前瞻性患者招募与样本采集
建立按WHO标准严格分类的ET、preMF和PMF患者队列,并在任何细胞减灭治疗前采集样本。
2019年至2024年在法国昂热和布雷斯特大学医院前瞻性纳入新诊断MPN成人患者,采集外周血用于NGS、细胞因子和CD34计数,进行骨髓活检和脾脏超声/弹性成像。
Non-invasive multiparametric characterization of essential thrombocythemia, premyelofibrosis, and overt myelofibrosis
前瞻性队列128例,含NGS、细胞因子、流式CD34、弹性成像等多层检测,但无独立功能或机制验证。
128例新诊断MPN患者(44例ET、53例preMF、21例PMF) 外周血血浆细胞因子检测 骨髓活检病理诊断
最终诊断由两名医师组成的裁决委员会根据2016/2022 WHO标准确认,裁决委员会对无创参数设盲 骨髓组织学由三名血液病理学家独立评估,意见不一致时共同复核达成共识 细胞因子在EDTA抗凝血浆中于研究结束时集中检测,IL-1β因Luminex检测不可测而改用超敏ELISA 脾脏弹性成像采用VTQ点剪切波或2D剪切波弹性成像,每例患者10次测量取中位数,结果按中心归一化为z评分 两步Lasso回归使用bootstrap .632内部验证(1000次重采样),λ通过交叉验证选择
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立按WHO标准严格分类的ET、preMF和PMF患者队列,并在任何细胞减灭治疗前采集样本。
2019年至2024年在法国昂热和布雷斯特大学医院前瞻性纳入新诊断MPN成人患者,采集外周血用于NGS、细胞因子和CD34计数,进行骨髓活检和脾脏超声/弹性成像。
确定最终诊断(ET、preMF或PMF)作为金标准。
骨髓活检由三名血液病理学家独立评估,意见不一致时共同复核达成共识;最终诊断由两名医师组成的裁决委员会根据骨髓组织学结合临床生物学参数确认,裁决委员会对无创参数设盲。
比较ET、preMF和PMF之间的突变景观。
对外周血DNA进行靶向髓系恶性肿瘤52基因全外显子NGS,分析致病或可能致病突变,计算等位基因负荷;CALR突变通过PCR片段分析测定。
比较不同诊断组之间的血浆细胞因子水平。
使用商业ELISA试剂盒定量S100A8/S100A9异二聚体和IL-34,使用Luminex多重荧光珠技术定量27种细胞因子,IL-1β因Luminex检测不可测而改用超敏ELISA。
比较不同诊断组之间的循环CD34+细胞浓度。
在昂热或布雷斯特大学医院通过流式细胞术标准化平台技术,CD45设门后定量循环CD34+细胞。
评估脾脏大小和脾脏硬度在不同诊断组之间的差异。
在昂热或布雷斯特大学医院进行脾脏超声和弹性成像,使用VTQ点剪切波弹性成像(Sequoia, Siemens)、2D剪切波弹性成像(Aixplorer, Supersonic Imaging)或2D剪切波弹性成像(Aplio a450, Canon)。
评估无创参数组合能否区分ET、preMF和PMF,并建立分类模型。
首先使用DIABLO框架进行监督稀疏PLS-DA分析,将参数分为临床、基因组和细胞因子三个数据块;然后采用两步Lasso回归,第一步区分PMF与非PMF,第二步在非PMF患者中区分ET与preMF;使用bootstrap .632进行内部验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 循环CD34+细胞计数 | BD干细胞计数试剂盒 | BD Bioscience | -- |
| Stem-Kit CD34 HPC计数试剂盒 | Beckman Coulter | -- | |
| 脾脏弹性成像 | Sequoia超声仪 | Siemens | -- |
| Aixplorer超声仪 | Supersonic Imaging | -- | |
| Aplio a450超声仪 | Canon | -- | |
| 细胞因子定量 | Quantikine ELISA试剂盒 | R&D® Systems | -- |
| Luminex 200分析仪 | -- | -- | |
| 定制磁性Luminex检测 | R&D Systems | -- | |
| Quantikine超敏ELISA试剂盒 | R&D® Systems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与样本采集 | 纳入中心(昂热和布雷斯特大学医院)、纳入时间(2019–2024年)、纳入标准(新诊断ET/preMF/PMF成人)、样本采集时间(细胞减灭治疗前) 阅读提示:Methods 'Patients and samples'小节 |
| 骨髓活检病理诊断与裁决 | 病理学家人数(3名)、活检可评估骨小梁最低数量(5个)、纤维化分级标准(0–3)、裁决委员会组成(2名医师)、诊断标准版本(WHO第5版) 阅读提示:Methods 'Patients and samples'小节 |
| 分子分析 | NGS panel基因数(52个)、测序样本来源(外周血DNA)、灵敏度(2%)、突变纳入标准(致病或可能致病)、CALR突变检测方法(PCR片段分析) 阅读提示:Methods 'Molecular analysis'小节及Supplementary Table S1 |
| 细胞因子定量 | 血浆制备条件(EDTA抗凝、2000×g离心10分钟、−80°C保存)、检测细胞因子数量(29种)、检测平台(Luminex和ELISA)、IL-1β超敏ELISA的使用原因 阅读提示:Methods 'Cytokines'小节 |
| 脾脏弹性成像 | 设备型号及中心分布、测量次数(10次)、取值方式(中位数)、归一化方法(按中心z评分)、操作者设盲 阅读提示:Methods 'Spleen ultrasound and elastography'小节 |
| 两步Lasso分类模型 | 第一步和第二步的结局定义、λ选择方法(交叉验证lambda.min)、内部验证方法(bootstrap .632、1000次重采样)、AUC/灵敏度/特异度估计方式(out-of-bag样本、Youden最优阈值)、敏感性分析方法(重复分层10折交叉验证、10次重复) 阅读提示:Methods 'Statistical analysis'小节及Supplementary Fig. S4、S5 |