体内定位与Ovol2缺失胎盘表型分析
确定Ovol2在小鼠胎盘中的空间定位及Ovol2缺失对SynT标志物分布的影响。
对Ovol2+/-交配获得的E9.5概念体以及WT E11.5、E14.5、E17.5胎盘进行连续切片,使用RNAscope原位杂交检测Ovol2、Syna和Synb。
OVOL2 Reinforces Epithelial Identity and Promotes SynT-I Differentiation in the Mouse Placenta
包含Ovol2+/-小鼠胎盘体内模型、WT与Ovol2-/- TS细胞体外分化模型、ChIP-seq和RNA-seq组学数据,并有ZEB1/E-cadherin/Vimentin等功能和机制验证。
Ovol2+/-小鼠E9.5概念体及WT E11.5、E14.5、E17.5胎盘 WT小鼠TS细胞(F4系) Ovol2-/-小鼠TS细胞
Ovol2+/- × Ovol2+/-交配后于E9.5收集全概念体,E0.5定义为交配栓检出日 WT和Ovol2-/- TS细胞在干细胞条件或含3 μM CHIR99021的分化条件下培养3至7天或最多72小时 CHIR分化组同时设置DMSO载体对照和未处理对照 RNA-seq使用每组4个样本,Western blot和RT-qPCR使用N=4至6生物学重复 ChIP-seq使用3个独立实验重复,测序深度至少30 million reads/sample
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Ovol2在小鼠胎盘中的空间定位及Ovol2缺失对SynT标志物分布的影响。
对Ovol2+/-交配获得的E9.5概念体以及WT E11.5、E14.5、E17.5胎盘进行连续切片,使用RNAscope原位杂交检测Ovol2、Syna和Synb。
建立能富集迷宫区滋养层尤其是SynT谱系的体外分化条件。
WT TS细胞在干细胞条件或去除MEF条件培养基、FGF4、activin A的分化条件下培养3、5、7天,分化组分别不处理、DMSO载体或3 μM CHIR处理,RT-qPCR检测干细胞、迷宫区和连接区标志物。
验证OVOL2缺失是否优先破坏SynT-I分化。
WT和Ovol2-/- TS细胞在干细胞条件或CHIR分化条件下培养最多72小时,通过相差显微镜、ZO-1免疫荧光、RT-qPCR检测干细胞、迷宫区和连接区标志物。
鉴定OVOL2在分化滋养层中的直接结合靶标和富集通路。
对WT TS细胞在含3 μM CHIR分化条件下培养72小时后进行ChIP-seq,使用OVOL2抗体或兔IgG对照,分析motif、峰分布和GO富集。
比较WT和Ovol2-/-分化滋养层的全局转录差异及上皮/间充质基因表达。
对CHIR分化72小时的WT和Ovol2-/- TS细胞进行RNA-seq,并通过RT-qPCR和Western blot检测上皮和间充质标志物。
验证异位Ovol2表达能否部分挽救Ovol2-/-细胞的SynT-I分化和上皮身份缺陷。
Ovol2-/- TS细胞在CHIR分化条件下培养3天后转染pEF-OVOL2或对照,继续CHIR处理最多72小时,RT-qPCR检测Ovol2、Syna、Ctsq及上皮/间充质标志物。
确定Ovol2缺失胎盘在体内是否显示上皮标志物表达降低。
对E9.5 Ovol2+和Ovol2-/-胎盘以及E11.5、E14.5、E17.5 WT胎盘进行E-cadherin和Vimentin免疫荧光,同时用MCT1和MCT4标记SynT区域。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织处理 | Leica TP1020组织处理器 | Leica Microsystems | -- |
| 原位杂交 | RNAscope多重FL v2 HRP | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| Ovol2探针 | Advanced Cell Diagnostics | 558501 | |
| Syna探针 | Advanced Cell Diagnostics | 446701-C3 | |
| Synb探针 | Advanced Cell Diagnostics | 57631-C2 | |
| Fluoromount G封片剂 | Southern Biotech | -- | |
| 原位杂交成像 | Nikon Ti2e转盘共聚焦显微镜 | Nikon Instruments Inc. | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Sigma-Aldrich | -- |
| 胎牛血清 | Wisent | -- | |
| FGF4 | R&D Systems | 235-F4-025 | |
| 肝素 | Sigma-Aldrich | H3149 | |
| 激活素A | R&D Systems | 338-AC-10 | |
| 支原体检测 | MycoAlert支原体检测试剂 | ThermoFisher Scientific | NC0529908 |
| 分化处理 | CHIR99021 | Stemgent | -- |
| 二甲基亚砜 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus Transfection | 101000015 |
| JetBuffer缓冲液 | Polyplus Transfection | 201000003 | |
| OptiMEM培养基 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 免疫组织化学 | Histo-Clear透明剂 | National Diagnostics | -- |
