临床样本及生信分析筛选
筛选与m6A阅读蛋白相关的lncRNA,并分析其临床意义。
利用TCGA、GEO数据库及本课题组微阵列数据(GSE137511)分析IMP2及ZFAS1表达;在144对CRC组织及癌旁组织中进行ISH、IHC、TMA检测,并分析其与预后的关系。
N6-methyladenosine reader IMP2 stabilizes the ZFAS1/OLA1 axis and activates the Warburg effect: implication in colorectal cancer
包含临床组织样本(n=144)、CRC细胞系体外实验、异种移植小鼠模型、分子机制验证(RNA pull-down、RIP)等多层级证据。
结直肠癌细胞系(HCT116、SW620等) 异种移植小鼠模型(BALB/c裸鼠) 临床结直肠癌组织样本(n=144)
CRC细胞系(HCT116、SW620)用于体外功能实验; 4周龄BALB/c裸鼠皮下接种5×10^6 HCT116细胞; shRNA靶向序列及转染试剂(Lipofectamine 8000); 放线菌素D处理(5 μg/mL)检测RNA稳定性; m6A抗体(ab151230)用于RIP和dot blot
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与m6A阅读蛋白相关的lncRNA,并分析其临床意义。
利用TCGA、GEO数据库及本课题组微阵列数据(GSE137511)分析IMP2及ZFAS1表达;在144对CRC组织及癌旁组织中进行ISH、IHC、TMA检测,并分析其与预后的关系。
验证IMP2对ZFAS1的调控作用及其对CRC细胞生物学行为的影响。
在CRC细胞系(HCT116、SW620)中过表达或敲低IMP2,检测ZFAS1表达;通过MTT、CFA、trans-well、流式凋亡实验评估细胞增殖、集落形成、迁移和凋亡;开展拯救实验。
验证IMP2与ZFAS1的直接结合及m6A修饰对ZFAS1稳定性的影响。
通过RIP、RNA pull-down、RNA稳定性实验,结合生物信息学预测(CLIP、MOE),确定IMP2 KH3-4结构域与ZFAS1 m6A位点的直接结合。
鉴定ZFAS1的下游靶标OLA1,并验证其对ATP水解和糖酵解的影响。
通过mRNA表达谱及生信分析筛选OLA1;在细胞中敲低或过表达OLA1/ZFAS1,检测乳酸、ATP含量、ATPase活性及ECAR。
验证IMP2-ZFAS1-OLA1轴在体内的促肿瘤作用。
将稳定转染shNC、shIMP2、shIMP2+pcDH、shIMP2+ZFAS1的HCT116细胞皮下接种至BALB/c裸鼠,观察肿瘤生长、生存期及分子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| L15培养基 | Hyclone | -- | |
| 5A培养基 | Invitrogen | -- | |
| 胎牛血清 | PAA | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 8000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | TOYOBO | -- |
| SYBR Green实时PCR预混液 | Toyobo | -- | |
| Western blot | 抗OLA1抗体 | Sigma | HPA035790 |
| 抗HK2抗体 | CST | 2867S | |
| 抗PDHA1抗体 | Abcam | ab168379 | |
| 抗m6A抗体 | Abcam | ab151230 | |
| 抗GAPDH抗体 | Zsbio | -- | |
| IHC | 抗IMP2抗体 | Proteintech | 11601-1-AP |
| LSAB试剂盒 | Dako | -- | |
| DAB显色液 | -- | -- | |
| ISH | RNA原位杂交试剂盒 | Boster | -- |
| 细胞增殖 | MTT | Solarbio | M8180 |
| 细胞凋亡 | Annexin V PE凋亡试剂盒 | BD Biosciences | 556547 |
| trans-well | Trans-well小室 | Corning Costar | -- |
| 免疫荧光 | 抗OLA1抗体 | Sigma | HPA035790 |
| Alexa Fluor抗兔IgG | Cell Signaling Technology | #4417 | |
| DAPI | Beyotime Biotechnology | -- | |
| m6A dot blot | Amersham Hybond-N+膜 | GE Healthcare | -- |
| Bio-Dot装置 | BioRad | -- | |
| RNA pull-down | 链霉亲和素琼脂糖树脂珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RIP | RIP试剂盒 | Geneseed Biotech | -- |
| 代谢检测 | ATP检测试剂盒 | SolarBio Life Science | -- |
| 乳酸检测试剂盒 | BestBio | -- | |
| ECAR | Seahorse XF24 FluxPak | Agilent Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养基类型(SW480/SW620/SW48用L15,HIEC/HCT116/LOVO/CACO2/RKO/HEK293T用DMEM,HT29用5A);血清浓度10% 阅读提示:Methods: Cell lines and Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂(Lipofectamine 8000)、转染时细胞密度60-70%、转染后收集时间48h 阅读提示:Methods: Cell transfection |
| RNA稳定性 | 放线菌素D浓度(5 μg/mL)、处理时间点(2,4,6h) 阅读提示:Methods: RNA stability assay |
| 异种移植 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(4周)、细胞数量(5×10^6)、注射部位(右腋下)、每组n=5,实验周期40天 阅读提示:Methods: Xenograft mouse experiment |
| 蛋白检测 | 抗体货号及稀释比例(OLA1 HPA035790 1:500; HK2 2867S 1:1000; PDHA1 ab168379 1:1000; m6A ab151230 1:1000; GAPDH 1:2000) 阅读提示:Methods: Western blot analysis |