发现性蛋白质组分析
无偏筛选ICI-NR与ICI-R之间差异表达的蛋白和富集通路。
对23例治疗前MMRd EC FFPE标本(15 ICI-R、8 ICI-NR)连续5 µm切片行宏切割富集肿瘤细胞,经FFPE处理、胰酶消化和C18肽段纯化后进行LC-MS/MS(DIA-HRM),Spectronaut directDIA+分析。
Extracellular matrix collagen remodeling predicts resistance to immune checkpoint blockade in mismatch repair-deficient endometrial cancer
单队列(38例)多重蛋白质组质谱、Masson三色及pSHG空间成像验证,并构建内部交叉验证预测模型,缺乏独立队列外部验证。
晚期或复发MMRd EC患者肿瘤FFPE标本队列(38例) 患者来源肿瘤组织切片(Masson三色染色与pSHG成像)
ICI应答定义:CR/PR或SD≥12个月为ICI-R;PD或SD<12个月为ICI-NR(RECIST V.1.1) 蛋白质组差异阈值:q<0.01且|log2 fold change|>0.58 Masson三色胶原密度:肿瘤内ROI胶原阳性面积百分比,排除浸润边缘及邻近非肿瘤组织 pSHG胶原圆方差:肿瘤中心与外周ROI,入射偏振角0°–170°每10°一步共18幅图像,R²>0.7像素纳入 预测模型内部验证:33例可评估(24 ICI-R/9 ICI-NR),1,000次bootstrap重采样
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
无偏筛选ICI-NR与ICI-R之间差异表达的蛋白和富集通路。
对23例治疗前MMRd EC FFPE标本(15 ICI-R、8 ICI-NR)连续5 µm切片行宏切割富集肿瘤细胞,经FFPE处理、胰酶消化和C18肽段纯化后进行LC-MS/MS(DIA-HRM),Spectronaut directDIA+分析。
验证ICI-NR肿瘤内胶原沉积是否增加及其与T细胞浸润的关系。
对治疗前肿瘤FFPE切片行Masson三色染色,全切片扫描后QuPath定量肿瘤内胶原密度及胶原/肿瘤比,并与CD3/CD8免疫荧光T细胞密度作相关性分析。
评估肿瘤中心与外周胶原纤维取向紊乱程度及其与T细胞浸润的关联。
对ICI-R与ICI-NR标本肿瘤中心和外周行pSHG成像,计算圆方差作为胶原组织量化指标;并以OrientationJ算法从SHG图像提取纤维取向指标作为可扩展替代。
整合ECM胶原结构指标与免疫参数,构建并内部验证预测ICI耐药的评分。
以正则化逻辑回归(弹性网)从11个定量变量中筛选特征,构建免疫-only及含前四位预测因子的简化评分(Score 1–3),用ridge回归拟合并行1,000次bootstrap内部验证,推导标准化评分公式。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| MMR状态与MLH1启动子甲基化检测 | Naica Geode微滴数字PCR系统 | Stilla | -- |
| 种系突变NGS检测 | XTHSv2捕获探针 | Agilent | -- |
| NextSeq550测序仪 | Illumina | -- | |
| Masson三色染色 | VENTANA BenchMark特殊染色自动平台 | -- | -- |
| 全切片扫描 | Olympus vs120全切片扫描仪 | Olympus | -- |
| pSHG成像 | MaiTai DeepSee Ti:Sapphire激光器 | Spectra-Physics | -- |
| 20×/1.0 NA水浸物镜 | Zeiss | -- | |
| 电动XY位移台 | Thorlabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列与应答定义 | ICI-R为CR/PR或SD≥12个月,ICI-NR为PD或SD<12个月;所有样本采集于ICI启动前;排除化疗-免疫联合治疗患者。 阅读提示:Methods 'Case selection and clinicopathological data collection'及Results 'Study population'与Table 1。 |
| 发现性蛋白质组分析 | 样本量(23例:15 ICI-R、8 ICI-NR);4张连续5 µm FFPE切片宏切割;肽段与蛋白FDR 1%;差异阈值q<0.01且|log2 fold change|>0.58。 阅读提示:Methods 'Proteomic analysis'小节。 |
| Masson三色胶原定量 | 3 µm FFPE切片;ROI为整个肿瘤内区域并排除浸润边缘;颜色反卷积优化及高斯平滑σ=1强度阈值分割;胶原/肿瘤比计算方式。 阅读提示:Methods 'Masson’s Trichrome staining and analysis'小节及Figure 2图注。 |
| pSHG成像与圆方差计算 | ROI选取(肿瘤中心及外周,外周距肿瘤细胞前沿≤1 mm);18幅偏振图像0°–170°;R²>0.7过滤;圆方差定义(0为完全排列,1为随机取向)。 阅读提示:Methods 'pSHG image acquisition and instrumentation'、'ROI selection'、'pSHG processing'及'Quantitative metrics'小节。 |
| 多参数预测模型 | 训练集33例;11个变量;交叉验证折数与α范围;Youden阈值;1,000次bootstrap;Score 2与Score 3的具体变量组成;非应答者仅9例,特异性估计为探索性。 阅读提示:Methods 'Multivariate predictive model development'小节、Table 2及online supplemental material。 |