ESCC肿瘤抗原表达谱鉴定
鉴定ESCC中适合抗体靶向的肿瘤抗原及其表达模式。
对32例ESCC患者肿瘤组织进行批量RNA测序和差异表达分析,并利用GEO单细胞RNA测序数据集(GSE203115、GSE196756)验证EGFR和MET在肿瘤细胞中的表达。
Development and preclinical evaluation of tetraspecific antibodies in combination with ex vivo expanded NK cells infusion for improved control of esophageal cancer
包含患者样本转录组测序、多种ESCC细胞系体外功能验证、NK细胞RNA测序及皮下和转移性动物模型体内验证,并有机制验证。
人ESCC细胞系KYSE-150、EC-109、TE-1、EC-1、KYSE-70、KYSE-410 患者外周血来源体外扩增NK细胞 BALB/c裸鼠皮下ESCC异种移植模型 BALB/c裸鼠尾静脉转移模型
NK细胞来源于患者外周血,经IL-2和饲养细胞体外扩增7天,CD3⁻CD56+比例46.4–84.0% 体外细胞毒性实验E:T比0.5:1、1:1、5:1、10:1,抗体浓度25 nM至梯度稀释,每组三个生物学重复 皮下模型于肿瘤体积50–100 mm³或200 mm³开始治疗,每组n=5,每周一次共三次,NK细胞5×10⁶/鼠静脉注射,抗体30 μg/鼠静脉注射 转移模型尾静脉注射1×10⁶ KYSE-150-luc细胞,第14和21天输注NK细胞,第16和23天给予抗体 比较分析限制在同一供者来源NK细胞内部进行,以避免批次效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ESCC中适合抗体靶向的肿瘤抗原及其表达模式。
对32例ESCC患者肿瘤组织进行批量RNA测序和差异表达分析,并利用GEO单细胞RNA测序数据集(GSE203115、GSE196756)验证EGFR和MET在肿瘤细胞中的表达。
构建靶向肿瘤抗原和NK细胞受体的多特异性抗体并验证其结构完整性和抗原结合能力。
设计8种抗体(包括对照amivantamab),在293F细胞中表达并用Protein G树脂纯化;通过SDS-PAGE、FPLC和SPR评估纯度、复合物形成和结合亲和力;AlphaFold预测抗体-抗原结构。
获得患者来源的扩增NK细胞并评估不同供者间激活受体表达的差异。
从ESCC患者外周血分离PBMC,与丝裂霉素C处理的K562饲养细胞按10:1共培养,在含5%自体血清和100 U/mL IL-2的GT-T551 H3培养基中扩增7天;流式细胞术检测CD3⁻CD56+、CD16、NKp30、NKp46表达。
验证多特异性抗体能否增强NK细胞对ESCC细胞及紫杉醇耐药细胞的杀伤和激活。
用PI流式细胞术检测NK细胞对KYSE-150、EC-109及紫杉醇耐药KYSE-70、KYSE-410的细胞毒性;流式检测CD69、CD107a;ELISA检测TNF-α;免疫荧光观察抗体、NK细胞和肿瘤细胞共定位。
探索抗体刺激后NK细胞的转录和蛋白水平变化,揭示激活与耗竭并存的机制。
在E:T 10:1、共孵育4小时后分选CD3⁻CD56+ NK细胞进行RNA测序;流式检测PD-1、CD72、TIM-3、TIGIT、NKG2A、LAG-3及Ki67;Western blot检测AKT、P-AKT、NR4A1、KLF4;进行三次肿瘤再挑战实验和7天增殖实验。
评估四特异性抗体联合NK细胞输注在早期和晚期皮下ESCC模型中的抗肿瘤疗效和安全性。
建立KYSE-150皮下移植瘤模型,于肿瘤体积50–100 mm³(早期)或200 mm³(晚期)开始治疗,每周一次共三次静脉给予NK细胞和抗体,监测肿瘤体积、体重,终点进行IHC检测NK细胞浸润及血清肝肾功能指标检测。
评估四特异性抗体联合NK细胞对转移性ESCC的疗效。
尾静脉注射KYSE-150-luc细胞建立转移模型,第14和21天输注NK细胞,第16和23天给予抗体,第24天进行生物发光成像,处死后取肺组织进行H&E染色评估转移灶和免疫浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | LONSERA | -- | |
| OPM-293培养基 | OPM | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 组织固定与H&E染色 | 10%福尔马林 | Solarbio | -- |
| 免疫组织化学 | 一抗 | Servicebio | -- |
| NK细胞扩增 | 淋巴细胞分离液 | TBD | -- |
| GT-T551 H3培养基 | Takara | -- | |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 质粒构建 | 质粒中提试剂盒 | Cwbio | -- |
| 抗体表达 | 聚乙烯亚胺 | BIOHUB | -- |
| 50% D-葡萄糖溶液 | Sigma | -- | |
| Hi-exp补料 | -- | -- | |
| 抗体纯化 | Protein G树脂 | GenScript | -- |
| 抗原纯化 | Ni-NTA亲和树脂 | GenScript | -- |
| 蛋白浓缩 | Amicon Ultra-15离心过滤单元 | Millipore | -- |
| 蛋白定量 | NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| FPLC分析 | AKTA pure色谱系统 | Cytiva | -- |
| Superose 6柱 | Cytiva | -- | |
| SPR分析 | Biacore T200系统 | Cytiva | -- |
| Protein A传感器芯片 | Cytiva | -- | |
| 流式分析 | 抗EGFR、MET荧光标记抗体 | BioLegend | -- |
| BD FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞毒性实验 | 细胞增殖染料eFluor 670 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 碘化丙啶染色液 | Beyotime | -- | |
| 免疫荧光染色 | 荧光显微镜 | Zeiss | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | BioLegend | -- |
| SpectraMax i3x酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| NK细胞分选 | FACSAria III细胞分选仪 | BD | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| 转移模型成像 | D-荧光素 | MeilunBio | -- |
| IVIS光谱成像系统 | PerkinElmer | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NK细胞扩增 | PBMC与K562饲养细胞比例10:1、IL-2浓度100 U/mL、扩增7天、5%自体血清;不同供者NK细胞受体表达异质性 阅读提示:Methods中NK cell expansion小节及Figure 3A-B |
| 体外细胞毒性实验 | E:T比0.5:1、1:1、5:1、10:1;抗体浓度25 nM初筛及梯度稀释;共孵育4小时;每组三个生物学重复;PI流式检测 阅读提示:Methods中Cytotoxicity assay小节及Figure 3D、4B-C、5E-F |
| 皮下移植瘤模型 | KYSE-150细胞1×10⁷ cells/mL接种100 μL;肿瘤体积50–100 mm³或200 mm³起始治疗;每组n=5;NK细胞5×10⁶/鼠、抗体30 μg/鼠静脉注射,每周一次共三次;早期模型NK细胞来自患者39,晚期来自患者40 阅读提示:Methods中Subcutaneous tumor model小节及Figure 7 |
| 转移性肿瘤模型 | 1×10⁶ KYSE-150-luc细胞尾静脉注射;第14和21天NK细胞输注,第16和23天抗体给药;第24天生物发光成像 阅读提示:Methods中Metastatic tumor model小节及Figure 8 |
| NK细胞RNA测序 | E:T比10:1共孵育4小时后分选CD3⁻CD56+ NK细胞;五个实验组;数据存入GEO GSE341700 阅读提示:Methods中NK cell sorting and RNA sequencing小节及Figure 6A |