激活细胞因子信号通路验证
验证GFAP-IL6和GFAP-IFN小鼠小胶质细胞中IL-6和IFN-α信号的激活
通过免疫印迹和免疫组化检测pY705-STAT3和pY701-STAT1的表达
The cytokines interleukin-6 and interferon-α induce distinct microglia phenotypes
该研究包含多个独立证据层级:转基因小鼠模型(GFAP-IL6/GFAP-IFN)、离体FACS分选和RNA-seq、流式细胞术、免疫组化、形态学分析及转录组荟萃分析,并明确包含功能验证(增殖、凋亡、形态)和机制验证(信号通路激活、转录组变化)。
GFAP-IL6转基因小鼠 GFAP-IFN转基因小鼠
1、3、6月龄的GFAP-IL6、GFAP-IFN和野生型小鼠 BrdU腹腔注射剂量为100 mg/kg,连续5天 小胶质细胞的形态分析(总突起长度、分支数、终末点数) 流式细胞术评估小胶质细胞表面标志物 RNA-seq分析(FDR≤0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证GFAP-IL6和GFAP-IFN小鼠小胶质细胞中IL-6和IFN-α信号的激活
通过免疫印迹和免疫组化检测pY705-STAT3和pY701-STAT1的表达
评估小胶质细胞的增殖和凋亡差异
使用BrdU标记和TUNEL染色检测小胶质细胞的增殖和凋亡
量化小胶质细胞形态差异
使用组织透明化和免疫荧光,结合Imaris软件进行三维重建和形态测量
揭示小胶质细胞的转录组变化
分选小胶质细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因和GO富集
检测小胶质细胞表面标志物变化
使用高维流式细胞术和UMAP分析小胶质细胞表面蛋白
比较不同神经病理状态下的小胶质细胞反应
整合本研究和公共RNA-seq数据,进行聚类分析和功能富集
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| BrdU标记 | 5-溴-2'-脱氧尿苷 | -- | -- |
| 免疫组化 | 抗pY701-STAT1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc135648 |
| 抗pY705-STAT3抗体 | Cell Signaling Technologies | 9145L | |
| 生物素化山羊抗兔IgG | Vector Laboratories | BA-1000 | |
| VECTASTAIN Elite ABC 辣根过氧化物酶试剂盒 | Vector Laboratories | PK-7200 | |
| 亲和素/生物素封闭试剂盒 | Vector Laboratories | SP-2001 | |
| 生物素化番茄凝集素 | Sigma-Aldrich | L0651 | |
| HRP偶联链霉亲和素 | Vector Laboratories | SA-5004 | |
| 显微镜观察 | DM4000B显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| SPOT Flex相机 | Diagnostic Instruments | -- | |
| 免疫荧光 | 兔抗Iba1抗体 | Wako Pure Chemical Industries | 019-19741 |
| 大鼠抗BrdU抗体 | BioRad Laboratories | MCA2060GA | |
| 山羊抗兔IgG-AF488 | Thermo Fisher Scientific | A-11034 | |
| 山羊抗大鼠IgG-AF594 | Thermo Fisher Scientific | A-11007 | |
| 免疫荧光/封片 | Fluoroshield™ DAPI封片剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| TUNEL染色 | TUNEL反应混合物 | Roche | TMR Red |
| 荧光成像 | Zeiss AxioScan.Z1切片扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| Zeiss LSM800共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物III | Merck Millipore | 539134 |
| 磷酸酶抑制剂混合物II | Merck Millipore | 524625 | |
| 抗pS727-STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9177 | |
| 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 4904 | |
| 抗GAPDH抗体 | Merck Millipore | MAB374 | |
| HRP偶联山羊抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074P2 | |
| 过氧化物酶偶联山羊抗小鼠IgG | Sigma-Aldrich | A0168 | |
| 化学发光检测试剂 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| iBright™ 1500成像系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 组织透明化 | VA-044引发剂 | Wako Pure Chemical Industries | -- |
| 十二烷基硫酸钠 | -- | -- | |
| Histodenz密度梯度介质 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Hoechst 33342染色液 | Sigma-Aldrich | B2261 | |
