样本收集与处理
收集多种肿瘤类型、不同保存方式和采集方式的临床样本,以评估RPPA在临床相关样本中的适用性。
收集了10个独立研究队列共666例肿瘤样本,包括肺癌、卵巢癌、前列腺癌、乳腺癌和脑转移灶,包含冷冻、FFPE、手术标本和核心针活检。
PD-L1 quantification across tumor types using the reverse phase protein microarray: implications for precision medicine
研究包含基于666例样本的分析性实验,涉及多种肿瘤类型、样本类型和抗体克隆,并包含功能验证(治疗反应关联),但缺乏对照实验和机制层面验证,整体处于中等水平。
肺癌组织样本(多队列) 卵巢癌组织样本 前列腺癌组织样本 乳腺癌组织样本 脑转移灶样本
样本类型(冷冻、FFPE、手术标本、核心针活检) 抗体克隆(22C3、28–8、CAL10、E1L3N、SP142、atezolizumab) PD-L1表达检测平台(RPPA) 肿瘤上皮细胞富集(LCM) 治疗反应评估标准(RECIST v1.1)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集多种肿瘤类型、不同保存方式和采集方式的临床样本,以评估RPPA在临床相关样本中的适用性。
收集了10个独立研究队列共666例肿瘤样本,包括肺癌、卵巢癌、前列腺癌、乳腺癌和脑转移灶,包含冷冻、FFPE、手术标本和核心针活检。
分离纯肿瘤上皮细胞,消除微环境干扰,并提取蛋白质。
对602份样本进行激光捕获显微切割(LCM)获取纯肿瘤上皮,对FFPE样本使用QProteome试剂盒提取蛋白,对冷冻样本使用裂解缓冲液提取。
使用多种抗PD-L1抗体克隆定量检测肿瘤上皮中的PD-L1表达。
使用RPPA平台,将样本打印到硝基纤维素玻片上,用六种抗体克隆(22C3、28–8、CAL10、E1L3N、SP142、atezolizumab)进行免疫染色,并通过荧光检测和图像分析定量。
评估不同抗PD-L1抗体克隆检测结果的一致性。
计算Spearman相关系数和决定系数,比较抗体克隆间的相关性,并分析在不同样本类型中的一致性。
比较RPPA与标准IHC检测PD-L1表达的一致性,并探索RPPA在IHC阴性样本中的额外价值。
对Set 4中15份样本使用IHC 22C3检测,Set 5使用E1L3N检测,比较IHC评分与RPPA测量结果。
评估RPPA测量PD-L1表达能否预测nivolumab治疗反应。
对Set 4(28例)和Set 5(23例)接受nivolumab治疗的肺癌患者,分析RPPA测定的PD-L1表达水平与RECIST v1.1评估的反应之间的关联,比较低PD-L1表达(底部三分位)患者的反应率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blotting | 22C3 | Dako | M3653 |
| 28-8 | Abcam | ab205921 | |
| E1L3N | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| SP142 | Roche | 740-4859 | |
| 阿替利珠单抗 | Selleckchem | A2004 | |
| 辣根过氧化物酶偶联抗小鼠IgG | Invitrogen | -- | |
| 辣根过氧化物酶偶联抗兔IgG | Invitrogen | -- | |
| 链霉亲和素辣根过氧化物酶 | Invitrogen | -- | |
| Lightning Link快速生物素A型 | Expedeon | -- | |
| SuperSignal West Dura | Thermo Fisher | -- | |
| 伊士曼柯达4000MM图像站 | Kodak | -- | |
| 组织微切割 | 伊红 | Sigma Aldrich | -- |
| 二甲苯 | Sigma Aldrich | -- | |
| 乙醇 | Sigma Aldrich | -- | |
| Scott's自来水替代液 | Electron Microscopy Sciences | -- | |
| CapSure Macro LCM盖子 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白提取 | 组织蛋白提取试剂 | Pierce | -- |
| 2X Tris-甘氨酸SDS样品缓冲液 | Invitrogen Life Technologies | -- | |
| β-巯基乙醇 | Sigma Aldrich | -- | |
| QProteome试剂盒 | Qiagen | -- | |
| Qiagen提取缓冲液EXB Plus | Qiagen | -- | |
| RPPA打印 | 2470 Aushon阵列仪 | Quanterix | -- |
| 硝基纤维素包被玻片 | Grace Biolabs | -- | |
| SUPM2细胞 | -- | -- | |
| NIH 3T3细胞 | -- | -- | |
| HeLa细胞 | -- | -- | |
| RPPA检测 | Sypro Ruby蛋白印迹染色剂 | Molecular Probes | -- |
| Reblot Plus温和抗体剥离液 | MilliporeSigma | -- | |
| I-block封闭液 | Applied Biosystems | -- | |
| 22C3 | Dako | M3653 | |
| 28-8 | Abcam | ab205921 | |
| CAL10 | Biocare | AC13171A | |
| E1L3N | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| SP142 | Roche | 740-4859 | |
| 阿替利珠单抗 | Selleckchem | A2004 | |
| 生物素化山羊抗兔 | Vector Laboratories | -- | |
| 兔抗小鼠 | Dako | -- | |
| 抗人 | Vector Laboratories | -- | |
| 催化信号放大系统 | Dako | -- | |
| IRDye680荧光染料 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 磷酸化S6核糖体蛋白(S235/236) | Cell Signaling Technology | 4856 | |
| 磷酸化S6核糖体蛋白(S240/244) | Cell Signaling Technology | 2215 | |
| 磷酸化AKT(S473) | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| 磷酸化AKT(T308) | Cell Signaling Technology | 9275 | |
| 帕博利珠单抗 | Selleckchem | A2005 | |
| 纳武利尤单抗 | Selleckchem | A2002 | |
| 抗CD45抗体 | BD | -- | |
| 信号扫描 | PowerScanner扫描仪 | TECAN | -- |
| 图像分析 | MicroVigene V.5.1.0.0 | VigeneTech | -- |
| IHC | BOND-III自动免疫组化染色仪 | Leica Biosystems | -- |
| E1L3N | Cell Signaling Technology | 13684 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 各队列的样本类型(冷冻、FFPE)、手术标本或活检、肿瘤类型、来源机构 阅读提示:Methods中的Sample collection部分和Table 1 |
| LCM | 切片厚度(8µm)、染色方法(H&E)、脱蜡和脱水步骤、LCM设备(CapSure Macro LCM Caps) 阅读提示:Methods中的Laser microdissection部分 |
| 蛋白提取 | 裂解缓冲液配方、β-巯基乙醇浓度、煮沸时间、离心条件、FFPE样本提取试剂盒(QProteome) 阅读提示:Methods中的Protein extraction部分 |
| RPPA检测 | 阵列仪型号、打印针尺寸(185µm)、蛋白上样量(0.25µg/µl等)、标准曲线制备、抗体浓度和稀释度、封闭液、检测系统(CSA/IRDye680) 阅读提示:Methods中的Reverse phase protein microarray部分 |
| 统计比较 | Spearman相关系数、决定系数、动态范围计算、可能影响结果的样本分组(如按CD45高低分层) 阅读提示:Methods中的Statistical analysis部分和Results中的相关描述 |