5+5分钟 c-Abl抑制剂STI571 10 μM预孵育30分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定参与小窝生物学及Cav1内吞转运的候选BAR蛋白。
用Cav1-GFP内吞转运实验在HeLa细胞中分别沉默pacsin2、SNX9、cip4、toca1、FBP17和dynamin2,悬浮1小时后计数核周Cav1-GFP。
确定FBP17是否特异调控小窝玫瑰花结组装。
在人成纤维细胞和RPE-1细胞中沉默或敲除FBP17,用EM结合钌红标记表面连通结构,计数玫瑰花结、玫瑰花结外小窝及大内陷。
验证FBP17在渗透冲击和机械牵张下的保护作用及对PM张力的调控。
对FBP17沉默细胞进行低渗处理和循环牵张,台盼蓝计数死亡细胞;用磁镊测量低渗冲击后系链力变化;在Cav1 KO及双KO MEF中比较敏感性。
确定张力是否通过c-Abl磷酸化FBP17及其位点。
低渗处理后免疫沉淀内源FBP17检测磷酸酪氨酸;用STI571抑制c-Abl;纯化c-Abl体外磷酸化GST-FBP17;质谱鉴定Y190、Y205、Y287;构建3YF和3YE突变体检测管化与脂质体管化。
检验c-Abl激酶活性是否受机械刺激调控及其ABD结构域的机械稳定性。
低渗、硬基底和牵张后检测内源c-Abl对GST-CrkII或CrkII Y221的磷酸化;用AFM单分子力谱拉伸I91-ABD-I91异多聚蛋白,并进行粗粒化分子动力学模拟。
确定张力调控的FBP17磷酸化是否影响mDia1依赖的应力纤维及细胞保护。
表达GFP-FBP17或3YE并定量背部、腹侧和横向应力纤维;体外pyrene-actin聚合实验检测mDia1C活性;用3YE回补FBP17沉默细胞检测低渗敏感性;STI571预处理检测保护效应。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与转染 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| DMEM-F12培养基 | -- | -- | |
| Fugene6转染试剂 | Roche | -- | |
| Oligofectamine转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| Western blot与免疫荧光 | 小窝蛋白抗体 | BD | 610060 |
| Cav1 XP抗体 | Cell Signaling Technology | 3267 | |
| 免疫沉淀与Western blot | FBP17 790抗体 | Bethyl Laboratories | A302–790A |
| Western blot | 磷酸化CrkII Y221抗体 | Cell Signaling Technology | 3491 |
| SNX9抗体 | Sigma-Aldrich | HPA031410 | |
| c-Abl抗体(K12) | Santa Cruz | sc-131 | |
| CrkII抗体 | BD | 610035 | |
| cip4抗体 | BD | 612556 | |
| c-Abl抗体(8E9) | BD | 554148 | |
| 抗磷酸酪氨酸4G10抗体 | Millipore | 05–321 | |
| α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T-9026 | |
| Western blot与免疫沉淀 | GFP抗体 | Roche | 11814460 |
| Western blot | Myc抗体(9E10) | Santa Cruz Biotechnology | sc-40 |
| 体外激酶实验 | 重组c-Abl激酶片段 | New England Biolabs | -- |
| 全长c-Abl | Life Technologies | -- | |
| 蛋白纯化 | 镍-次氮基三乙酸亲和层析 | -- | -- |
| FPLC Superose 6 Increase 10/300层析柱 | GE Healthcare Life Sciences | -- | |
| 蛋白表达 | pQE80L蛋白表达质粒 | Qiagen | -- |
| 机械牵张 | Flexcell FX5000T牵张系统 | Flexcell | -- |
| 细胞培养 | Pronectin | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Cav1内吞转运实验 | HeLa细胞表达Cav1-GFP,siRNA转染,悬浮1小时,核周Cav1-GFP评分;N=3来自3次独立实验 阅读提示:Methods细胞培养与转染、Fig. 1a图注 |
| FBP17沉默与KO验证 | siRNA序列FBP17 #1 CCGAAUCAAUUGAUCAGAA、#2 GGAUUUUGACGACGAGUUU;shRNA序列GATCAGTTTGACAACTTA;RPE-1 FBP17 KO 阅读提示:Methods试剂与质粒、Fig. 1b、Fig. 3d |
| 小窝玫瑰花结EM定量 | 人成纤维细胞和RPE-1细胞,钌红标记,N=43–74细胞来自3次独立实验,检测玫瑰花结、玫瑰花结外小窝及大内陷 阅读提示:Fig. 3b–f图注 |
| 低渗冲击与机械牵张 | 30 mOsm 10分钟(部分60 mOsm或2分钟),台盼蓝0.02% w/v;牵张15–20%、0.5 Hz,1小时20分钟/30分钟/20小时;循环牵张设备Flexcell FX5000T 阅读提示:Methods低渗处理、细胞牵张;Fig. 4a,b图注 |
| c-Abl磷酸化FBP17 | STI571 10 μM预孵育30分钟,[γ-32P] ATP 30°C 60分钟,质谱鉴定Y190/Y205/Y287 阅读提示:Methods体外磷酸化实验;Fig. 5c–e、Fig. 6d,e |
| 应力纤维与mDia1活性 | mDia1C 75 nM,GFP-FBP17或3YE表达,背部/腹侧/横向应力纤维定量;N=68–74细胞来自3次独立实验 阅读提示:Fig. 8b–d图注 |