构建研究样本与排除标准
确定可用于分析炎症、脑结构与症状关联的基线样本。
从NAPLS-2基线数据中选取165名参与者(108名CHR-P,57名HC),排除缺乏DNA甲基化数据、缺乏神经影像数据或基线血样晚于基线MRI采集者。
Epigenetic C-reactive protein and corticolimbic gray matter volume in youth at clinical high risk for psychosis
横断面观察性分析,纳入CHR-P和HC的DNA甲基化、血浆CRP、MRI及症状量表数据,含SEM、探索性回归和敏感性分析,但无纵向或干预验证。
CHR-P青少年(n=108) 健康对照青少年(n=57) NAPLS-2基线子样本
表观遗传CRP使用Ligthart方法基于8个CpG位点计算,并残差化校正免疫细胞比例后标准化 血浆CRP在81名参与者中通过Luminex多路免疫分析定量,最低检测限0.0065 μg/mL MRI为3T扫描,FreeSurfer 5.3分割,提取mPFC、ACC和海马GMV 阳性症状使用SOPS五个条目总分作为连续变量分析 SEM以站点为聚类变量,对三个14条路径家族分别进行Benjamini–Hochberg FDR校正
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定可用于分析炎症、脑结构与症状关联的基线样本。
从NAPLS-2基线数据中选取165名参与者(108名CHR-P,57名HC),排除缺乏DNA甲基化数据、缺乏神经影像数据或基线血样晚于基线MRI采集者。
获得累积炎症负荷和急性炎症的两种指标。
使用Illumina 450K芯片测定DNA甲基化,按Ligthart方法计算表观遗传CRP;在81名参与者中通过Luminex多路免疫分析定量血浆CRP。
量化mPFC、ACC和海马的区域灰质体积。
使用3T MRI扫描,FreeSurfer 5.3进行皮层重建和皮下分割,基于Desikan图谱提取左右mPFC、ACC和海马GMV。
获得阳性症状的连续严重程度评分。
使用SOPS五个阳性症状条目的评分总和作为阳性症状严重程度指标。
同时评估表观遗传CRP、血浆CRP、区域GMV与阳性症状之间的关联模式。
构建理论驱动的SEM,纳入协变量、区域GMV间协方差和站点聚类,迭代添加修正指数大于3.84的路径,并进行FDR校正。
检验结果的稳健性及替代解释。
进行精神病转化逻辑回归、CHR-P×表观遗传CRP交互回归、CHR-P-only SEM,以及以皮层厚度/表面积替代GMV、EpiScore替代Ligthart指标、排除抗精神病药物使用者的敏感性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA甲基化检测 | Illumina 450K芯片 | Illumina | -- |
| 血样采集 | PAXgene采血管 | PAXgene | -- |
| Becton Dickinson P100采血管 | Becton Dickinson | -- | |
| 血浆CRP检测 | Human DiscoveryMAP 1.0平台 | Myriad Rules-Based Medicine (now Rules-Based Medicine, an IQVIA business) | -- |
| MRI采集 | Siemens 3T MRI系统 | Siemens | -- |
| GE 3T MRI系统 | GE | -- | |
| 12通道头线圈 | -- | -- | |
| 8通道头线圈 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究样本 | 样本来源与分组:NAPLS-2基线,CHR-P n=108,HC n=57;排除标准包括缺乏DNA甲基化数据、缺乏神经影像数据、血样晚于MRI。 阅读提示:Methods—Participants;Figure S1;Table S3 |
| 表观遗传CRP计算 | Ligthart方法基于8个CpG位点,残差化校正CD8+T细胞、CD4+T细胞、NK细胞、B细胞和单核细胞比例后标准化;EpiScore为100个CpG。 阅读提示:Methods—Epigenetic C-reactive protein (CRP);补充材料eMethods |
| 血浆CRP检测 | 血浆CRP仅在81名参与者中测定;使用Human DiscoveryMAP 1.0平台;最低检测限0.0065 μg/mL;观测范围0.04–16.0 μg/mL。 阅读提示:Methods—Plasma C-reactive protein (CRP);Table S7 |
| MRI采集与区域体积提取 | 3T Siemens或GE扫描仪;1 mm×1 mm平面分辨率、1.2 mm层厚;FreeSurfer 5.3;Desikan图谱34个分区;mPFC和ACC的组成区域。 阅读提示:Methods—MRI Acquisition and Processing |
| 阳性症状评估 | SOPS五个阳性条目总分,每条目0–6分,作为连续变量分析。 阅读提示:Methods—Measurement of Positive Symptoms |
| SEM协变量与统计设计 | 协变量为年龄、性别、种族/民族、吸烟状态、贫困状态;ICV预测各脑体积;站点作为聚类变量;FDR分别应用于三个14条路径家族;Bootstrap 1,000次。 阅读提示:Methods—Covariates;Methods—Statistical Analysis;Table 2 |