体外验证Xbp1缺失诱导自噬
明确XBP1缺失的肠上皮细胞是否发生自噬诱导。
用shXbp1慢病毒载体稳定转导MODE-K细胞,检测ATG7、Beclin1、LC3-I/II转换、巴弗洛霉素处理后的自噬流、GFP-LC3斑点及电镜自噬泡。
Paneth cells as a site of origin for intestinal inflammation.
包含体外MODE-K细胞、多种IEC特异性及潘氏细胞特异性小鼠模型、TEM、ChIP与体内药物干预等功能与机制验证
MODE-K小鼠小肠上皮细胞系 V-Cre介导的肠上皮细胞特异性基因敲除小鼠 Defa6-Cre介导的潘氏细胞特异性Xbp1敲除小鼠 GFP-LC3转基因报告小鼠
Xbp1T-ΔIEC小鼠以连续3天或5天腹腔注射1 mg他莫昔芬诱导Xbp1缺失 Salubrinal按1 mg/kg/d腹腔给药,评价GFP-LC3斑点及肠炎 Rapamycin按1.5 mg/kg/d腹腔给药连续14天 BAY11-7082在Xbp1ΔIEC小鼠按5 mg/kg隔日给药14天,在Xbp1T-ΔIEC小鼠按20 mg/kg给药5天 小鼠8–10周龄用于全部实验,随机分配至处理组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确XBP1缺失的肠上皮细胞是否发生自噬诱导。
用shXbp1慢病毒载体稳定转导MODE-K细胞,检测ATG7、Beclin1、LC3-I/II转换、巴弗洛霉素处理后的自噬流、GFP-LC3斑点及电镜自噬泡。
在体内定位Xbp1缺失诱导自噬的细胞类型。
在Xbp1ΔIEC和Xbp1T-ΔIEC小鼠中检测原代IEC的LC3转换、p62、ATG16L1及电镜自噬泡,并用GFP-LC3报告共定位溶酶体阳性潘氏细胞。
确定UPR诱导自噬的信号通路。
在shXbp1 MODE-K细胞中检测p-PERK、p-eIF2α、ATF4、CHOP,用siPerk、siGadd34及抗ATF4 ChIP-qPCR检测LC3b和Atg7启动子结合,并用salubrinal处理小鼠。
验证自噬缺失对XBP1缺陷所致肠炎的影响。
构建Atg7/Xbp1ΔIEC和Atg16l1/Xbp1ΔIEC小鼠,进行肠炎组织学评分、H&E与电镜观察,并追踪18周病程。
明确双敲小鼠严重肠炎的效应通路。
检测TUNEL、p-IκBα、p-IRE1α、NFκB活性,使用Ern1/Xbp1ΔIEC、Tnfrsf1a−/−及无菌重派生小鼠,并用BAY11-7082干预。
检测增强自噬能否缓解XBP1缺陷所致肠炎。
用rapamycin处理Xbp1ΔIEC及双敲小鼠,检测自噬、NFκB、TUNEL和肠炎评分。
验证潘氏细胞是否为炎症起源部位。
构建Defa6-Cre;Xbp1fl/fl(Xbp1ΔPC)小鼠,确认Cre仅在溶酶体阳性潘氏细胞中活性,检测自噬、ER应激、潘氏细胞颗粒及肠炎。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 小鼠处理 | 他莫昔芬 | MP Biomedicals | -- |
| 免疫印迹 | 抗LC3B抗体 | Sigma Aldrich | L7543 |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 抗eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9722 | |
| 抗磷酸化eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 3597 | |
| 抗PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3192 | |
| 抗磷酸化PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3179 | |
| 抗ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 8558 | |
| 抗Beclin-1抗体 | Cell Signaling Technology | 3495 | |
| 抗CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 5554 | |
| 抗p62抗体 | Cell Signaling Technology | 5114 | |
| 抗IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 抗磷酸化IRE1α抗体 | Abcam | 48187 | |
| 抗ATG16L1抗体 | MBL | M150-3 | |
| 抗GRP78抗体 | Novus Biologicals | NBP1-06274 | |
| 抗ATF4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-200 | |
| 免疫沉淀 | 抗IRE1α抗体 | Santa Cruz Biotechnology | 20790 |
| 细胞因子处理 | 肿瘤坏死因子 | Peprotech | 315-01A |
| 自噬流检测 | 巴弗洛霉素A1 | Sigma Aldrich | B1793 |
| 自噬诱导处理 | 雷帕霉素 | LC Laboratories | R-5000 |
| NFκB抑制处理 | BAY11-7082 | Calbiochem | -- |
| eIF2α去磷酸化抑制处理 | salubrinal | Alexis Biochemicals | ALX-270-428 |
| JNK抑制处理 | JNK抑制剂SP600125 | Sigma Aldrich | SP600125 |
| 抗氧化处理 | N-乙酰半胱氨酸 | Sigma Aldrich | A9165 |
| 谷胱甘肽 | Calbiochem | NOVG3541 | |
| TUNEL检测 | TUNEL细胞死亡检测试剂盒 | Roche | -- |
| BrdU检测 | BrdU原位检测试剂盒 | BD Pharmingen | -- |
| 流式细胞术 | Annexin V | Biolegend | -- |
| 碘化丙啶 | Biolegend | -- | |
| 活性氧检测 | CM-H2DCFDA | Molecular Probes | -- |
| GFP-LC3转染 | Lipofectamine LTX | Invitrogen | -- |
| NFκB活性检测 | NFκB p65转录因子检测试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| IEC纯化 | Dispase酶 | -- | -- |
| Percoll分离液 | -- | -- | |
| 结直肠炎模型 | 葡聚糖硫酸钠 | TdB Consultancy | -- |
| DNA纯化 | QIAEX凝胶提取试剂盒 | Qiagen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 他莫昔芬诱导Xbp1缺失 | 给药剂量1 mg、连续3天或5天、腹腔注射、小鼠周龄8–10周 阅读提示:Methods中的Mice小节及相应Figure legend |
| Salubrinal体内干预 | 1 mg/kg/d、腹腔注射、首次他莫昔芬前24小时开始、3天或5天方案 阅读提示:Methods中的Salubrinal, rapamycin and BAY11-7082 treatment in vivo小节及Extended Data Fig. 2a、3g |
| Rapamycin体内干预 | 1.5 mg/kg/d、连续14天腹腔注射 阅读提示:Methods中的Salubrinal, rapamycin and BAY11-7082 treatment in vivo小节 |
| BAY11-7082体内干预 | Xbp1ΔIEC小鼠5 mg/kg隔日14天;Xbp1T-ΔIEC小鼠20 mg/kg连续5天 阅读提示:Methods中的Salubrinal, rapamycin and BAY11-7082 treatment in vivo小节 |
| 肠炎组织学评分 | 五分项评分系统、范围因子、评分者盲法 阅读提示:Methods中的Histology小节 |
| DSS结肠炎模型 | 4% DSS饮水5天、疾病活动指数评分 阅读提示:Methods中的Dextran Sodium Sulfate induced colitis小节 |
| 统计设计 | 每组通常n=6–10、检验方法、p<0.05 阅读提示:Methods中的Statistical methods小节 |