患者队列选择与样本采集
建立可比对的应答者和无应答者队列,并纵向收集外周血和骨髓穿刺样本以监测细胞动态。
从PSCA-CAR-T临床试验(NCT03873805)中选取8名mCRPC患者(4名应答者,4名无应答者),在LD前、输注前和输注后28天(一名患者90天)收集PB和BMA样本。
Clonal circulating tumor cell mobilization following chimeric antigen receptor T-cell therapy in metastatic castration-resistant prostate cancer
单细胞基因组CNV分析、荧光全玻片成像及纵向PB/BMA样本,但无体外功能验证或体内模型。
mCRPC患者外周血(PB)样本 mCRPC患者骨髓穿刺(BMA)样本 免富集单细胞液体活检平台
患者分组:4名临床应答者(R)与4名无应答者(NR),依据PSA和RECIST影像学反应定义 淋巴细胞清除(LD)状态:6名患者接受LD(氟达拉滨和环磷酰胺),2名未接受(393 R和376 NR) 样本采集时间点:LD前、输注前、输注后28天(一名患者为90天) CAR-T细胞输注剂量:1亿个CAR-T细胞 单细胞全基因组拷贝数变异(CNV)分析:640个罕见细胞,31个样本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立可比对的应答者和无应答者队列,并纵向收集外周血和骨髓穿刺样本以监测细胞动态。
从PSCA-CAR-T临床试验(NCT03873805)中选取8名mCRPC患者(4名应答者,4名无应答者),在LD前、输注前和输注后28天(一名患者90天)收集PB和BMA样本。
无偏检测和分类循环罕见细胞表型,包括上皮、间充质、免疫样和杂合表型。
使用荧光全玻片成像(fWSI)对PB和BMA样本进行染色和成像,基于CK、V、CD45/CD31和DAPI信号分类罕见细胞。
确定表型不同的CTC亚群是否代表恶性克隆,并评估克隆身份。
从PB和BMA样本中分离单个罕见细胞,进行全基因组扩增和测序,构建全基因组拷贝数变异(CNV)图谱,使用Ward.D层次聚类识别克隆。
评估克隆性CTC的纵向动态是否与临床反应相关。
比较应答者和无应答者在LD前、输注前和输注后时间点克隆性epi.CTC和im.CTC的数量变化,并结合BMA样本分析区室动态。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血液收集 | 游离DNA血液采集管 | Streck | -- |
| 细胞培养 | 定制细胞黏附玻片 | Marienfeld | -- |
| 免疫荧光染色 | IntelliPATH FLX自动染色仪 | Biocare Medical | -- |
| 小鼠IgG1抗人CD31:Alexa Fluor 647单克隆抗体(克隆WM59) | Bio-Rad | MCA1738A647 | |
| 山羊抗小鼠IgG单克隆Fab片段 | Jackson ImmunoResearch | 115–007–003 | |
| 小鼠IgG1/IgG2a抗人细胞角蛋白1、4、5、6、8、10、13、18和19 | Sigma | -- | |
| CK19特异性抗体(克隆RCK108) | Dako | GA61561–2 | |
| 小鼠抗人CD45:Alexa Fluor 647(克隆F10–89–4) | AbD Serotec | MCA87A647 | |
| 兔IgG抗人波形蛋白(V):Alexa Fluor 488(克隆D21H3) | Cell Signaling Technology | 9854BC | |
| Alexa Fluor 555山羊抗小鼠IgG1 | Invitrogen | A21127 | |
| 4′,6-二脒基-2-苯基吲哚 | Thermo Fisher Scientific | D1306 | |
| 单细胞分离 | Eppendorf Transfer Man NK2显微操作器 | Eppendorf | -- |
| 全基因组扩增 | WGA4 Genomeplex单细胞全基因组扩增试剂盒 | Sigma Aldrich | WGA4 |
| DNA纯化 | QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | 28106 |
| 文库构建 | NEBNext Ultra DNA文库构建试剂盒 | New England Biolabs | E7370L |
| 文库定量 | Qubit荧光定量仪 | Thermo Fisher | -- |
| 文库片段分析 | Agilent 2100生物分析仪(高灵敏度DNA检测试剂盒) | Agilent Technologies | 5067–4626 |
| 文库纯化 | AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | A63882 |
| DNA测序 | NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
| HiSeq2500 SR50测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与分组 | 患者数(8名:4 R,4 NR)、反应定义(PSA和RECIST)、LD状态(6名接受,2名未接受) 阅读提示:Methods的Study design小节和Table 1 |
| 样本采集时间点 | 采样时间点:LD前、输注前、输注后28天(一名患者90天);PB和BMA采集量(各8 mL) 阅读提示:Methods的Study design和Blood collection and processing小节 |
| CAR-T输注 | CAR-T细胞剂量(1亿个细胞)、是否接受LD(氟达拉滨和环磷酰胺) 阅读提示:Methods的Study design小节 |
| 单细胞CNV分析 | 分析细胞数(640个罕见细胞,31个样本)、WGA4 PCR循环数(23)、克隆定义(两个或以上细胞共享至少两个基因组改变) 阅读提示:Methods的Single-cell isolation and library preparation和DNA sequencing and copy number variation profiling小节 |
| 统计方法 | Wilcoxon秩和检验、Wilcoxon符号秩检验、Benjamini-Hochberg校正、显著性阈值 阅读提示:Methods的Statistical analyses小节 |