CAF激活过程中m6A重塑与ALKBH5表达变化
确定CAF激活状态是否伴随m6A重塑及特定m6A调控因子的变化。
从PDAC组织分离原代CAF,用ATRA诱导正常化或Matrigel包埋培养,TGFβ1刺激成纤维细胞;进行m6A-seq及Western blot检测METTL3、METTL14、FTO、ALKBH5;mIHC比较肿瘤与癌旁组织中CAF的ALKBH5表达。
ALKBH5 in Cancer-Associated Fibroblasts Governs an Epitranscriptomic Axis That Drives Pancreatic Cancer Metastasis
含体外细胞模型、原位小鼠模型、基因敲除小鼠、患者组织样本及多组学机制验证
人原代胰腺CAF及永生化CAF(imCAF) 人胰腺癌细胞系MIA PaCa-2和AsPC-1 裸鼠原位共植入PDAC模型 Alkbh5-/-小鼠KPC细胞原位模型
CAF中ALKBH5敲低、过表达或抑制剂18l处理对肿瘤细胞迁移和侵袭的影响 ALKBH5野生型与催化失活突变体H204A对迁移侵袭的回复差异 CAF条件培养基热灭活及LIF中和抗体对促迁移侵袭作用的影响 m6A-seq与RIP-seq鉴定的ALKBH5靶标及m6A IP-qPCR验证HSF1 mRNA m6A水平 原位模型分组(n=7–8)及Alkbh5-/-小鼠(n=5)的转移终点评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CAF激活状态是否伴随m6A重塑及特定m6A调控因子的变化。
从PDAC组织分离原代CAF,用ATRA诱导正常化或Matrigel包埋培养,TGFβ1刺激成纤维细胞;进行m6A-seq及Western blot检测METTL3、METTL14、FTO、ALKBH5;mIHC比较肿瘤与癌旁组织中CAF的ALKBH5表达。
验证CAF内在ALKBH5是否影响CAF自身增殖及通过旁分泌促进肿瘤细胞迁移和侵袭。
通过siRNA、shRNA、CRISPR-Cas9或过表达构建ALKBH5敲低/敲除/过表达CAF,或使用抑制剂18l;进行克隆形成实验、Transwell迁移和侵袭实验、条件培养基处理肿瘤细胞并检测EMT标志物。
确定CAF来源ALKBH5在体内对原发肿瘤生长和转移播散的作用。
将MIA PaCa-2-luc2-tdTomato细胞与CAF共注入裸鼠胰腺头建立原位模型,或向WT和Alkbh5-/-小鼠胰腺注入KPC细胞;通过IVIS活体成像和离体成像评估原发肿瘤及肺、肝转移。
确定介导CAF ALKBH5促迁移侵袭作用的分泌因子。
对EV和ALKBH5过表达CAF条件培养基进行热灭活;使用细胞因子抗体阵列筛选差异分泌因子,ELISA验证LIF等;用LIF中和抗体处理条件培养基进行功能回复实验。
解析ALKBH5调控LIF表达的中间机制及HSF1的作用。
在CAF中进行m6A-seq和RIP-seq鉴定ALKBH5靶标;RIP-qPCR和m6A IP-qPCR验证HSF1;Western blot检测HSF1和LIF;HSF1敲低和回复实验检测LIF表达、分泌及肿瘤细胞迁移侵袭。
明确ALKBH5是否在翻译水平调控HSF1,以及HSF1如何调控LIF转录。
进行可变剪接分析、RNA稳定性实验和多聚核糖体谱分析;RIP-qPCR检测IGF2BP3与HSF1 mRNA结合;CUT&Tag、ATAC-seq、ChIP-qPCR和双荧光素酶报告实验分析HSF1在LIF增强子E1/E2的占位和活性。
评估ALKBH5–HSF1轴在PDAC患者中的临床相关性及预后价值。
在120例PDAC组织芯片及独立转移/非转移队列中进行多重免疫组化,量化ALKBH5+HSF1+等CAF亚群;进行Kaplan-Meier生存分析及单因素、多因素Cox回归。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | 11965092 |
| RPMI-1640培养基 | Corning | 10-040-CV | |
| 胎牛血清 | Corning | 35-011-CV | |
| 青霉素-链霉素 | Corning | 30-002-CL | |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | 11320033 | |
| CAF正常化诱导 | 全反式维甲酸 | Sigma-Aldrich | R2625 |
| 基质胶 | Corning | 354234 | |
| 成纤维细胞激活 | 重组人TGFβ1 | PeproTech | 100-21-50 |
| ALKBH5抑制 | ALKBH5抑制剂18l | -- | -- |
| 支原体检测 | 支原体检测试剂盒 | YiseMed | MD001 |
| 动物实验 | 雨蛙肽 | MedChemExpress | HY-A0190 |
| 油红O染色 | 磷酸钠 | Sigma-Aldrich | S5136 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio Life Sciences | T8200 |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio Life Sciences | A8010 | |
| DAPI | Solarbio Life Sciences | C0065 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Solarbio Life Sciences | S2110 | |
