RNF207在结直肠癌中的表达和临床相关性分析
验证RNF207在结直肠癌中的表达水平及与预后的关系
利用TCGA和GSE146889数据库分析RNF207 mRNA表达;在配对癌与癌旁组织中检测RNF207 mRNA和蛋白表达;Kaplan-Meier分析预后;JASPAR预测FOXM1结合位点;双荧光素酶报告基因验证FOXM1对RNF207启动子的转录调控。
RNF207 promotes colorectal cancer growth by regulating the Hippo-YAP pathway via enhanced MST1 ubiquitination and degradation
包含体外细胞模型、人临床样本、裸鼠移植瘤模型及机制验证(Co-IP、泛素化、GST-pulldown)
HCT116结直肠癌细胞系 DLD-1结直肠癌细胞系 人结直肠癌及癌旁组织样本 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
RNF207过表达和敲低(shRNF207#1、shRNF207#2)在HCT116和DLD-1细胞中的效率验证 裸鼠皮下接种5×10^6 HCT116细胞,肿瘤体积和重量测量 CHX(50 μM)、MG132(25 μM)、CQ(50 μM)处理验证MST1降解途径 泛素化实验中K48R、K48O突变体及RNF207 E3连接酶结构域缺失突变体的使用 PY-60(10 μM)回复实验验证YAP转录活性依赖性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证RNF207在结直肠癌中的表达水平及与预后的关系
利用TCGA和GSE146889数据库分析RNF207 mRNA表达;在配对癌与癌旁组织中检测RNF207 mRNA和蛋白表达;Kaplan-Meier分析预后;JASPAR预测FOXM1结合位点;双荧光素酶报告基因验证FOXM1对RNF207启动子的转录调控。
验证RNF207对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响
构建RNF207过表达和敲低的HCT116、DLD-1细胞系;CCK-8和集落形成实验检测增殖;Transwell实验检测迁移和侵袭;Western blot检测PCNA、Cyclin-D1、E-cadherin、N-cadherin蛋白水平。
验证RNF207是否通过激活YAP转录活性发挥功能
Western blot检测YAP、p-YAP、TAZ总蛋白水平;核质分离和免疫荧光检测YAP核转位;qPCR检测YAP靶基因CTGF、CYR61、CCND1表达;使用YAP激活剂PY-60进行回复实验。
验证MST1是否介导RNF207对YAP磷酸化和细胞功能的调控
Co-IP检测RNF207与MST1、MST2、LATS1、LATS2的相互作用;Western blot检测MST1蛋白水平;MST1过表达回复实验检测p-YAP、YAP靶基因及细胞增殖迁移。
验证RNF207是否通过K48连接的泛素化促进MST1蛋白酶体降解
Co-IP和GST-pulldown验证RNF207与MST1物理互作;免疫荧光检测共定位;CHX实验检测MST1半衰期;MG132和CQ处理区分降解途径;泛素化实验使用K48R、K48O突变体及E3连接酶结构域缺失的RNF207突变体。
验证RNF207对结直肠癌裸鼠移植瘤生长的影响
建立RNF207过表达和敲低的HCT116细胞皮下移植瘤模型;测量肿瘤体积和重量;Western blot检测肿瘤组织中MST1、p-YAP、YAP蛋白水平;免疫组化检测Ki67和PCNA。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| DMEM培养基 | Procell | PM150210 | |
| 胎牛血清 | NEWZERUM | FBS-S500 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Procell | PB180120 | |
| 药物处理 | MG132 | MCE | HY-13259 |
| 氯喹 | MCE | HY-17589A | |
| PY-60 | MCE | HY-141644 | |
| 质粒转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966-1 |
| 病毒过滤 | 0.22微米滤膜 | Millipore | SLGPR33RB |
| 病毒感染 | 聚凝胺 | Hanbio | HB-PB-500 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | BioLight | BLGE320-25MG |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Abclonal | BRK0044 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Tian Gen | 4,992,730 |
| 逆转录 | HiScript II第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R212-01 |
| qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Vazyme | Q711-02 |
| LightCycler 480系统 | Lepu Medical | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-035-003 or 111-035-003 | |
| ECL蛋白质印迹底物试剂盒 | Epizyme Biotech | SQ201 | |
| ChemiDoc™ XRS + 成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | Beyotime | C0039 |
| 集落形成实验 | 0.1%结晶紫染色液 | Sinopharm | 548-62-9 |
| Transwell实验 | Corning Transwell渗透性支持物 | Corning | REF 3421 |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基底膜基质 | Servicebio | G4130-5ML |
| 免疫组化 | RNF207抗体 | Sigma-Aldrich | HPA028378 |
| PCNA抗体 | Abclonal | A12427 | |
| KI67抗体 | Servicebio | GB111499-50 | |
| p-YAP抗体 | Huabio | ET1611-69 | |
| MST1抗体 | Abclonal | A21842 | |
| DAB显色液 | Servicebio | G1012 | |
| 免疫荧光 | Triton-X 100 | Servicebio | GC204003 |
| 抗小鼠Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A32723 | |
| 抗兔Alexa Fluor 568二抗 | Invitrogen | A11036 | |
| DAPI | Servicebio | G1012-100ML |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和药物处理 | CHX 50 μM、MG132 25 μM、CQ 50 μM、PY-60 10 μM的工作浓度;HCT116和DLD-1细胞培养基为RPMI-1640+10% FBS+1%双抗 阅读提示:Materials and methods中Cell culture and treatment小节 |
| RNF207过表达和敲低细胞系构建 | 慢病毒感染时细胞汇合度30-50%,polybrene 12 μg/mL感染6小时,puromycin 5 μg/mL筛选48小时;shRNA序列见Supplementary Table S1 阅读提示:Materials and methods中Plasmid construction and lentivirus infection小节及Supplementary Table S1 |
| 体外功能实验 | CCK-8接种5000细胞/孔,检测0-4天;集落形成接种2000细胞/孔,培养10天;Transwell迁移HCT116 6×10^5、DLD-1 1.2×10^5细胞,24小时;侵袭实验Matrigel 5 μg 阅读提示:Materials and methods中CCK-8 assays、Colony formation、Transwell assay小节 |
| 泛素化实验 | 转染后24小时收集细胞;裂解液中加入10% SDS至终浓度约1%,95°C变性10-15分钟;K48R和K48O泛素突变体及RNF207 E3连接酶结构域缺失突变体 阅读提示:Materials and methods中Ubiquitination assays小节及Results中对应描述 |
| 裸鼠皮下移植瘤实验 | BALB/c裸鼠4-5周龄,皮下接种5×10^6 HCT116细胞/200 μL PBS;肿瘤体积公式0.52×长径×短径×短径;终点肿瘤最大不超过1500 mm3 阅读提示:Materials and methods中Subcutaneous tumor-bearing mouse models小节 |