N6-甲基腺苷阅读蛋白IMP2稳定ZFAS1/OLA1轴并激活Warburg效应:对结直肠癌的意义

N6-methyladenosine reader IMP2 stabilizes the ZFAS1/OLA1 axis and activates the Warburg effect: implication in colorectal cancer

作者信息Senxu Lu, Li Han, Xiaoyun Hu, Tong Sun, Dongping Xu, Yalun Li, Qiuchen Chen, Weifan Yao, Miao He, Zhenning Wang, Huizhe Wu, Minjie Wei
PMID34743750
发布时间2021-11-07
DOI10.1186/s13045-021-01204-0

实验完整度

包含临床组织样本(n=144)、CRC细胞系体外实验、异种移植小鼠模型、分子机制验证(RNA pull-down、RIP)等多层级证据。

主要模型

结直肠癌细胞系(HCT116、SW620等) 异种移植小鼠模型(BALB/c裸鼠) 临床结直肠癌组织样本(n=144)

重点核对

CRC细胞系(HCT116、SW620)用于体外功能实验; 4周龄BALB/c裸鼠皮下接种5×10^6 HCT116细胞; shRNA靶向序列及转染试剂(Lipofectamine 8000); 放线菌素D处理(5 μg/mL)检测RNA稳定性; m6A抗体(ab151230)用于RIP和dot blot

摘要

背景:越来越多的证据表明N6-甲基腺嘌呤(m6A)调节因子参与结直肠癌(CRC)的病因和进展。然而,m6A阅读蛋白参与糖酵解代谢的确切机制仍不明确。本文旨在探讨m6A阅读蛋白与糖酵解代谢之间的相互作用,并揭示CRC进展的新机制。方法:通过生物信息学、ISH和IHC分析候选lncRNA与m6A阅读蛋白之间的关系。利用体内和体外研究(包括MTT、CFA、trans-well、凋亡、western blot、qRT-PCR和异种移植小鼠模型)来探索这些指标的生物学功能。通过乳酸检测、ATP活性检测和ECAR实验来验证下游靶标的生物学功能。利用生物信息学、RNA稳定性、RIP实验和RNA pull-down实验来探索潜在的分子机制。结果:我们发现m6A阅读蛋白IMP2与长链非编码RNA(lncRNA)ZFAS1以m6A依赖的方式相互作用,随后增强了Obg样ATP酶1(OLA1)的募集、ATP水解和糖酵解,从而促进CRC增殖和进展。具体来说,IMP2和ZFAS1在CRC细胞和配对CRC队列(n = 144)中显著过表达,且m6A水平升高。这些指标可作为CRC预后预测的独立生物标志物。值得注意的是,IMP2调控ZFAS1表达,增强CRC细胞增殖、集落形成,并抑制凋亡;因此,其具有致癌性。机制上,ZFAS1在RGGAC/RRACH元件内的腺苷+843位点发生m6A依赖性修饰。因此,IMP2的KH3-4结构域与ZFAS1直接相互作用,其中IMP2作为m6A修饰的ZFAS1的阅读蛋白,促进ZFAS1的RNA稳定性,这对CRC发展至关重要。更重要的是,稳定的ZFAS1识别OLA1的OBG型功能域,促进ATP结合位点(NVGKST,32-37)的暴露,增强其蛋白活性,最终加速ATP水解和Warburg效应。结论:我们的发现揭示了一种新的促癌机制,即m6A阅读蛋白稳定lncRNA的关键调控网络,并共同促进CRC发病过程中的线粒体能量代谢。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
m6A阅读蛋白IMP2是否以及如何通过调控lncRNA ZFAS1影响结直肠癌的糖酵解代谢和肿瘤进展?
核心机制
IMP2通过其KH3-4结构域识别ZFAS1的m6A修饰位点(RGGAC/RRACH,+843位),增强ZFAS1稳定性;稳定的ZFAS1结合OLA1的OBG型功能域,暴露ATP结合位点(NVGKST),增强OLA1 ATPase活性,促进ATP水解和糖酵解(Warburg效应)。
主要证据
在CRC细胞系和配对临床样本(n=144)中检测到IMP2、ZFAS1、m6A高表达;RNA pull-down和RIP实验证实IMP2与ZFAS1直接结合;功能实验(MTT、CFA、trans-well、凋亡)及异种移植模型验证了IMP2-ZFAS1-OLA1轴的致癌作用。
研究意义
揭示了m6A阅读蛋白稳定lncRNA并共同促进线粒体能量代谢的新的促癌机制,为CRC的诊断和预后预测提供潜在生物标志物和治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

