临床队列H63D基因分型与患病率分析
评估H63D在PDAC患者中的频率及其与可切除性的关系
对回顾性未选择队列、手术切除队列和前瞻性可切除队列的PDAC患者进行HFE H63D基因分型,并与普通人群频率比较
The H63D Polymorphism in the HFE Gene Promotes Aggressive Disease Phenotypes in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
含三个临床队列基因分型与生存分析、KCh67d小鼠模型、PDAC细胞系功能实验及人肿瘤空间转录组学,兼具功能与机制验证
795例PDAC患者临床队列(回顾性与前瞻性) KCh67d小鼠PDAC模型 人PDAC细胞系MIA PaCa2、A8184、PANC-1 小鼠PDAC细胞系DT4313、CRH6713
H63D基因分型采用TaqMan SNP Genotyping Assay,探针rs1799945 KCh67d与KCwt小鼠按基因型分组,于1、3、6、9月龄取材评估肿瘤负荷 细胞侵袭实验设或不设5 ng/mL TGFβ1处理24小时 细胞同步化:G1用0.5 mmol/L羟基脲24小时,G2用0.5 µg/mL诺考达唑20小时 空间转录组仅纳入DV200>50的FFPE样本,H63D与未携带者各4例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估H63D在PDAC患者中的频率及其与可切除性的关系
对回顾性未选择队列、手术切除队列和前瞻性可切除队列的PDAC患者进行HFE H63D基因分型,并与普通人群频率比较
探究H63D状态与肿瘤特征和术后结局的关系
回顾性评估H63D与临床病理变量的关联,并在前瞻性手术候选者中验证无病生存期,采用Cox比例风险模型和Kaplan-Meier分析
验证h67d变异对PDAC进展和转移的影响
比较KCwt与KCh67d小鼠不同月龄的胰腺转化面积、Ki67增殖、神经侵犯、肝肺转移及生存
明确H63D对PDAC细胞侵袭性、细胞周期和EMT的影响
用小鼠和人PDAC细胞系进行胶原侵袭实验、划痕愈合、流式细胞周期分析、Western blot及免疫荧光检测TWIST1和cyclin D1
判断H63D表型是否依赖HFE及TWIST1维持
在WT和H63D突变PDAC细胞中转染HFE siRNA,检测EMT转录因子表达、TWIST1蛋白及迁移能力
在人群肿瘤层面验证H63D相关的EMT和细胞周期改变
分析TCGA-PAAD队列WES和RNA-seq差异表达与GSEA,并对人PDAC FFPE样本进行Visium空间转录组分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp DNA迷你试剂盒 | QIAGEN | 51304 |
| DNA定量 | NanoDrop 1000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SNP基因分型 | QuantStudio 7 Flex实时PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | 4485688 |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Merck | SLM-241-B |
| 细胞同步化 | 羟基脲 | Sigma-Aldrich | H8627-1G |
| 诺考达唑 | Sigma-Aldrich | SML1665-1ML | |
| 侵袭实验 | 鼠尾胶原I | BD Biosciences | 354236 |
| 细胞侵袭实验 | QCM 24孔胶原基质细胞侵袭实验 | Merck | ECM551 |
| 侵袭实验 | 转化生长因子β | R&D Systems | 240-B-010 |
| 细胞活力检测 | 体外毒性检测试剂盒(基于刃天青) | Sigma | TOX8-7H296 |
| 衰老检测 | 细胞衰老检测试剂盒 | Merck | KA002 |
| siRNA转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| Opti-MEM I减血清培养基 | Gibco | -- | |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | A32963 |
| 免疫组化 | 啮齿动物封闭剂 | BioCare Medical | RBM961G |
| 背景封闭剂 | BioCare Medical | BS966 | |
| 多重免疫荧光 | Opal多重免疫荧光系统 | Akoya Biosciences | OP7TL4001KT |
| 细胞免疫荧光 | 八孔腔室载玻片 | Ibidi | 80826 |
| RNA提取 | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| RNeasy FFPE试剂盒 | Qiagen | 73504 | |
| qRT-PCR | Fast SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | 1408115 |
| 流式凋亡检测 | Annexin V–FITC试剂盒 | Abcam | ab14082 |
| 空间转录组H&E染色 | 伊红 | Histo-Line | 01EOY101000 |
| 空间转录组RNA质控 | 高灵敏度RNA ScreenTape试剂盒 | Agilent | 5067–5579 |
| 空间转录组建库 | Visium FFPE空间基因表达试剂盒 | 10X Genomics | 1000336 |
| 空间转录组测序 | NextSeq2000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床队列基因分型与分组 | 三个队列样本量分别为389、171、235,携带者判定包含杂合与纯合,普通人群参考频率24.1% 阅读提示:Materials and Methods中Clinical studies and patients及Results第一段 |
| 生存分析设计与校正 | 分期I–II切除患者、按H63D携带与否分组、Cox模型校正变量(年龄、性别、pT、淋巴结状态、分级、残留肿瘤、神经侵犯) 阅读提示:Results中H63D and survival of patients with PDAC及Table 2、Figure 1图注 |
| KCh67d小鼠模型构建与取材 | KrasG12D、PDX-1 Cre与HfeH67D/H67D杂交,KCwt与KCh67d分组,1、3、6、9月龄取材检测终点 阅读提示:Materials and Methods中Mice generation and in vivo studies及Figure 2图注 |
| 细胞系基因型与同步化条件 | MIA PaCa2、A8184为WT,PANC-1为纯合H63D;DT4313与CRH6713来源;G1羟基脲0.5 mmol/L 24小时,G2诺考达唑0.5 µg/mL 20小时 阅读提示:Materials and Methods中Cell culture and synchronization |
| 侵袭与EMT检测条件 | TGFβ1 5 ng/mL 24小时,生物学三重复,检测指标为OD560侵袭及EMT转录因子表达 阅读提示:Materials and Methods中In vitro wound-healing assay and cell invasion及Figure 3图注 |
| 空间转录组样本与质控 | H63D与未携带者各4例,DV200>50,每spot最少50,000 read pairs,测序每样本200–230百万reads 阅读提示:Materials and Methods中Spatial RNA-seq analysis及Supplementary Figure S8图注 |