| 形态分析 | Imaris 9.2.1软件 | Oxford Instruments | -- |
| FACS分选 | Percoll分离液 | -- | -- |
| 大鼠抗4D4抗体 | provided by Oleg Butovsky | -- | |
| 山羊抗大鼠IgG-APC | Biolegend | Poly4054 | |
| 7AAD染料 | BD Bioscience | 51-68981E | |
| BD Influx™细胞分选仪 | BD Bioscience | -- | |
| RNA提取 | RNeasy® plus微量试剂盒 | QIAGEN Inc. | -- |
| RNA-seq建库 | SMARTer®链特异性总RNA测序试剂盒(Pico输入哺乳动物) | Takara Bio Inc. | -- |
| RNA-seq | HiSeq 2500测序平台 | Illumina | -- |
| RTPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SensiFAST™ SYBR® Lo-ROX预混液 | Meridian Bioscience | -- | |
| 7500 Fast实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式细胞术 | 大鼠抗CD16/32-BB700抗体 | BD Bioscience | 2.4G2 |
| LIVE/DEAD™可固定蓝色死细胞染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 大鼠抗B220-BUV661抗体 | BD Bioscience | RA3-6B2 | |
| 大鼠抗CD115-AF594抗体 | Biolegend | AFS98 | |
| 大鼠抗CD11b-BUV737抗体 | BD Bioscience | M1/70 | |
| 仓鼠抗CD11c-APC-R700抗体 | BD Bioscience | N418 | |
| 仓鼠抗CD3e-PE/Cy5.5抗体 | Thermo Fisher Scientific | 145-2C11 | |
| 大鼠抗CD4-BV570抗体 | Biolegend | RM4-5 | |
| 大鼠抗CD45-APC/Cy7抗体 | BD Bioscience | 30-F11 | |
| 大鼠抗CD62L-BV650抗体 | Biolegend | MEL-14 | |
| 大鼠抗CD69-BV785抗体 | BD Bioscience | H1.2F3 | |
| 仓鼠抗CD80-PE/CF594抗体 | BD Bioscience | 16-10A1 | |
| 大鼠抗CD86-BV605抗体 | Biolegend | GL1 | |
| 大鼠抗CD8a-BUV805抗体 | BD Bioscience | 53-6.7 | |
| 大鼠抗F4/80-BUV395抗体 | BD Bioscience | T45-2342 | |
| 大鼠抗Ly6C-PE/Cy7抗体 | Biolegend | HK1.4 | |
| 大鼠抗Ly6G-BUV563抗体 | BD Bioscience | 1A8 | |
| 大鼠抗MHC-II (I-A/I-E)-BV510抗体 | BD Bioscience | M5/114.15.2 | |
| 小鼠抗NK1.1-PE/Cy5抗体 | Biolegend | PK136 | |
| 大鼠抗SCA-1-BV711抗体 | Biolegend | D7 | |
| 兔抗TMEM119-PE抗体 | Abcam | 106-6 | |
| LSR-X流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| LSR-II流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| FlowJo软件10版 | BD Bioscience | -- | |
| 大鼠抗FCRLS抗体 | provided by Oleg Butovsky | -- | |
| 小鼠抗MHC-I (H-2 Kb/H-2Db)-PE抗体 | Biolegend | 28-8-6 | |
| 大鼠抗CD11b-PerCP/Cy5.5抗体 | BD Bioscience | M1/70 | |
| 数据分析 | Spectre R包 | -- | -- |
| FlowSOM算法 | -- | -- | |
| UMAP降维算法 | -- | -- | |
| 统计 | Prism 9统计软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | GFAP-IL6和GFAP-IFN转基因小鼠的遗传背景(GFAP-IL6为C57BL/6,GFAP-IFN为C57BL/6×BALB/c混合背景)及野生型同窝对照 阅读提示:Methods: Mice |
| 细胞因子信号通路检测 | 免疫组化/免疫印迹检测pY705-STAT3和pY701-STAT1的抗体及稀释度 阅读提示:Methods: Histology, Immunoblotting |
| 小胶质细胞增殖和凋亡 | BrdU给药方案(剂量、时间、天数)及TUNEL染色的具体步骤 阅读提示:Methods: Mice, Histology |
| 小胶质细胞形态分析 | 组织透明化试剂(4%丙烯酰胺、0.05%双丙烯酰胺、0.25% VA-044)及抗体孵育时间 阅读提示:Methods: Tissue clearing |
| 转录组分析 | 小胶质细胞分选方案(eGFP+4D4+细胞)及RNA-seq文库构建条件(SMARTer试剂盒,14个PCR循环) 阅读提示:Methods: FACS, Library preparation, RNA-seq |
| 流式细胞术 | 细胞表面标志物抗体组合及浓度 阅读提示:Methods: Flow cytometry |