代谢重编程与线粒体功能障碍是导致三倍体不育牡蛎β性原细胞阻滞和生态位细胞功能受损的基础

Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters.

作者信息Huihui Wang, Xi Lin, Chunxue Zheng, Hong Yu, Qi Li
PMID41276684
发布时间2025-11-23
DOI10.1038/s42003-025-09202-5

实验完整度

高

snRNA-seq、Stereo-seq、bulk RNA-seq、qPCR、ISH、RNAi、双荧光素酶、ChIP、TEM等多层级验证

主要模型

雌性三倍体β不育太平洋牡蛎性腺 雌性二倍体太平洋牡蛎性腺 HEK293T细胞系

重点核对

snRNA-seq:F3nβ 9356个核,F2n 11286个核,质控标准为线粒体读数<20%、检测基因数<2000、表达基因数>300 Stereo-seq:三倍体性腺切片10 μm厚,使用0.5 cm×0.5 cm芯片,捕获点直径220 nm、间距500 nm RNAi:一年龄二倍体雌性牡蛎24只,随机分对照组(注射40 μL DEPC)和RNAi组(注射40 μL 1 μg/μL dsRNA),隔日注射共三次 双荧光素酶报告基因实验:HEK293T细胞,转染CCNA2启动子构建体与Hes1a,以pRL-TK为内参 ChIP:HEK293T细胞转染pGL3-CCNA2、pCDNA-N-Flag-Hes1a和pRL-TK,用Flag抗体免疫沉淀

摘要

与三倍体不育源于减数分裂失败的传统观点互补,雌性三倍体太平洋牡蛎表现出部分不育,其特征还包括生殖细胞分化受损,形成β性原细胞。然而,这种不育的分子基础仍不清楚,部分原因是牡蛎性腺呈弥散性,缺乏明显的结构边界,使得细胞类型鉴定具有挑战性。在这里,我们整合高分辨率空间转录组学(Stereo-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq),构建了不育三倍体牡蛎性腺的空间分辨分子图谱,能够精确表征β性原细胞的转录失调及其与生态位细胞相互作用的破坏。我们发现β性原细胞表现出生殖质mRNA下调、ATP合成受损和过度线粒体自噬,这可能由SOHLH2的沉默驱动,SOHLH2是卵母细胞分化的关键调节因子。此外,三倍体生态位细胞通过NOTCH-Hes1a-CCNA2信号通路发生G1期阻滞,这可能促进性腺微环境破坏。我们进一步观察到F3nβ-Niche和VCT细胞之间的代谢分配被破坏,生态位细胞显示类固醇生成活性和脂肪酸代谢减弱,而VCT细胞增强脂肪生成和AMPK/PPAR信号传导,形成被破坏的营养库。失调的GRN和胆固醇(LIPA/RORA)信号进一步加剧代谢失衡和生殖细胞线粒体自噬。这些发现为三倍体不育建立了一个机制框架,涉及线粒体功能障碍、线粒体自噬和生态位-VCT代谢重编程在生殖细胞阻滞中的作用。我们的研究为生殖系-体细胞协调、生殖控制策略以及无脊椎动物多倍体不育的更广泛意义提供了新的见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
三倍体雌性太平洋牡蛎部分不育(β性原细胞积累和生态位细胞功能障碍)的分子基础是什么?
核心机制
β性原细胞中SOHLH2沉默导致生殖质mRNA下调、ATP合成受损和过度线粒体自噬;生态位细胞中NOTCH-Hes1a-CCNA2信号抑制导致G1期阻滞;生态位与VCT细胞间代谢分配破坏,涉及GRN-SORT1和LIPA/RORA信号。
主要证据
snRNA-seq和Stereo-seq构建了性腺空间分子图谱,鉴定β性原细胞和生态位细胞;qPCR、ISH、RNAi、双荧光素酶和ChIP验证了SOHLH2对Ddx4的调控及Hes1a对CCNA2的激活;TEM显示β性原细胞线粒体聚集和嵴缺失;代谢通量分析揭示生态位和VCT细胞代谢重编程。
研究意义
为三倍体不育提供了涉及线粒体功能障碍、线粒体自噬和生态位-VCT代谢重编程的机制框架,为生殖系-体细胞协调、生殖控制策略及无脊椎动物多倍体不育提供了新见解。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单核与空间转录组图谱构建

