研究人群与样本采集
建立研究队列并获取唾液样本进行微生物组分析。
从SECRETO多中心病例对照研究中纳入298名参与者,进行口腔临床检查,采集刺激唾液样本并提取DNA。
Oral Microbial Determinants of Saliva and Serum Lipopolysaccharide Activity
对298人唾液进行宏基因组测序,测量唾液和血清LPS活性,采用多元线性回归、MaAsLin2等功能关联分析,但无独立实验验证。
SECRETO研究298名参与者的唾液样本 唾液宏基因组测序数据 血清和唾液LPS活性检测
唾液和血清LPS活性三分位分组及其 cutoff 值(血清0.331 EU/mL和0.473 EU/mL;唾液6,848 EU/mL和14,453 EU/mL) 唾液宏基因组测序使用Illumina NovaSeq 6000平台 血清LPS使用LAL显色法(Hycult Biotech),唾液使用重组因子C荧光法(EndoZyme II Go Plate, bioMérieux),稀释倍数分别为1:5和1:1,000 多元线性回归模型纳入的微生物属/种及协变量 MaAsLin2功能关联分析中FDR校正
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立研究队列并获取唾液样本进行微生物组分析。
从SECRETO多中心病例对照研究中纳入298名参与者,进行口腔临床检查,采集刺激唾液样本并提取DNA。
分析口腔微生物组的分类学组成和多样性。
对唾液DNA进行宏基因组测序,使用Illumina NovaSeq 6000平台,并进行生物信息学分析以获取物种和属水平的丰度及α/β多样性。
定量血清和唾液中的LPS活性,并按三分位数分组。
血清LPS使用LAL显色法测定,唾液LPS使用重组因子C荧光法测定,根据样本类型内三分位数分为低、中、高组。
识别与LPS水平相关的微生物分类群和功能特征。
使用Spearman相关、线性回归、PERMANOVA、LEfSe、多元线性回归和MaAsLin2分析微生物组多样性和分类群/功能与LPS三分位或水平的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| LPS活性测定 | 鲎变形细胞裂解物试验 | Hycult Biotech | -- |
| EndoZyme II Go板 | bioMérieux | -- | |
| 宏基因组测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| LPS活性测定 | 血清和唾液样本的稀释倍数(1:5和1:1,000)以及LPS活性三分位数 cutoff 值 阅读提示:Methods中的LPS measurement小节 |
| 宏基因组测序 | 测序平台和DNA提取方法 阅读提示:Methods中的Sample Collection and Metagenomic Sequencing小节 |
| 微生物组与LPS关联分析 | 多元线性回归模型纳入的变量和LEfSe、MaAsLin2的参数设置 阅读提示:Methods中的Statistical Analysis小节及补充方法 |