| MCT1抗体 | Sigma-Aldrich | AB1286-I | |
| MCT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376140 | |
| E-Cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | 3195 | |
| Vimentin抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 | |
| DAPI | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 免疫细胞化学 | ZO-1抗体 | ThermoFisher Scientific | 33-9100 |
| ID1抗体 | BioCheck | BCH-1/37-2 | |
| ZEB1抗体 | Cell Signaling Technology | 70512 | |
| Dylight 554偶联鬼笔环肽 | Cell Signaling Technology | 13054 | |
| RNA提取 | TRA-zol | GeneBio Systems | -- |
| RT-qPCR | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | ThermoFisher Scientific | -- |
| Sensifast SYBR Green PCR预混液 | FroggaBio | -- | |
| CFX96仪器 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- |
| 二辛可宁酸测定 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| E-Cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | 14472 | |
| β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| LI-COR Odyssey成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| ChIP-seq | Bioruptor超声破碎仪 | Diagenode | -- |
| OVOL2抗体 | GeneTex | GTX120220 | |
| 兔IgG阴性对照 | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| Sepharose G珠 | Sigma-Aldrich | 17061801 | |
| Qubit荧光计 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| NEBNext Ultra II DNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA-seq | RNeasy柱 | Qiagen | -- |
| Bioanalyzer | Agilent Technologies | -- | |
| NEBNEXT Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | -- | |
| NovaSeq 600测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与样本收集 | Ovol2+/-小鼠背景为C57BL/6;E0.5定义为交配栓检出日;E9.5收集全概念体;WT胎盘收集E11.5、E14.5、E17.5;CD-1用于MEFs。 阅读提示:Methods中Animals和Tissue collection小节。 |
| TS细胞培养与分化 | WT TS细胞为F4系;Ovol2-/- TS细胞来源已发表;CHIR浓度3 μM;分化时间3至7天或最多72 h;干细胞培养基含25 ng/ml FGF4、1 μg/ml heparin、10 ng/ml activin A;70%培养基经MEF预条件。 阅读提示:Methods中Cell culture小节及Table 1、Table 2。 |
| ChIP-seq | WT TS细胞CHIR分化72 h;OVOL2抗体5 μg;兔IgG对照5 μg;3个独立实验重复;Illumina NextSeq 500,75 bp paired-end,至少30 million reads/sample;MACS3 adjusted P < 0.05。 阅读提示:Methods中Chromatin immunoprecipitation sequencing小节。 |
| RNA-seq | WT和Ovol2-/- TS细胞CHIR分化72 h;每组4个样本;RIN > 9.0;NovaSeq 600,100 bp paired-end,至少35 million reads/sample;DESeq2 adjusted P < 0.01,log2(fold change) > 1;DEXSeq adjusted P < 0.01。 阅读提示:Methods中RNA sequencing小节。 |
| 免疫荧光与免疫印迹 | E-cadherin抗体浓度1:400,Vimentin 1:100,MCT1 1:200,MCT4 1:200;Western blot E-cadherin 1:1000,ZEB1 1:1000,Vimentin 1:1000,β-actin 1:1000;生物学重复数N=4至6。 阅读提示:Methods中Immunohistochemistry、Immunocytochemistry和Western blotting小节及Figure legends。 |