研究队列构建与数据预处理
建立开发数据集和时间验证数据集,明确纳入排除标准及缺失值处理方式。
从UZ Leuven生育患者记录中提取2014年1月至2023年12月期间开始IVF治疗的夫妇数据,按开始时间划分开发集和时间验证集;排除年龄范围外、涉及配子/胚胎捐赠或代孕、使用生育力保存冻存胚胎、接受PGT以及既往在外院或本院接受IVF治疗的夫妇;使用MissForest算法插补缺失值,并以开发集标准差对数值特征进行缩放。
Discrete time survival analysis machine learning models for IVF prognosis across multiple cycles
基于单中心回顾性队列构建并时间验证预测模型,比较BART、RF、Logit与McLernon基线,评估区分度与校准。
开发队列1429对夫妇 时间验证队列613对夫妇 治疗前预后模型 治疗后预后模型
开发数据集:2014年1月至2021年4月在同一中心开始IVF治疗的1429对夫妇 时间验证数据集:2021年4月至2023年12月在同一中心开始治疗的613对夫妇 预测终点:最多六个完整IVF周期的首次活产,活产定义为妊娠至少24周后分娩至少一个存活新生儿 模型比较:BART、随机森林、Logit与重新拟合/重新校准的McLernon基线模型 评估指标:标化IBS、累积/动态AUC、平均AUC、时间依赖PR-AUC、平均校准和校准斜率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立开发数据集和时间验证数据集,明确纳入排除标准及缺失值处理方式。
从UZ Leuven生育患者记录中提取2014年1月至2023年12月期间开始IVF治疗的夫妇数据,按开始时间划分开发集和时间验证集;排除年龄范围外、涉及配子/胚胎捐赠或代孕、使用生育力保存冻存胚胎、接受PGT以及既往在外院或本院接受IVF治疗的夫妇;使用MissForest算法插补缺失值,并以开发集标准差对数值特征进行缩放。
确定治疗前模型和治疗后模型分别纳入的基线及治疗后特征。
治疗前模型纳入女性和男性年龄、BMI、不孕持续时间、基线FSH、AMH、女性病理数量、不孕类型及诊断因素;治疗后模型额外纳入取卵前最后测量的内膜厚度、内膜厚度测量至取卵天数、获卵数、2PN受精卵数、第3天桑葚胚存在与否及胚胎利用率。
比较不同离散时间生存分析机器学习模型与McLernon基线模型的预测性能。
训练Logit(弹性网正则化)、随机森林和BART模型;Logit和随机森林通过survstack进行区间指示变量独热编码,BART使用surv.pre.bart将时间作为参数化时间特征;采用五折交叉验证进行超参数调优,Logit和随机森林按患者分层,BART按事件状态分层。
评估治疗前和治疗后模型在时间验证集上的区分度、预测误差和校准表现。
计算标化Brier评分、标化IBS、累积/动态AUC、平均AUC、时间依赖PR-AUC、平均校准和校准斜率;使用1000次非参数bootstrap估计95% CI;绘制校准图和校准曲线。
探索关键预测特征及其与IVF结局之间的非线性关系。
基于BART模型计算特征重要性,并针对治疗前和治疗后模型中最重要的前四个特征生成一维和二维部分依赖图,分析女性年龄、EUR、2PN受精卵数和内膜厚度等特征与预测生存函数的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究队列与数据划分 | 开发集和时间验证集的纳入时间段、样本量(1429对和613对夫妇)、纳入排除标准 阅读提示:Methods的Study population小节及Supplementary Fig. S1 |
| 结局定义与删失规则 | 完整周期定义、最长观察6个周期、活产定义(≥24周且至少一个存活新生儿)、删失规则 阅读提示:Methods的Outcome小节 |
| 预测特征与缺失值处理 | 治疗前14个特征和治疗后20个特征的具体定义、FSH和AMH测量时间、EUR计算公式、MissForest插补及开发集标准差缩放 阅读提示:Methods的Baseline characteristics和Statistical analysis小节,Table 1 |
| 模型训练与超参数调优 | Logit、随机森林和BART的超参数搜索空间、交叉验证折数及分层方式、BART先验设置 阅读提示:Methods的ML models小节及Supplementary Table S1 |
| 模型性能评估 | 标化IBS、平均AUC、时间依赖PR-AUC、校准斜率的计算方法、bootstrap重抽样次数和95% CI估计方式 阅读提示:Methods的Evaluation metrics小节及Results中Table 2、Table 3 |