解析三倍体不育牡蛎性腺的细胞组成和空间结构

对二倍体和三倍体β雌性牡蛎性腺进行snRNA-seq和Stereo-seq,整合分析注释细胞类型并定位

2

β性原细胞分子特征与SOHLH2调控验证

表征β性原细胞的转录失调并验证SOHLH2对Ddx4的调控

重新聚类生殖细胞,鉴定β性原细胞亚群,差异表达和GO分析;qPCR、ISH检测SOHLH2和DDX6;双荧光素酶报告基因实验验证SOHLH2对Ddx4和DDX6启动子的调控

3

β性原细胞线粒体能量代谢与自噬分析

探究β性原细胞能量代谢缺陷和线粒体自噬

分析TCA循环和脂肪酸代谢基因表达;伪时间轨迹分析和KEGG富集;TEM观察线粒体形态;bulk RNA-seq验证自噬相关基因

4

生态位细胞NOTCH-Hes1a-CCNA2轴验证

验证NOTCH信号抑制导致生态位细胞G1期阻滞的机制

GSEA分析生态位细胞通路;qPCR和ISH检测NOTCH和Hes1a表达;RNAi敲低Hes1a;双荧光素酶和ChIP验证Hes1a对CCNA2启动子的直接调控

5

生态位与VCT细胞代谢重编程及细胞通讯分析

揭示生态位和VCT细胞的代谢分工改变及细胞间信号紊乱

差异表达分析和Compass代谢通量分析;CellChat分析细胞间通讯;bulk RNA-seq验证GRN和LIPA/RORA表达

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Bouin固定液SbjbioBL-G016
DNA提取试剂盒TiangenDP324
TRIzol试剂GENSTONE BIOTECHTB210-32
Evo M-MLV逆转录试剂盒(含gDNA清除)Accurate BiotechnologyAG11728
Evo M-MLV一步法RT-qPCR试剂盒(SYBR)Accurate BiotechnologyAG11606
DIG RNA标记试剂盒Roche11175025910
蛋白酶KBeyotimeST532
T7 RNAi转录试剂盒VazymeTR102-01/02
RNAstore组织保存液CWBIOCWY042L
Lipofectamine 3000转染试剂InvitrogenL3000015
荧光素酶检测试剂盒VazymeDL101-01
Flag抗体BeyotimeAF2852
染色质免疫沉淀试剂盒BeyotimeP2083S
OCT包埋剂SAKURA4583

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
RNA干扰实验
牡蛎数量、分组、注射剂量与频率:24只一年龄二倍体雌性,随机分对照组(40 μL DEPC)和RNAi组(40 μL 1 μg/μL dsRNA),隔日注射共三次
阅读提示:Methods中RNA interference experiments小节
双荧光素酶报告基因实验
细胞系、共转染质粒组合、内参:HEK293T细胞,CCNA2启动子构建体与Hes1a共转染,pRL-TK为内参
阅读提示:Methods中Interaction between Hes1a and CCNA2 by luciferase reporter assay小节及Fig. 4g,h
染色质免疫沉淀
转染质粒用量、交联条件、抗体稀释比:4 μg pGL3-483 CCNA2、6 μg pCDNA-N-Flag-Hes1a、1 μg pRL-TK,1%甲醛交联10分钟,Flag抗体1:50
阅读提示:Methods中Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assays小节及Fig. 4i
snRNA-seq
核数、质控标准:F3nβ 9356个核,F2n 11286个核;线粒体读数<20%,检测基因数<2000,表达基因数>300
阅读提示:Methods中snRNA-seq data analysis小节及Fig. 1c
Stereo-seq
切片厚度、芯片规格、捕获点参数:10 μm厚切片,0.5 cm×0.5 cm芯片,捕获点直径220 nm、间距500 nm
阅读提示:Methods中Stereo-seq data processing for triploid female gonad小节及Fig. 1e