患者队列构建与年龄分组
建立不同年龄组的MBC患者队列以比较基因组特征。
从Dana-Farber癌症研究所前瞻性维护的EMBRACE队列数据库中提取临床和病理数据,纳入2013年7月1日至2020年12月31日期间接受OncoPanel检测的MBC患者,按转移诊断时年龄分为<50岁、50-69岁和≥70岁三组。
Tumor genomic landscape of older patients with metastatic breast cancer☆
基于2379例患者队列的靶向DNA测序(OncoPanel)分析,比较不同年龄组SNV、CNV、TMB及信号通路频率,属观察性基因组分析,无独立功能验证实验。
转移性乳腺癌患者队列(EMBRACE队列,N=2379) 患者肿瘤样本(原发或转移灶) OncoPanel靶向DNA测序
年龄分组:<50岁(n=853)、50-69岁(n=1311)、≥70岁(n=215) 检测样本类型:原发灶、局部复发灶或转移灶 OncoPanel版本:V1(277基因)、V2(302基因)、V3(447基因) TMB阈值:≥10突变/兆碱基定义为高TMB
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立不同年龄组的MBC患者队列以比较基因组特征。
从Dana-Farber癌症研究所前瞻性维护的EMBRACE队列数据库中提取临床和病理数据,纳入2013年7月1日至2020年12月31日期间接受OncoPanel检测的MBC患者,按转移诊断时年龄分为<50岁、50-69岁和≥70岁三组。
获取肿瘤基因组变异谱并分类致癌性变异。
使用DFCI-Profile肿瘤-only NGS平台和验证的OncoPanel检测(277/302/447个癌症相关基因)进行靶向测序,捕获焦点CNV和SNV。通过OncoKB将突变分类为致癌性,鉴定抑癌基因的功能丧失突变,CNV根据扩增或缺失标准判定致癌性。TMB计算为总突变数除以panel大小。
评估年龄与基因突变频率、TMB及信号通路改变的关联。
使用Fisher精确检验比较各年龄组SNV和CNV频率、TMB高低比例及致癌信号通路改变频率;使用多变量逻辑回归分析连续年龄(每10年增加)与突变频率的关联,调整种族、TMB、组织学、亚型、初始诊断分期和样本类型。
验证主要发现在不同样本亚组中的稳健性。
在仅转移活检样本亚组、已知无胚系致病/可能致病变异亚组、以及按既往治疗状态分层的复发MBC患者中重复所有分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 肿瘤测序 | OncoPanel靶向测序检测 | Dana-Farber Cancer Institute | -- |
| 突变致癌性分类 | OncoKB精准肿瘤学知识库 | Memorial Kettering Cancer Center | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与年龄分组 | 年龄分组切点(<50岁、50-69岁、≥70岁);样本纳入时间范围2013年7月1日至2020年12月31日;样本来源(原发灶、局部复发灶或转移灶) 阅读提示:Methods中Patients and samples小节;Table 1 |
| 肿瘤靶向测序与变异分类 | OncoPanel版本及对应基因数(V1=277、V2=302、V3=447基因);致癌性CNV判定标准(癌基因≥6拷贝扩增,抑癌基因两拷贝丢失);高TMB阈值≥10突变/兆碱基 阅读提示:Methods中Tumor sequencing小节 |
| 统计分析与多变量模型 | 多变量逻辑回归调整变量(种族、TMB、组织学、亚型、初始诊断分期、样本类型);多重比较校正方法(Benjamini-Hochberg);显著性阈值(P<0.05,q<0.10) 阅读提示:Methods中Statistical analysis小节 |
| 敏感性分析 | 转移样本亚组样本量(n=1607);无胚系P/LP变异亚组的确认方法;复发MBC患者既往治疗分层定义 阅读提示:Methods中Sensitivity analysis小节;Supplementary Tables S3-S4 |