大鼠MI模型建立与心功能评估
建立心肌梗死诱导的心力衰竭模型并确认心功能指标
结扎左冠状动脉诱导MI,假手术组进行相同手术但不结扎;术后24小时超声心动图评估LV射血分数、LV舒张末期容积、LV收缩末期容积和缺血区面积
Single-Nucleus Transcriptomics Identifies Microglial Interferon Regulatory Factor 5 as a Regulator of Neuroinflammation During Heart Failure Progression After Myocardial Infarction in Rats
包含snRNA-seq和免疫荧光验证,但缺乏功能干预实验,机制验证有限。
雄性Sprague-Dawley大鼠心肌梗死模型 大鼠下丘脑室旁核(PVN)组织 PVN单核RNA测序样本
snRNA-seq样本:SHAM组n=3,MI组n=3,每组3只大鼠PVN组织混合为1个样本 MI模型标准:LV射血分数<40%且缺血区>35% LV周长 免疫荧光验证:SHAM组n=5,MI组n=5 IRF5与CD11b/NeuN/GFAP共定位定量,每只动物至少4张PVN切片 snRNA-seq质控标准:基因数500-3000,RNA分子数>800,线粒体基因表达<10%,核糖体基因表达<5%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立心肌梗死诱导的心力衰竭模型并确认心功能指标
结扎左冠状动脉诱导MI,假手术组进行相同手术但不结扎;术后24小时超声心动图评估LV射血分数、LV舒张末期容积、LV收缩末期容积和缺血区面积
获取PVN组织并分离高质量单细胞核用于测序
MI后2周取脑,冰冻切片后打孔获取双侧PVN,使用10x Genomics核分离试剂盒分离细胞核
构建单核转录组文库并进行高通量测序
使用10x Genomics Chromium单细胞3'试剂盒构建文库,NovaSeq 6000测序
鉴定PVN细胞类型并获取基因表达谱
Cell Ranger比对和定量,Seurat质控、降维、聚类,基于标记基因鉴定细胞类型
识别差异通路和关键转录因子
GSVA评估各细胞类型通路富集差异,pySCENIC构建基因调控网络并计算regulon活性
验证IRF5在PVN小胶质细胞中的表达和上调
免疫荧光染色检测IRF5与CD11b、NeuN、GFAP共定位,共聚焦显微镜成像和定量
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核分离 | 10× Genomics Chromium细胞核分离试剂盒(含RNase抑制剂) | 10× Genomics | PN-1000494 |
| 文库构建 | Chromium单细胞3'试剂盒v2 | 10× Genomics | PN-120267 |
| T100热循环仪 | Bio-Rad | -- | |
| 测序 | NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- |
| 免疫荧光 | 兔抗大鼠IRF5抗体 | Thermo Scientific | PA5-19504 |
| 小鼠抗大鼠CD11B抗体 | Bio-Rad | MCA275R | |
| 小鼠抗大鼠NeuN抗体 | Millipore | MAB377 | |
| 小鼠抗大鼠GFAP抗体 | Cell Signaling | 3670S | |
| Alexa Fluor 488山羊抗兔IgG | Invitrogen | #A-11008 | |
| Alexa Fluor 568山羊抗小鼠IgG | Invitrogen | #A-11031 | |
| PVN组织采集 | 打孔器(内径1.5 mm) | Stoelting | -- |
| 细胞核计数 | LUNA-FL自动荧光细胞计数器 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MI模型建立 | 结扎位置、MI标准(LVEF<40%,缺血区>35%)、术后时间点 阅读提示:Methods中Induction of MI and Echocardiographic Assessment小节及Table 1、Table 2 |
| snRNA-seq样本 | 每组3只大鼠PVN组织混合为1个样本,SHAM n=3,MI n=3 阅读提示:Methods中Acquisition of PVN Tissue小节 |
| 单核分离与文库构建 | 试剂盒货号、细胞核浓度、加载量、目标捕获细胞数 阅读提示:Methods中Single-Cell Nucleus Isolation and Counting和Library Construction and Sequencing小节 |
| 数据分析 | 质控标准、聚类分辨率、差异基因阈值、GSVA和pySCENIC参数 阅读提示:Methods中Data Processing、Cell Clustering、GSVA和Gene Regulatory Network Analysis小节 |
| 免疫荧光验证 | 抗体稀释比、货号、每只动物切片数、定量方法 阅读提示:Methods中Validation of IRF5 Expression by Immunofluorescent Staining小节及Figure 7、Figure 8图注 |