公共转录组数据筛选候选基因
从RPL相关转录组数据中识别失调的m6A调控因子候选基因
对GEO数据集GSE76862(3例对照和3例RPL)进行差异表达分析,并与23个已知m6A调控因子交叉比对,鉴定LRPPRC为唯一重叠基因。
LRPPRC deficiency impairs trophoblast function through disrupted phosphatidylinositol metabolism in recurrent pregnancy loss
公共转录组重分析、滋养层细胞siRNA功能实验、绒毛组织脂质组学、63例RPL队列血清脂质预后分析及PI补充挽救实验
HTR-8/SVneo人滋养层细胞系 原代人滋养层细胞 RPL患者及健康对照的早孕期绒毛组织 有RPL病史女性前瞻性随访队列(63例)
siRNA敲低LRPPRC在HTR-8/SVneo和原代滋养层细胞中的效率及对活力、凋亡、氧化应激的影响 RPL与对照组绒毛组织中LRPPRC mRNA和蛋白表达水平 脂质组学检测的RPL(n=11)与对照(n=11)绒毛组织总脂质及磷脂种类差异 63例RPL队列孕前血清PI(18:1/18:1)水平与后续妊娠结局(32例成功、31例失败)的关联及多变量模型AUC 50 μM PI(18:1/18:1)补充对LRPPRC缺陷滋养层细胞增殖、活力、细胞毒性和凋亡的挽救效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从RPL相关转录组数据中识别失调的m6A调控因子候选基因
对GEO数据集GSE76862(3例对照和3例RPL)进行差异表达分析,并与23个已知m6A调控因子交叉比对,鉴定LRPPRC为唯一重叠基因。
确认LRPPRC在胎盘绒毛中的表达定位及其在RPL中的表达变化
采用免疫组化检测早孕期绒毛中LRPPRC定位,免疫荧光共染TOMM20观察与线粒体共定位,RT-qPCR和Western blot比较正常对照与RPL绒毛中LRPPRC mRNA和蛋白水平。
验证LRPPRC缺失对滋养层细胞活力、凋亡和氧化应激的影响
在HTR-8/SVneo细胞和原代滋养层细胞中转染siRNA敲低LRPPRC,采用CCK-8、ATP检测、LDH释放、Annexin V/PI流式、Western blot检测凋亡标志物和细胞色素c释放、DCFH-DA检测ROS。
阐明LRPPRC缺陷影响的下游分子通路
对LRPPRC敲低的滋养层细胞进行转录组测序,差异表达分析和GO富集分析。
在代谢物水平验证RPL绒毛组织中脂质和磷脂种类的变化
对RPL患者和健康对照的早孕期绒毛组织进行靶向脂质组学绝对定量分析,LC-MS/MS检测总脂质和主要脂质类别。
评估孕前血清脂质水平与RPL患者后续妊娠结局的关联
对63例有RPL病史女性孕前血清进行脂质检测,前瞻性随访后续妊娠结局(32例正常分娩,31例早期妊娠丢失),比较两组脂质差异并构建多变量 logistic 回归模型评估预测能力。
验证外源性PI(18:1/18:1)能否逆转LRPPRC缺陷导致的滋养层细胞功能损害
在LRPPRC敲低的HTR-8/SVneo细胞中补充50 μM PI(18:1/18:1),采用CCK-8、ATP、LDH和Annexin V/PI流式及Western blot检测凋亡相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TransZol RNA提取试剂 | Trans Gen Biotech | ET101-01 |
| 逆转录 | 逆转录酶试剂盒 | TaKaRa | RR037A |
| RT-qPCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
| QuantStudio 5分析仪 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | NCMbio | WB3100 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | NCMbio | P001 | |
| 抗LRPPRC抗体 | Proteintech | 21175-1 | |
| 抗Caspase-3抗体 | CST | 14220 | |
| 抗Cleaved Caspase-3抗体 | CST | 9664 | |
| 抗Caspase-9抗体 | CST | 9508 | |
| 抗Cleaved Caspase-9抗体 | CST | 52873 | |
| 抗cleaved PARP抗体 | Selleck | F0136 | |
| 抗细胞色素c抗体 | Selleck | F2534 | |
| 抗COX IV抗体 | Wanleibio | WL02203 | |
| 抗微管蛋白抗体 | Abmart | M20005 | |
| 抗β-actin抗体 | CST | 4970S | |
| 增强化学发光液 | Tanon | 180-5001 | |
| FluorChem E成像仪 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗LRPPRC抗体 | Proteintech | 21175-1 |
| Pannoramic 250 Flash数字显微镜 | 3DHISTECH | -- | |
| 免疫荧光 | 抗CK7抗体 | ABclonal | A4765 |
| 抗TOMM20抗体 | Huabio | ET1609-25 | |
| TYR荧光染料 | AiFang biological | AFIHC034 | |
| DAPI | Servicebio | G1407 | |
| 药物处理 | 磷脂酰肌醇(18:1/18:1) | Merck | 850149P-500UG |
| 细胞活力检测 | CTG细胞活力检测试剂 | MedChemExpress | HY-K0314 |
| 细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | MedChemExpress | HY-K1090 |
| Multiskan FC酶标仪 | -- | -- | |
| 细胞凋亡检测 | 碘化丙啶 | Biotend | RE204101 |
| 细胞色素c释放检测 | 细胞线粒体分离试剂盒 | Beyotime | C3601 |
| 脂质组学 | 质谱级甲醇 | Thermo Fisher | A452-4-CASE |
| 高效液相色谱级异丙醇 | Thermo Fisher | A461-4-CASE | |
| 高效液相色谱级甲酸 | Sigma–Aldrich | 33015 | |
| 高效液相色谱级甲酸铵 | Sigma–Aldrich | 70221-100G-F | |
| CSH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| Q-Exactive Plus质谱仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 公共数据集筛选 | 数据集GSE76862样本量(3例对照、3例RPL)及差异分析阈值(未校正P<0.05,|log2FoldChange|>1) 阅读提示:Materials and methods中Data acquisition和Screening of DEGs小节;Fig. 1A |
| 滋养层细胞siRNA敲低及功能检测 | siRNA序列、转染试剂和浓度、CCK-8/ATP/LDH/Annexin V/PI/DCFH-DA检测条件及重复次数 阅读提示:Materials and methods中Cell culture and treatment、CCK-8 and cell-ATP assays、Cytotoxicity analysis、Cell apoptosis analysis小节;Supplementary Table S2;Fig. 2、Fig. 3 |
| 绒毛组织脂质组学 | RPL和对照样本量(各n=11)、脂质提取步骤、色谱柱和流动相条件、质谱参数及差异脂质筛选标准(VIP≥1且P<0.05) 阅读提示:Materials and methods中Targeted lipidomics absolute quantitative analysis小节;Fig. 4B和C |
| 孕前血清脂质预后分析 | 队列样本量(63例)、随访结局分组(成功n=32,失败n=31)、统计检验方法及多变量模型纳入变量 阅读提示:Materials and methods中Clinical specimen collection和Statistical analysis小节;Table 1;Fig. 5A–C;Supplementary Table S4 |
| PI(18:1/18:1)挽救实验 | PI(18:1/18:1)浓度(50 μM)、配制方法(超声20 min)、更换含磷脂培养基的时间(转染后5 h)及功能检测终点 阅读提示:Materials and methods中Cell culture and treatment小节;Fig. 6 |