| 基因过表达 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| 稳定细胞系筛选 | 嘌呤霉素 | Invitrogen | A1113803 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio Life Sciences | R0020 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | 78442 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Ambion | 15596018 |
| PrimeScript逆转录预混液 | Takara | RR036A | |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Invitrogen | A25741 | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Solarbio Life Sciences | G1065 |
| 迁移和侵袭实验 | 8 μm孔径聚碳酸酯膜Transwell小室 | Corning | 3422 |
| LIF中和 | LIF中和抗体 | R&D Systems | MAB250 |
| 小鼠IgG2B同型对照 | R&D Systems | MAB004 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | APE×BIO | K1018 |
| 细胞因子谱分析 | 人细胞因子抗体阵列 | Abcam | ab133998 |
| ELISA | 人LIF SimpleStep ELISA试剂盒 | Abcam | ab242228 |
| 人SDF-1α ELISA试剂盒 | Abcam | ab100637 | |
| 人VEGFA ELISA试剂盒 | Abcam | ab119566 | |
| 人TARC SimpleStep ELISA试剂盒 | Abcam | ab289696 | |
| m6A-seq | RNA片段化试剂 | Ambion | AM8740 |
| Dynabeads Protein A/G磁珠 | Life Technologies | 10002D | |
| SMARTer链特异性总RNA测序试剂盒v2 | Takara | 634413 | |
| m6A IP-qPCR | EpiMark N6-甲基腺苷富集试剂盒 | NEB | E1610S |
| RIP | 蛋白酶K | Sigma-Aldrich | P2308 |
| RIP-qPCR | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| CUT&Tag | CUT&Tag_Novogene试剂盒 | Novogene | -- |
| ChIP-qPCR | SimpleChIP Plus酶法染色质IP试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9005 |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1960 |
| mIHC | Opal Polaris七色手工IHC试剂盒 | Akoya Biosciences | NEL861001KT |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CAF激活与正常化模型 | ATRA浓度3 µmol/L、处理7天;TGFβ1 20 ng/mL处理4天;Matrigel包埋48小时 阅读提示:Methods中Cell culture小节及Figure 1图注 |
| ALKBH5功能干预 | ALKBH5抑制剂18l浓度2.5 µmol/L;敲低、敲除或过表达构建方式及验证 阅读提示:Methods中Cell culture和Gene overexpression, KD, and KO小节 |
| 肿瘤细胞迁移侵袭共培养 | Transwell迁移24小时/侵袭48小时;条件培养基比例50%;LIF中和抗体1 µg/mL 阅读提示:Methods中Cell migration and invasion assays和Conditioned culture小节 |
| 原位PDAC小鼠模型 | 细胞数量(1×10^6 MIA PaCa-2与2×10^6 CAF;5×10^5 KPC)、小鼠品系与年龄、每组样本量、终点时间 阅读提示:Methods中Orthotopic PDAC mouse model小节 |
| m6A与RIP测序验证 | m6A-seq和RIP-seq生物学重复数、m6A IP-qPCR重复数及HSF1 m6A水平验证 阅读提示:Methods中m6A RIP sequencing and m6A IP–qPCR和RIP-seq and RIP–qPCR小节及Figure 4图注 |
| HSF1翻译与LIF增强子调控 | 放线菌素D 5 µg/mL时间点、多聚核糖体谱条件、CUT&Tag/ATAC-seq细胞数、双荧光素酶报告实验重复数 阅读提示:Methods中RNA stability assay、Polysome profiling analysis、Cleavage under targets and tagmentation、ATAC-seq和Dual-luciferase reporter assay小节 |