死后脑样本收集与分组
建立按AD和糖尿病状态分层的死后脑组织队列,以比较不同代谢状态下mtDNA-CN。
从London Neurodegenerative Diseases Brain Bank获取死后海马(CA1)、杏仁核和小脑组织,根据临床和神经病理诊断分为CC、CC+D、AD、AD+D四组,排除其他痴呆病史。
Why diabetes matters in dementia studies: Failure to account for diabetes status masks regional mitochondrial DNA copy number changes in human hippocampus, amygdala, and cerebellum in Alzheimer's disease
人死后脑组织qPCR定量mtDNA-CN,按AD和糖尿病分层比较三脑区,含相关性、聚类和PCA分析,但无独立功能或机制验证。
人死后海马组织(CA1亚区) 人死后杏仁核组织 人死后小脑组织
供体分组:CC(n=20)、CC+D(n=18)、AD(n=20)、AD+D(n=19) 海马和杏仁核样本量n=77,小脑n=66,剔除2例极端离群值后小脑n=64 qPCR绝对定量mtDNA-CN,线粒体靶标hMito与核基因hB2M比值,每个样本三个技术重复 多重检验校正阈值:p<0.0167(*)、p<0.0033(**)、p<0.00033(***) 排除其他痴呆病史,mtDNA-CN测定对分组盲法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立按AD和糖尿病状态分层的死后脑组织队列,以比较不同代谢状态下mtDNA-CN。
从London Neurodegenerative Diseases Brain Bank获取死后海马(CA1)、杏仁核和小脑组织,根据临床和神经病理诊断分为CC、CC+D、AD、AD+D四组,排除其他痴呆病史。
定量各脑区mtDNA拷贝数,作为线粒体含量的读出。
提取总DNA,用hMito和hB2M引物进行qPCR,以标准曲线绝对定量,计算线粒体与核靶标比值。
评估三脑区mtDNA-CN的基线区域差异及个体内区域间关系。
比较海马、杏仁核、小脑mtDNA-CN,进行Spearman相关、偏相关、层次聚类、PCA、ICC和Kendall's W分析。
检验AD和糖尿病分别及联合对mtDNA-CN的影响,判断糖尿病是否修饰AD相关变化。
比较全部AD vs 全部CC、四组间、非糖尿病AD vs CC、糖尿病AD+D vs CC+D、糖尿病 vs 非糖尿病供体的mtDNA-CN。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp Fast DNA组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| 组织匀浆 | Tissue Lyser II组织匀浆仪 | Qiagen | -- |
| 组织孵育 | 恒温混匀仪 | Eppendorf | -- |
| DNA浓度测定 | NanoDrop微量分光光度计 | Labtech International | -- |
| qPCR | 2x Quantifast SYBR Green预混液 | Qiagen | -- |
| LightCycler 96实时PCR系统 | Roche Diagnostics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 死后脑样本分组与纳入排除 | AD和糖尿病诊断标准、Braak分期、排除其他痴呆病史、各组样本量(CC=20,CC+D=18,AD=20,AD+D=19) 阅读提示:Methods 2.3纳入排除标准及Table 1 |
| 脑区取样与处理 | 海马取自CA1亚区、杏仁核和小脑亚区未记录、冻存于−80°C、避免反复冻融 阅读提示:Methods 2.4及Table 1 |
| mtDNA-CN qPCR定量 | 组织量约20 mg、匀浆30 s、DNA模板10 ng/µL、每样本三个技术重复、标准曲线107–103拷贝、hMito和hB2M引物序列 阅读提示:Methods 2.5及Table S1引物序列 |
| 统计分析 | 离群值IQR法阈值、t检验或Welch检验选择、多重检验校正阈值p<0.0167 阅读提示:Methods 2.6及Table 2 |