研究人群与遗传数据构建
建立认知正常老年多队列样本,获取全基因组测序数据并进行质量控制。
从ADSP Release 4获取8个队列7761名CU老年人的WGS数据,经统一质控和填补后下载自NIAGADS。
Attention-deficit/hyperactivity disorder polygenic risk score and incidence of cognitive impairment in older adults: A prospective multicohort study
多队列前瞻性队列(7761名CU老年人)结合全基因组测序、ADHD-PRS分析、Cox模型及淀粉样蛋白β生物标志物亚样本验证。
ADSP 8个队列的7761名认知正常(CU)老年人 阿尔茨海默病神经影像学倡议(ADNI)等8个队列 ADHD-PRS三分位分组 Aβ生物标志物亚样本(n=1146)
ADHD-PRS作为连续预测变量,按1-SD增加计算风险比(HR=1.11,95% CI 1.02-1.20,P=0.014) 比较ADHD-PRS最高三分位组与最低三分位组的10年累积发病率(33.8% vs 23.4%) 在Cox模型中依次校正教育程度、血管风险评分或APOE ε4状态 使用ASD、BD、MDD、SCZ的PRS作为预测变量进行特异性分析 在Aβ亚样本中检验ADHD-PRS × Aβ状态交互作用(HR=0.95,95% CI 0.69-1.30,P=0.75)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立认知正常老年多队列样本,获取全基因组测序数据并进行质量控制。
从ADSP Release 4获取8个队列7761名CU老年人的WGS数据,经统一质控和填补后下载自NIAGADS。
估计ADHD及其他精神疾病的遗传风险。
使用PRSice-2(v2.3.5)基于ADHD、ASD、BD、MDD、SCZ的GWAS汇总统计量计算PRS,经clumping后跨11个p值阈值计算,取第一主成分作为主要遗传易感性指标,并标准化为z分数。
确定从CU向MCI或AD痴呆的进展。
从ADSP-PHC认知数据集获取协调后的诊断代码(CU、MCI、AD痴呆)和认知复合评分。
检验基线Aβ状态是否改变ADHD-PRS与认知障碍的关联。
获取PET和/或流体生物标志物Aβ状态,定义Aβ基线,进行Cox模型和交互作用检验。
评估ADHD-PRS与认知障碍发病的关联、特异性及稳健性。
使用Kaplan-Meier法估计10年累积发病率,Cox比例风险模型评估关联,线性混合效应模型分析认知复合评分变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 全基因组测序 | Illumina测序技术 | Illumina | -- |
| 多基因风险评分计算 | PRSice-2 版本2.3.5 | -- | -- |
| 群体结构分析 | PLINK 2.0 | -- | -- |
| 统计分析 | R 版本4.4.1 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究人群与队列 | 纳入8个队列的7761名CU老年人,基线定义为年龄≥50岁首次有临床评估的访视,各队列具体纳入排除标准需核对 阅读提示:Methods 2.1 Participants及Supplementary Material Tables S1和S2 |
| ADHD-PRS计算 | 使用PRSice-2 v2.3.5,基于ADHD GWAS汇总统计量,clumping窗口250 kb,LD r2=0.1,11个p值阈值,取第一主成分,标准化为z分数 阅读提示:Methods 2.2 Polygenic risk scores |
| 临床结局判定 | 从ADSP-PHC认知数据集获取协调诊断代码,各队列采用自身诊断方案,需核对具体诊断标准 阅读提示:Methods 2.3 Clinical and cognitive outcomes及Tables S1和S2 |
| Aβ生物标志物亚样本 | Aβ亚样本n=1146,PET阳性阈值Centiloid 25,流体Aβ阳性使用高斯混合模型确定截断值,PET优先于流体,Aβ基线定义为年龄≥50岁首次有Aβ测量的访视 阅读提示:Methods 2.4 Aβ biomarkers及ADSP-PHC-FluidBiomarker_White-Paper_2024.12.16.pdf |
| 统计分析 | 主要Cox模型校正基线年龄、性别、祖先(前三个PC)和队列;敏感性模型额外校正教育程度、血管风险或APOE ε4状态;时间从基线至首次发病诊断,删失于末次随访或10年;双侧α=0.05 阅读提示:Methods 2.7 Statistical analyses及Figure 1 legend |