组织NGS队列建立与TP53状态确定
建立基于组织测序的晚期BTC队列,确定TP53突变状态。
回顾性收集日本和美国晚期BTC患者,使用组织NGS平台检测基因组改变,确定TP53状态。
Clinico-molecular characteristics and enhanced efficacy of immune checkpoint inhibitors in TP53-mutated advanced biliary tract cancer
包含组织NGS队列、血浆ctDNA队列及转录组分析,并有预后与交互作用验证。
晚期胆道癌患者组织NGS队列(n=336) 晚期胆道癌患者血浆ctDNA队列(n=514) MONSTAR-SCREEN-2全转录组测序样本(n=59)
TP53突变状态基于组织NGS(主要分析)或血浆ctDNA NGS(探索性)确定 TP53突变与WT组比较PFS和OS,并校正混杂因素 非ICI与含ICI方案间治疗-TP53交互作用检验 转录组分析中TIDE评分比较 MSS亚组中治疗-TP53交互作用验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立基于组织测序的晚期BTC队列,确定TP53突变状态。
回顾性收集日本和美国晚期BTC患者,使用组织NGS平台检测基因组改变,确定TP53状态。
比较TP53突变与WT组间基因组共改变频率差异。
在组织队列中比较两组间复发性基因组改变频率,使用Fisher精确检验。
评估TP53突变对生存的影响及与治疗方案的交互作用。
比较TP53突变与WT组一线系统治疗后的OS和PFS,使用Kaplan-Meier和多变量Cox模型,并检验治疗-TP53交互作用。
在血浆ctDNA队列中验证组织队列的发现。
使用血浆ctDNA NGS检测TP53状态,比较两组生存和疗效,并进行交互作用分析。
探索TP53突变肿瘤的免疫学和分子特征。
对MONSTAR-SCREEN-2全转录组测序数据应用TIDE算法和GSEA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织NGS | FoundationOne CDx | Foundation Medicine | -- |
| Caris MI Profile | Caris Life Sciences | -- | |
| OncoGuide NCC Oncopanel System | Sysmex Corporation | -- | |
| 血浆ctDNA NGS | Guardant360 CDx | Guardant Health | -- |
| FoundationOne Liquid CDx | Foundation Medicine | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织NGS队列 | 样本量n=336,TP53突变状态定义基于组织NGS 阅读提示:Methods中Patients and study design小节 |
| 血浆ctDNA队列 | 样本量n=514,VAF阈值>1.0% 阅读提示:Methods中Patients and study design小节 |
| 生存分析 | 仅纳入一线系统治疗患者,OS和PFS定义 阅读提示:Methods中Assessments小节 |
| 治疗交互作用分析 | 非ICI与含ICI方案分组,多变量Cox模型交互项 阅读提示:Methods中Statistical analysis小节 |
| 转录组分析 | 样本n=59,均为MSS,TIDE和GSEA参数 阅读提示:Methods中Analysis of the molecular pathways and response to immunotherapy小节及Fig. S6图注 |