临床样本TF表达与缓解关系分析
评估TF蛋白表达水平是否与TV临床缓解相关
对innovaTV 204患者治疗前肿瘤活检进行TF IHC,分别评估膜与胞质H-score及TF阳性肿瘤细胞百分比,比较缓解者(CR/PR)与非缓解者(SD/PD)
Molecular Profiling of Tisotumab Vedotin-Treated Patients Identifies Immune Pathways Associated with Clinical Activity
含患者治疗前肿瘤RNA-seq与IHC队列分析,并行体外ADCP、ADCC功能验证,为两个独立证据层级
复发性或转移性宫颈癌患者治疗前肿瘤活检样本 MMAE偶联的TV及Fc沉默TV-FEA抗体 人单核细胞来源巨噬细胞(hMDM) 健康供者外周血单个核细胞(PBMC)
TF IHC膜与胞质H-score及阳性细胞百分比在缓解者与非缓解者间的比较(80例,76例可评估缓解) RNA-seq队列41例,基于特征评分中位数分组的Cox比例风险模型分析OS与PFS ADCP实验效应细胞与靶细胞比(E:T)2:1,抗体浓度范围0.000128–10 μg/mL ADCC实验E:T比30:1,抗体浓度范围0.000128–10 μg/mL,过夜孵育 细胞系TF表达以半定量流式细胞术测定,按sABC/细胞分为TFhi、TFmid、TFlo
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TF蛋白表达水平是否与TV临床缓解相关
对innovaTV 204患者治疗前肿瘤活检进行TF IHC,分别评估膜与胞质H-score及TF阳性肿瘤细胞百分比,比较缓解者(CR/PR)与非缓解者(SD/PD)
评估与TV作用机制相关的免疫基因特征是否与临床结局相关
对治疗前活检行RNA-seq,使用基因集变异分析对免疫及经典通路特征评分,以特征评分中位数分组,用Cox比例风险模型分析其与OS和PFS的关联
验证TV是否可在不同TF表达水平的肿瘤细胞中诱导ADCP
以hMDM为效应细胞、pHrodo标记的肿瘤细胞为靶细胞,在TV或对照抗体存在下用Incucyte活细胞成像监测吞噬
验证替索妥单抗是否可在不同TF表达水平的肿瘤细胞中诱导ADCC
以健康供者PBMC为效应细胞、CellTrace Violet标记的肿瘤细胞为靶细胞,过夜共培养后用流式细胞术以PI阴性CTV阳性细胞计数评估靶细胞杀伤
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza Bioscience | -- |
| MycoAlert对照套装 | Lonza Bioscience | -- | |
| 流式分析 | 10×磷酸盐缓冲液 | Capricorn Scientific or Gibco | 70011-044 |
| 牛血清白蛋白V组分 | Sigma-Aldrich, or Roche | 126609, 10735086001 | |
| 40 μm细胞筛网 | Falcon | 352340 | |
| 圆底96孔板 | Greiner Bio-One | 650180 | |
| 小鼠抗人TF抗体 | R&D Systems | MAB2339 | |
| 小鼠IgG2a同型对照抗体 | BD Pharmingen | 555571 | |
| 小鼠QIFIKIT定量流式试剂盒 | Dako | K0078 | |
| FITC标记山羊抗小鼠IgG二抗 | Dako | K0078 | |
| DRAQ7活力染料 | BioLegend | 424001 | |
| BD FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| BD LSRFortessa细胞分析仪 | BD Biosciences | -- | |
| PBMC分离 | 淋巴细胞分离液 | MP Biomedicals; PromoCell; or Corning | 50494; C-44010; 25-072-CL |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | A10491-01 | |
| 含铁供体牛血清 | Gibco | 20371-030 | |
| 冷冻保护液 | Lonza Bioscience | 12-132A | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2438-50ML | |
| ADCP实验 | CD14磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-050-201 |
| LS分离柱 | Miltenyi Biotec | 130-042-401 | |
| GMP树突状细胞培养基 | CellGenix | 20801-0500 | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | Gibco | PHC9501 | |
| UpCell培养皿 | Thermo Fisher Scientific | 174902 | |
| Incucyte用pHrodo红色细胞标记染料 | Sartorius | 6500-0039 | |
| 96孔平底板 | Greiner Bio-One | 655180 | |
| Incucyte S3活细胞分析系统 | Sartorius | -- | |
| ADCC实验 | RPMI 1640培养基 | Capricorn Scientific | RPMI-HA |
| CellTrace紫染料 | Invitrogen | C34557 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Capricorn Scientific | SP-2121 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25300-054 | |
| 碘化丙啶 | Sigma-Aldrich | P4864 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本TF IHC分析 | 活检采集时间(末次系统治疗前或后)、TF阳性判定阈值≥1%、膜与胞质H-score计算方法、缓解分组定义;样本量80例(76例可评估缓解) 阅读提示:Materials and Methods的Transcriptomic and IHC profiling及Figure 1图注 |
| 治疗前肿瘤RNA-seq分析 | RNA-seq样本筛选与质控标准、41例样本、基因特征评分的具体定义、OS/PFS关联的Cox模型分组方式;多重检验校正后无显著关联 阅读提示:Materials and Methods的Transcriptomic and IHC profiling及Results、Discussion相关段落,Supplementary Tables S4和S5 |
| 体外ADCP实验 | hMDM分化条件(50 ng/mL macrophage CSF、7天)、E:T比2:1、抗体浓度范围0.000128–10 μg/mL、检测时间点及TFhi/TFmid/TFlo阈值定义 阅读提示:Materials and Methods的In vitro ADCP experiments及Figure 3图注 |
| 体外ADCC实验 | PBMC供者来源与过夜恢复、E:T比30:1、抗体浓度范围、过夜孵育与靶细胞杀伤计算公式、Fc沉默FEA变异体对照 阅读提示:Materials and Methods的In vitro ADCC experiments及Figure 4图注、Supplementary Fig. S7 |
| 细胞系TF表达定量 | 半定量流式细胞术所用抗TF抗体浓度10 μg/mL、QIFIKIT标准曲线范围、细胞系来源与传代数上限20代;具体细胞系清单见补充表 阅读提示:Materials and Methods的Semiquantitative flow cytometry及Supplementary Tables S1和S2 |