脂质代谢组学分析
鉴定IBD患者与对照者肠黏膜中PUFA代谢物谱的差异,重点关注PGI2。
收集CD、UC和对照患者的结肠活检样本,通过液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)检测23种PUFA代谢物,进行聚类和方差分析。
PGI2 Inhibits Intestinal Epithelial Permeability and Apoptosis to Alleviate Colitis
研究包含患者样本脂质组学分析、Caco-2细胞体外实验、小鼠体内DSS结肠炎模型、小鼠和人外植体离体实验及分子机制验证,证据层级独立且包含功能与机制验证。
Caco-2肠上皮细胞单层 DSS诱导的小鼠结肠炎模型 小鼠结肠外植体 IBD患者结肠活检样本
患者活检样本:CD n=27,UC n=19,对照n=16,用于脂质组学分析 Caco-2细胞实验:10 μmol/L iloprost处理1天,测量TEER和通透性 小鼠模型:8周龄雄性C57BL/6NRJ小鼠,4% DSS饮水4天,epoprostenol 1 μg/mL腹腔注射 离体实验:小鼠或人结肠外植体,10 μmol/L iloprost预处理4小时,1 μmol/L staurosporine处理 IBD患者活检通透性:10 μmol/L iloprost预处理1小时,Ussing chambers测量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定IBD患者与对照者肠黏膜中PUFA代谢物谱的差异,重点关注PGI2。
收集CD、UC和对照患者的结肠活检样本,通过液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)检测23种PUFA代谢物,进行聚类和方差分析。
验证PGI2类似物iloprost对肠上皮屏障通透性和紧密连接蛋白表达的直接作用。
Caco-2细胞单层用iloprost处理,测量TEER和细胞旁通透性(磺酸荧光素),并通过Western blot检测紧密连接蛋白表达。
评估PGI2类似物epoprostenol对DSS诱导的小鼠结肠炎的保护作用。
C57BL/6小鼠饮用4% DSS水4天诱导结肠炎,同时腹腔注射epoprostenol或PBS,测量体重、DAI、体内通透性,并分析结肠组织学、炎症因子表达。
验证PGI2类似物iloprost在离体人和小鼠结肠外植体中抑制凋亡诱导的通透性增加。
人和小鼠结肠外植体用staurosporine诱导凋亡,部分用iloprost预处理,在Ussing chambers中测量通透性,并通过免疫组化和Western blot分析occludin和cleaved caspase-3。
证明PGI2类似物iloprost能降低IBD患者活检样本的细胞旁通透性,并诱导occludin膜定位。
IBD患者结肠活检在Ussing chambers中测量通透性,部分用iloprost预处理,通过Western blot和免疫荧光分析occludin表达和定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基(DMEM) | Gibco, Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| I型胶原 | -- | -- | |
| Transwell滤器 | -- | -- | |
| 药物处理 | 伊洛前列素 | Cayman Chemical Co | -- |
| 依前列醇 | GlaxoSmithKline | -- | |
| 星形孢菌素 | Promocell | -- | |
| 通透性检测 | 荧光素-5.6磺酸 | Invitrogen | -- |
| 辣根过氧化物酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 动物实验 | 葡聚糖硫酸钠(DSS) | MP Biomedicals | -- |
| 羧甲基纤维素 | -- | -- | |
| qPCR | Nucleospin RNAII试剂盒 | Macherey-Nagel | -- |
| Superscript III逆转录酶 | Invitrogen | -- | |
| Absolute Blue SYBR green荧光素试剂盒 | Roche | -- | |
| Taqman基因表达检测 | Life Technologies | -- | |
| Western blot | MES十二烷基硫酸钠缓冲液试剂盒 | Invitrogen | -- |
| Bis-Tris凝胶 | Life Technologies | -- | |
| Tris-醋酸凝胶 | Life Technologies | -- | |
| iBlot系统 | Life Technologies | -- | |
| RIPA缓冲液 | -- | -- | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 丝氨酸-苏氨酸磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 抗体 | 小鼠抗ZO-1抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 兔抗occludin抗体 | Abcam | -- | |
| 兔抗连接黏附分子A抗体 | Bethyl Laboratories | -- | |
| 兔抗claudin-2抗体 | Life Technologies | -- | |
| 兔抗cingulin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 小鼠抗磷酸化MLC20抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 兔抗PCNA抗体 | Abcam | -- | |
| 兔抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 兔抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 兔抗裂解caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Cytodeath M30抗体 | Roche | -- | |
| 仪器 | 上皮电压表(EVOM) | World Precision Instruments | -- |
| Varioskan荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| StepOnePlus系统 | Life Technologies | -- | |
| Ussing chamber | Physiologic Instruments | -- | |
| LEICA EG1150C包埋站 | LEICA | -- | |
| LEICA RM2255切片机 | LEICA | -- | |
| Olympus IX 50显微镜 | Olympus | -- | |
| Zeiss Axio Observer显微镜 | Zeiss | -- | |
| 数码相机DP71 | Olympus | -- | |
| Hamamatsu Photonics相机 | Hamamatsu Photonics | -- | |
| Gel-Doc成像仪 | Bio-Rad | -- | |
| Image Lab软件 | Bio-Rad | -- | |
| ImageJ软件 | National Institutes of Health | -- | |
| GraphPad Prism 5.0软件 | GraphPad Software | -- | |
| Metaboanalyst网站界面 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 脂质代谢组学分析 | 活检样本处理:1 mL Hank’s缓冲液/10 mg组织,离心200g 10分钟,0.22 μm过滤;患者分组和样本量:CD n=27,UC n=19,对照n=16;LC-MS/MS方法参照Le Faouder等 阅读提示:Biopsy Supernatants 和 PUFA Metabolite Profiling 部分 |
| Caco-2细胞实验 | 细胞接种密度:100,000细胞/孔,Transwell,胶原I包被;iloprost浓度:10 μmol/L,处理1天,加入基底外侧;TEER和通透性测量方法 阅读提示:Caco-2 Culture, TEER, and Permeability Measurement In Vitro 部分 |
| DSS诱导结肠炎模型 | 小鼠品系和年龄:8周龄雄性C57BL/6NRJ;DSS浓度:4% (w/v) 饮水,4天;epoprostenol剂量:1 μg/mL in PBS,每日3次腹腔注射;DAI计算(粪便稠度、出血);体内通透性测量(HRP、磺酸荧光素灌胃后4小时血浆) 阅读提示:DSS-Induced Colitis and In Vivo Permeability Assessment 部分 |
| 离体外植体实验 | 外植体处理:biopsy medium,iloprost 10 μmol/L预处理4小时,staurosporine 1 μmol/L处理20小时;Ussing chambers测量通透性;样本来源:小鼠结肠和患者结肠 阅读提示:Mouse Colonic Explants 和 Ex Vivo Permeability Assessment in Ussing Chambers 部分 |
| IBD患者活检验证 | 活检处理:Ussing chambers,iloprost 10 μmol/L预处理1小时;通透性测量;样本来源:CD n=7,UC n=2;occludin膜定位分析 阅读提示:Biopsy Permeability 部分 |