噬菌体展示筛选KRAS G12V/HLA-A*11:01特异性scFv
从噬菌体展示文库中分离识别KRAS G12V/HLA-A*11:01复合物的scFv
使用两个fUSE5噬菌体展示文库,以KRAS G12V/HLA-A*11:01单体进行正选择,以KRAS WT/HLA-A*11:01和空HLA-A*11:01单体进行负选择;经过最多六轮筛选,第2–4轮加入竞争步骤,挑取单克隆噬菌体并测序。
Engineering T cell-engaging bispecific antibodies targeting KRAS G12V neoantigen across HLA-A*11:01 and HLA-A*03:01
包含噬菌体展示筛选、ELISA、流式、SPR、ELISpot、细胞毒性、结构建模及PBMC植入异种移植小鼠体内验证,覆盖体外功能、机制和体内验证。
C1R-A11及C1R-A3抗原呈递细胞系 KRAS G12V阳性癌细胞系(SNG-M、NCI-H441等) 患者来源结直肠癌细胞C053T 人PBMC植入NSG小鼠异种移植模型
scFv2对KRAS G12V/HLA-A*11:01复合物的结合特异性(ELISA、流式),需区分KRAS WT及其他G12突变肽 scDb2的T细胞活化剂量(0、0.1、0.3、1、10 nM)及EC50(C1R-A11细胞IFN-γ EC50=0.59 nM) CD8+ T细胞与靶细胞共培养比例5:1,共培养24小时,IL-2 200 IU/mL 体内给药:SNG-M或NCI-H441细胞5×10^6皮下接种,PBMC 2×10^7腹腔注射,scDb 10 µg/小鼠腹腔注射,每周两次 体内每组n=8只小鼠,肿瘤生长抑制及CD8+ T细胞浸润、Ki67+CD8+ T细胞比例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从噬菌体展示文库中分离识别KRAS G12V/HLA-A*11:01复合物的scFv
使用两个fUSE5噬菌体展示文库,以KRAS G12V/HLA-A*11:01单体进行正选择,以KRAS WT/HLA-A*11:01和空HLA-A*11:01单体进行负选择;经过最多六轮筛选,第2–4轮加入竞争步骤,挑取单克隆噬菌体并测序。
验证候选scFv对KRAS G12V/HLA-A*11:01复合物的结合特异性和亲和力
将scFv序列插入pET-44a(+)载体,在大肠杆菌周质中表达并纯化;通过ELISA检测scFv与KRAS G12V/HLA-A*11:01或KRAS WT/HLA-A*11:01单体的结合;通过流式细胞术检测scFv与肽脉冲C1R-A11细胞及不同KRAS突变/HLA背景癌细胞系的结合。
构建同时结合KRAS G12V/HLA-A*11:01和CD3的双特异性抗体,并评估其结合特性
将scFv2与抗CD3ε scFv(克隆UCHT1)组装为双特异性单链双抗体(scDb2),在Expi293F细胞中表达并纯化;通过ELISA检测scDb2与KRAS G12V/HLA-A*11:01、KRAS WT/HLA-A*11:01及CD3ε/δ的结合;通过表面等离子共振测定结合动力学。
评估scDb2是否能以KRAS G12V和HLA依赖的方式诱导T细胞活化和杀伤靶细胞
将CD8+ T细胞与肽脉冲C1R-A11/C1R-A3细胞或KRAS G12V阳性癌细胞系共培养,在scDb2存在下检测IFN-γ分泌(ELISpot)和细胞毒性(LDH释放);并使用患者来源结直肠癌细胞C053T验证。
评估scDb2在人PBMC植入的异种移植小鼠模型中的抗肿瘤活性和安全性
将KRAS G12V阳性SNG-M细胞或NCI-H441细胞皮下接种至NSG小鼠,随机分组后腹腔注射人PBMC和scDb2或同型对照scDb,每周两次;监测肿瘤生长、体重,并进行H&E和CD8/Ki67免疫组化分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dynabeads CD8阳性分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 人T细胞激活CD3/CD28 Dynabeads | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| AIM-V培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 肽合成 | KRAS G12V肽(VVVGAVGVGK) | GenScript | -- |
| 噬菌体筛选 | MyOne T1链霉亲和素磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ELISA | 链霉亲和素包被96孔板 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 抗M13抗体 | Sino Biological | -- | |
| 抗His抗体 | Abcam | -- | |
| 重组人CD3ε/δ蛋白 | Acro Biosystems | -- | |
| Victor多标记板阅读仪 | Perkin Elmer | -- | |
| 重组蛋白表达 | pET-44a(+)载体 | Novagen | -- |
| pcDNA3.4哺乳动物表达载体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白纯化 | HisPur Ni-NTA树脂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | Precision Plus Protein WesternC标准品 | Bio-Rad | -- |
| 流式细胞术 | 抗FLAG PE抗体 | BioLegend | -- |
| FACSVerse流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FACSLyric流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| ELISpot | 人IFN-γ ELISpot PRO试剂盒 | MABTECH | -- |
| ImmunoSPOT S4酶联免疫斑点阅读仪 | Cellular Technology | -- | |
| 细胞毒性 | LDH-Glo细胞毒性测定试剂盒 | Promega | -- |
| 免疫组化 | 抗CD8小鼠单克隆抗体 | Proteintech | -- |
| 抗Ki67兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记抗小鼠二抗 | Vector Laboratories | -- | |
| 碱性磷酸酶标记抗兔二抗 | Vector Laboratories | -- | |
| NanoZoomer数字切片扫描仪 | Hamamatsu Photonics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 噬菌体展示筛选 | 文库复杂度、负选择抗原(KRAS WT/HLA-A*11:01和空HLA-A*11:01单体)、正选择抗原(KRAS G12V/HLA-A*11:01单体)、筛选轮次及竞争步骤 阅读提示:Methods 'Selection of phage clones';Results 'Identification of KRAS G12V/HLA-A*11:01-specific TCR-like antibodies'第一段 |
| scFv结合特异性验证 | ELISA中scFv浓度(10 nM)、C1R-A11细胞脉冲肽种类(G12V、WT及G12A/C/D/R/S)、流式抗体(抗FLAG PE) 阅读提示:Methods 'Enzyme-linked immunosorbent assays'和'Flow cytometry';Figure 1B–D及图注 |
| scDb2介导的T细胞活化与细胞毒性 | CD8+ T细胞与靶细胞比例(5:1)、scDb2浓度范围(0–10 nM)、共培养时间(24小时)、IL-2浓度(200 IU/mL)、靶细胞类型及HLA背景 阅读提示:Methods 'Enzyme-linked immunosorbent spot assay'和'Cytotoxicity assay';Figure 2D–F、Figure 3及图注 |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系(NSG,雌性,5周龄)、肿瘤细胞接种量(5×10^6/只,皮下,day -7)、PBMC剂量(2×10^7/只,腹腔,day 0)、scDb剂量(10 µg/只,腹腔,每周两次)、每组n=8 阅读提示:Methods 'Mouse xenograft model';Figure 5A及图注 |
| 结构建模与对接 | AlphaFold3预测的scFv模型置信度(iPTM=0.92,pTM=0.93)、HADDOCK对接使用的PDB结构(8K50、8RNI)、CDR活性残基定义及KRAS G12V锚定残基限制 阅读提示:Methods 'Structural modeling and docking';Figure 4C,D及图注 |