离散时间生存分析机器学习模型用于多周期IVF预后预测

Discrete time survival analysis machine learning models for IVF prognosis across multiple cycles

作者信息TingTing Shao, Achilleas Ghinis, Eline Dancet, Johanna Devroe, Felipe Kenji Nakano, Celine Vens
PMID42921485
发布时间2026-09-23
DOI10.1093/hropen/hoag085

实验完整度

中

基于单中心回顾性队列构建并时间验证预测模型,比较BART、RF、Logit与McLernon基线,评估区分度与校准。

主要模型

开发队列1429对夫妇 时间验证队列613对夫妇 治疗前预后模型 治疗后预后模型

重点核对

开发数据集:2014年1月至2021年4月在同一中心开始IVF治疗的1429对夫妇 时间验证数据集:2021年4月至2023年12月在同一中心开始治疗的613对夫妇 预测终点:最多六个完整IVF周期的首次活产,活产定义为妊娠至少24周后分娩至少一个存活新生儿 模型比较:BART、随机森林、Logit与重新拟合/重新校准的McLernon基线模型 评估指标:标化IBS、累积/动态AUC、平均AUC、时间依赖PR-AUC、平均校准和校准斜率

摘要

研究问题:离散时间生存分析机器学习(ML)方法能否为患者在诊断时(治疗前)和第一个治疗周期后(治疗后)提供可靠且准确的累积活产率(CLBR)预测? 摘要答案:我们开发了离散时间生存分析ML模型,可提供多达六个完整IVF周期的个性化CLBR估计,具有良好的区分性能,尤其是在治疗后阶段。 已知背景:用于估计IVF多周期累积成功率的首批相关预后模型性能中等,治疗前和治疗后模型的C统计量范围为0.7至0.73。 研究设计、规模、持续时间:这项回顾性单中心研究将2014年1月至2021年4月期间在一家三级中心开始IVF治疗的1429对夫妇作为开发数据集。另外613对夫妇于2021年4月至2023年12月期间在同一中心开始治疗,作为时间验证数据集。 参与者/材料、设置、方法:使用以下指标评估预测性能:预测误差(Brier评分、标化Brier评分)、时间依赖AUC(累积/动态AUC、平均AUC和时间依赖精确召回AUC)以及校准(平均校准、校准图和校准斜率)。治疗前和治疗后模型均预测多达六个完整IVF周期的累积活产成功率。训练、评估并比较了多种离散时间生存分析方法与基线模型。离散时间生存分析模型包括嵌入广义线性模型(Logit)和基于树的集成模型(贝叶斯加性回归树(BART)、随机森林)的模型。基线模型为重新拟合/重新校准的治疗前和治疗后McLernon模型,考虑了我们的数据中可用的因素。 主要结果和偶然性的作用:离散时间生存分析模型,尤其是BART,在我们的数据上表现优于基线模型,尤其是在治疗后阶段。验证结果显示治疗前模型具有中等区分能力,平均AUC为0.69(95% CI:0.65,0.73),标化积分Brier评分(IBS)为0.13(较Kaplan-Meier估计提高13%)。治疗后模型区分能力强,平均AUC为0.82(95% CI:0.79,0.85),标化IBS为0.19。在BART模型中,治疗前和治疗后模型最重要的特征分别是女性年龄和胚胎利用率(EUR)。 大规模数据:不适用。 局限性、谨慎原因:本研究受限于回顾性单中心设计,包括中等样本量和较长观察时间跨度。在方法学上,重新拟合McLernon基线模型时,我们的数据中缺少若干特征。 发现的更广泛意义:这项工作说明了如何使用离散时间生存分析ML模型生成个性化、多周期IVF预后。这些ML模型可以很容易地在当地人群上训练,从而促进中心特异性预测。我们的发现支持通过数据驱动的沟通来改善患者咨询,以制定个性化治疗计划的持续努力。 资金:本研究得到弗兰德斯国家研究基金会(FWO)(F.K.N.的个人授权1235924N,C.V.、T.T.S.的研究资助G046024N)和弗兰德斯政府(Flanders AI Research program)的资助。 披露:资助者在研究设计、数据收集或分析、发表决定或手稿准备中没有任何作用。无需声明利益冲突。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
离散时间生存分析机器学习方法能否在治疗前和治疗后为患者提供可靠且准确的多周期IVF累积活产率预测。
核心机制
离散时间生存分析框架将治疗周期作为离散时间单位建模条件风险,结合BART、随机森林和Logit等机器学习方法捕捉特征与结局之间的非线性关系;BART模型显示女性年龄、EUR、周期数和2PN受精卵数等特征对预测贡献较大。
主要证据
基于1429对夫妇开发队列和613对夫妇时间验证队列,BART模型在治疗前模型平均AUC为0.69(95% CI 0.65, 0.73),治疗后模型平均AUC为0.82(95% CI 0.79, 0.85),并优于重新拟合的McLernon基线模型。
研究意义
研究表明离散时间生存分析ML模型可用于生成个性化、多周期IVF预后,并可在当地人群上训练以实现中心特异性预测,支持通过数据驱动沟通改善患者咨询。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

