单核与空间转录组图谱构建
解析三倍体不育牡蛎性腺的细胞组成和空间结构
对二倍体和三倍体β雌性牡蛎性腺进行snRNA-seq和Stereo-seq,整合分析注释细胞类型并定位
Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters.
snRNA-seq、Stereo-seq、bulk RNA-seq、qPCR、ISH、RNAi、双荧光素酶、ChIP、TEM等多层级验证
雌性三倍体β不育太平洋牡蛎性腺 雌性二倍体太平洋牡蛎性腺 HEK293T细胞系
snRNA-seq:F3nβ 9356个核,F2n 11286个核,质控标准为线粒体读数<20%、检测基因数<2000、表达基因数>300 Stereo-seq:三倍体性腺切片10 μm厚,使用0.5 cm×0.5 cm芯片,捕获点直径220 nm、间距500 nm RNAi:一年龄二倍体雌性牡蛎24只,随机分对照组(注射40 μL DEPC)和RNAi组(注射40 μL 1 μg/μL dsRNA),隔日注射共三次 双荧光素酶报告基因实验:HEK293T细胞,转染CCNA2启动子构建体与Hes1a,以pRL-TK为内参 ChIP:HEK293T细胞转染pGL3-CCNA2、pCDNA-N-Flag-Hes1a和pRL-TK,用Flag抗体免疫沉淀
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
解析三倍体不育牡蛎性腺的细胞组成和空间结构
对二倍体和三倍体β雌性牡蛎性腺进行snRNA-seq和Stereo-seq,整合分析注释细胞类型并定位
表征β性原细胞的转录失调并验证SOHLH2对Ddx4的调控
重新聚类生殖细胞,鉴定β性原细胞亚群,差异表达和GO分析;qPCR、ISH检测SOHLH2和DDX6;双荧光素酶报告基因实验验证SOHLH2对Ddx4和DDX6启动子的调控
探究β性原细胞能量代谢缺陷和线粒体自噬
分析TCA循环和脂肪酸代谢基因表达;伪时间轨迹分析和KEGG富集;TEM观察线粒体形态;bulk RNA-seq验证自噬相关基因
验证NOTCH信号抑制导致生态位细胞G1期阻滞的机制
GSEA分析生态位细胞通路;qPCR和ISH检测NOTCH和Hes1a表达;RNAi敲低Hes1a;双荧光素酶和ChIP验证Hes1a对CCNA2启动子的直接调控
揭示生态位和VCT细胞的代谢分工改变及细胞间信号紊乱
差异表达分析和Compass代谢通量分析;CellChat分析细胞间通讯;bulk RNA-seq验证GRN和LIPA/RORA表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织固定与切片 | Bouin固定液 | Sbjbio | BL-G016 |
| DNA提取 | DNA提取试剂盒 | Tiangen | DP324 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | GENSTONE BIOTECH | TB210-32 |
| 逆转录 | Evo M-MLV逆转录试剂盒(含gDNA清除) | Accurate Biotechnology | AG11728 |
| 实时定量PCR | Evo M-MLV一步法RT-qPCR试剂盒(SYBR) | Accurate Biotechnology | AG11606 |
| 原位杂交 | DIG RNA标记试剂盒 | Roche | 11175025910 |
| 蛋白酶K | Beyotime | ST532 | |
| RNA干扰 | T7 RNAi转录试剂盒 | Vazyme | TR102-01/02 |
| RNAstore组织保存液 | CWBIO | CWY042L | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| 荧光素酶检测试剂盒 | Vazyme | DL101-01 | |
| 染色质免疫沉淀 | Flag抗体 | Beyotime | AF2852 |
| 染色质免疫沉淀试剂盒 | Beyotime | P2083S | |
| 空间转录组 | OCT包埋剂 | SAKURA | 4583 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA干扰实验 | 牡蛎数量、分组、注射剂量与频率:24只一年龄二倍体雌性,随机分对照组(40 μL DEPC)和RNAi组(40 μL 1 μg/μL dsRNA),隔日注射共三次 阅读提示:Methods中RNA interference experiments小节 |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 细胞系、共转染质粒组合、内参:HEK293T细胞,CCNA2启动子构建体与Hes1a共转染,pRL-TK为内参 阅读提示:Methods中Interaction between Hes1a and CCNA2 by luciferase reporter assay小节及Fig. 4g,h |
| 染色质免疫沉淀 | 转染质粒用量、交联条件、抗体稀释比:4 μg pGL3-483 CCNA2、6 μg pCDNA-N-Flag-Hes1a、1 μg pRL-TK,1%甲醛交联10分钟,Flag抗体1:50 阅读提示:Methods中Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assays小节及Fig. 4i |
| snRNA-seq | 核数、质控标准:F3nβ 9356个核,F2n 11286个核;线粒体读数<20%,检测基因数<2000,表达基因数>300 阅读提示:Methods中snRNA-seq data analysis小节及Fig. 1c |
| Stereo-seq | 切片厚度、芯片规格、捕获点参数:10 μm厚切片,0.5 cm×0.5 cm芯片,捕获点直径220 nm、间距500 nm 阅读提示:Methods中Stereo-seq data processing for triploid female gonad小节及Fig. 1e |