筛选差异表达circRNA
鉴定LSCC组织和癌旁组织中差异表达的circRNAs
对4对LSCC和配对癌旁组织进行RNA-seq,并通过qRT-PCR验证候选circRNA在组织及细胞系中的表达。
Circular RNA MTCL1 promotes advanced laryngeal squamous cell carcinoma progression by inhibiting C1QBP ubiquitin degradation and mediating beta-catenin activation
包含体外细胞功能实验(EdU、Transwell、伤口愈合)、体内异种移植模型、RNA pull-down、质谱、RIP、Co-IP、泛素化实验等,多层次验证circMTCL1-C1QBP-β-catenin机制。
喉鳞癌细胞系TU212 喉鳞癌细胞系LCC 喉鳞癌细胞系LLN BALB/c裸鼠异种移植瘤和肺转移模型
细胞系:TU212、LCC和LLN,HaCaT作为正常对照 临床样本:67对LSCC与癌旁组织(配对),以及140对用于IHC/ISH circMTCL1过表达或敲低的载体和siRNA序列 C1QBP敲低或过表达 体内实验:TU212细胞(2×10^6/鼠,5只/组,皮下;0.5×10^6/鼠,5只/组,尾静脉)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定LSCC组织和癌旁组织中差异表达的circRNAs
对4对LSCC和配对癌旁组织进行RNA-seq,并通过qRT-PCR验证候选circRNA在组织及细胞系中的表达。
验证circMTCL1的环状结构、亚细胞定位及临床相关性
RNase R处理验证环状RNA特性,FISH和核质分离检测定位,qRT-PCR检测67对临床样本表达,ROC和Kaplan-Meier分析预后价值。
寻找circMTCL1的直接结合蛋白并验证与C1QBP的相互作用
RNA pull-down结合质谱鉴定,Western blot验证候选蛋白,RNA pull-down和RIP验证直接结合,FISH和ISH/IHC检测共定位。
确定circMTCL1是否影响C1QBP蛋白水平及其降解
Western blot检测C1QBP在circMTCL1过表达或敲低后的表达,CHX追踪半衰期,MG132抑制蛋白酶体,泛素化实验检测C1QBP泛素化水平。
验证circMTCL1在体外对LSCC细胞增殖、迁移和侵袭的作用
通过EdU、Transwell迁移和侵袭实验、伤口愈合实验检测circMTCL1过表达或敲低对细胞功能的影响,并进行C1QBP拯救实验。
验证circMTCL1是否通过C1QBP影响Wnt/β-catenin通路
Western blot检测β-catenin、p-β-catenin、GSK3β、p-GSK3β、APC、CK1等蛋白的变化,Co-IP检测C1QBP与β-catenin的相互作用。
评估circMTCL1在体内对肿瘤生长和转移的影响
将稳定敲低circMTCL1的TU212细胞或对照细胞皮下注射或尾静脉注射BALB/c裸鼠,观察肿瘤生长、体积、重量,通过HE、IHC、ISH分析肿瘤组织。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596018 |
| RNA稳定性检测 | 核糖核酸酶R | Epicenter | -- |
| 逆转录 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher | 4374967 |
| qRT-PCR | TB Green Premix Ex Taq II | TaKaRa | RR820A |
| 蛋白质提取和定量 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0030 |
| 蛋白质浓度测定 | 紫外分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | 912A0888 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 化学发光系统 | Bio-Rad | 1708280 | |
| 泛素化实验 | MG132 | Sigma-Aldrich | C2211 |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| RNA pull-down | Pierce RNA 3'末端脱硫生物素化试剂盒 | Thermo Fisher | 20163 |
| 链霉亲和素琼脂糖树脂珠 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 质谱分析 | Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher | -- |
| RNA-FISH | DAPI | -- | -- |
| 尼康倒置荧光显微镜Ti2-U | Nikon | Ti2-U | |
| 亚细胞分离 | PARIS试剂盒 | Invitrogen | AM1921 |
| 转染 | X-tremeGENE siRNA转染试剂 | Roche | 4476093001 |
| X-tremeGENE DNA转染试剂 | Roche | 6366244001 | |
| EdU实验 | Cell Light EdU Apollo488体外成像试剂盒 | RiboBio | C10338-3 |
| 奥林巴斯显微镜IX53 | Olympus | IX53 | |
| 迁移和侵袭实验 | 8μm孔径Transwell小室 | Corning | -- |
| 侵袭实验 | Matrigel基质胶 | BD Bioscience | 354248 |
| 迁移和侵袭实验 | 结晶紫 | Weijia Biology Science and Technology Co. | -- |
| RIP | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-701 |
| 免疫沉淀 | 蛋白A琼脂糖珠 | CST | 8687S |
| IHC | 切片机RM2016 | Leica | RM2016 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Bovogen | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶-EDTA | -- | -- | |
| 质粒构建 | pLCDH载体 | GenePharma | Y0009367 |
| siRNA | 靶向circMTCL1或C1QBP的siRNA | GenePharma | -- |
| shRNA | 含shRNA的慢病毒载体 | Hanbio | -- |
| 琼脂糖凝胶电泳 | 琼脂糖 | -- | -- |
| PCR引物 | 引物 | Sangon | -- |
| qRT-PCR | ABI StepOnePlus实时PCR系统 | Thermo Fisher | -- |
| RNA测序 | Illumina HiSeq X Ten平台 | Illumina | -- |
| RNA质量分析 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系TU212、LCC、LLN、HaCaT的来源;培养基RPMI-1640含10%FBS;培养条件5% CO2, 37°C 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 样本收集 | 67例LSCC及配对癌旁组织;2016-2017年;伦理批准 阅读提示:Methods: Patients and specimens |
| circRNA筛选 | 4对LSCC和癌旁组织RNA-seq;差异表达阈值|log2FC|>1, P<0.05;验证qRT-PCR 阅读提示:Results: 第一节;Methods: RNA sequencing and analysis |
| RNA pull-down和质谱 | 生物素标记circMTCL1探针;细胞裂解液;链霉亲和素磁珠;质谱鉴定C1QBP 阅读提示:Methods: RNA pulldown and mass spectrometry |
| RNA稳定性和降解 | RNase R处理(37°C 30min);CHX追踪半衰期;MG132处理(20μM, 6h) 阅读提示:Methods: RT-PCR and real-time quantitative RT-PCR; Ubiquitination assay; Figure 2h-i |
| 泛素化实验 | MG132处理(20μM, 6h);IP用C1QBP抗体;WB检测泛素化 阅读提示:Methods: Ubiquitination assay |
| 细胞功能实验 | EdU孵育2小时;Transwell迁移/侵袭(8μm孔径,24小时);伤口愈合(0和48小时) 阅读提示:Methods: EdU assays; Cell migration and invasion assay; Wound healing assay |
| 体内实验 | 4周龄雄性BALB/c裸鼠;皮下注射2×10^6细胞/鼠,尾静脉0.5×10^6细胞/鼠;每组5只;4或8周后处死 阅读提示:Methods: Mouse model; Figure 6 |
| 蛋白检测 | 抗C1QBP (ab232712),抗β-catenin (ab6302),抗p-β-catenin (ab75777)等;稀释比例 阅读提示:Methods: Western blotting |
| 统计分析 | t检验,Kaplan-Meier存活分析,卡方检验;P<0.05 阅读提示:Methods: Statistical analysis |