研究队列构建与数据预处理

建立开发数据集和时间验证数据集,明确纳入排除标准及缺失值处理方式。

从UZ Leuven生育患者记录中提取2014年1月至2023年12月期间开始IVF治疗的夫妇数据,按开始时间划分开发集和时间验证集;排除年龄范围外、涉及配子/胚胎捐赠或代孕、使用生育力保存冻存胚胎、接受PGT以及既往在外院或本院接受IVF治疗的夫妇;使用MissForest算法插补缺失值,并以开发集标准差对数值特征进行缩放。

2

治疗前和治疗后预测特征定义

确定治疗前模型和治疗后模型分别纳入的基线及治疗后特征。

治疗前模型纳入女性和男性年龄、BMI、不孕持续时间、基线FSH、AMH、女性病理数量、不孕类型及诊断因素;治疗后模型额外纳入取卵前最后测量的内膜厚度、内膜厚度测量至取卵天数、获卵数、2PN受精卵数、第3天桑葚胚存在与否及胚胎利用率。

3

离散时间生存分析机器学习模型训练与调参

比较不同离散时间生存分析机器学习模型与McLernon基线模型的预测性能。

训练Logit(弹性网正则化)、随机森林和BART模型;Logit和随机森林通过survstack进行区间指示变量独热编码,BART使用surv.pre.bart将时间作为参数化时间特征;采用五折交叉验证进行超参数调优,Logit和随机森林按患者分层,BART按事件状态分层。

4

模型预测性能与校准评估

评估治疗前和治疗后模型在时间验证集上的区分度、预测误差和校准表现。

计算标化Brier评分、标化IBS、累积/动态AUC、平均AUC、时间依赖PR-AUC、平均校准和校准斜率;使用1000次非参数bootstrap估计95% CI;绘制校准图和校准曲线。

5

特征重要性与部分依赖分析

探索关键预测特征及其与IVF结局之间的非线性关系。

基于BART模型计算特征重要性,并针对治疗前和治疗后模型中最重要的前四个特征生成一维和二维部分依赖图,分析女性年龄、EUR、2PN受精卵数和内膜厚度等特征与预测生存函数的关系。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
研究队列与数据划分
开发集和时间验证集的纳入时间段、样本量(1429对和613对夫妇)、纳入排除标准
阅读提示:Methods的Study population小节及Supplementary Fig. S1
结局定义与删失规则
完整周期定义、最长观察6个周期、活产定义(≥24周且至少一个存活新生儿)、删失规则
阅读提示:Methods的Outcome小节
预测特征与缺失值处理
治疗前14个特征和治疗后20个特征的具体定义、FSH和AMH测量时间、EUR计算公式、MissForest插补及开发集标准差缩放
阅读提示:Methods的Baseline characteristics和Statistical analysis小节,Table 1
模型训练与超参数调优
Logit、随机森林和BART的超参数搜索空间、交叉验证折数及分层方式、BART先验设置
阅读提示:Methods的ML models小节及Supplementary Table S1
模型性能评估
标化IBS、平均AUC、时间依赖PR-AUC、校准斜率的计算方法、bootstrap重抽样次数和95% CI估计方式
阅读提示:Methods的Evaluation metrics小节及Results中Table 2、Table 3