临床样本及生信分析筛选

筛选与m6A阅读蛋白相关的lncRNA,并分析其临床意义。

利用TCGA、GEO数据库及本课题组微阵列数据(GSE137511)分析IMP2及ZFAS1表达;在144对CRC组织及癌旁组织中进行ISH、IHC、TMA检测,并分析其与预后的关系。

2

体外细胞功能及调控验证

验证IMP2对ZFAS1的调控作用及其对CRC细胞生物学行为的影响。

在CRC细胞系(HCT116、SW620)中过表达或敲低IMP2,检测ZFAS1表达;通过MTT、CFA、trans-well、流式凋亡实验评估细胞增殖、集落形成、迁移和凋亡;开展拯救实验。

3

分子结合与稳定性验证

验证IMP2与ZFAS1的直接结合及m6A修饰对ZFAS1稳定性的影响。

通过RIP、RNA pull-down、RNA稳定性实验,结合生物信息学预测(CLIP、MOE),确定IMP2 KH3-4结构域与ZFAS1 m6A位点的直接结合。

4

下游靶标筛选及能量代谢验证

鉴定ZFAS1的下游靶标OLA1,并验证其对ATP水解和糖酵解的影响。

通过mRNA表达谱及生信分析筛选OLA1;在细胞中敲低或过表达OLA1/ZFAS1,检测乳酸、ATP含量、ATPase活性及ECAR。

5

体内异种移植模型验证

验证IMP2-ZFAS1-OLA1轴在体内的促肿瘤作用。

将稳定转染shNC、shIMP2、shIMP2+pcDH、shIMP2+ZFAS1的HCT116细胞皮下接种至BALB/c裸鼠,观察肿瘤生长、生存期及分子表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Invitrogen--
L15培养基Hyclone--
5A培养基Invitrogen--
胎牛血清PAA--
Lipofectamine 8000转染试剂Invitrogen--
TRIzol试剂----
逆转录试剂盒TOYOBO--
SYBR Green实时PCR预混液Toyobo--
抗OLA1抗体SigmaHPA035790
抗HK2抗体CST2867S
抗PDHA1抗体Abcamab168379
抗m6A抗体Abcamab151230
抗GAPDH抗体Zsbio--
抗IMP2抗体Proteintech11601-1-AP
LSAB试剂盒Dako--
DAB显色液----
RNA原位杂交试剂盒Boster--
MTTSolarbioM8180
Annexin V PE凋亡试剂盒BD Biosciences556547
Trans-well小室Corning Costar--
抗OLA1抗体SigmaHPA035790
Alexa Fluor抗兔IgGCell Signaling Technology#4417
DAPIBeyotime Biotechnology--
Amersham Hybond-N+膜GE Healthcare--
Bio-Dot装置BioRad--
链霉亲和素琼脂糖树脂珠Thermo Fisher Scientific--
RIP试剂盒Geneseed Biotech--
ATP检测试剂盒SolarBio Life Science--
乳酸检测试剂盒BestBio--
Seahorse XF24 FluxPakAgilent Technologies--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系来源及培养基类型(SW480/SW620/SW48用L15,HIEC/HCT116/LOVO/CACO2/RKO/HEK293T用DMEM,HT29用5A);血清浓度10%
阅读提示:Methods: Cell lines and Cell culture
细胞转染
转染试剂(Lipofectamine 8000)、转染时细胞密度60-70%、转染后收集时间48h
阅读提示:Methods: Cell transfection
RNA稳定性
放线菌素D浓度(5 μg/mL)、处理时间点(2,4,6h)
阅读提示:Methods: RNA stability assay
异种移植
小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(4周)、细胞数量(5×10^6)、注射部位(右腋下)、每组n=5,实验周期40天
阅读提示:Methods: Xenograft mouse experiment
蛋白检测
抗体货号及稀释比例(OLA1 HPA035790 1:500; HK2 2867S 1:1000; PDHA1 ab168379 1:1000; m6A ab151230 1:1000; GAPDH 1:2000)
阅读提示:Methods: Western blot analysis