建立PHx肝再生模型并检测乳酸与乳酸化变化
明确肝再生过程中肝脏乳酸水平和组蛋白乳酸化水平的动态变化
对小鼠进行70% PHx,在术后24、48、72小时检测肝脏乳酸水平,并用Western blot检测H3PanKla、H3K9la和H3K18la水平
Lactate Promotes Liver Regeneration by Increasing Fatty Acid Oxidation Through GCN5-Mediated H3K9 Lactylation
包含小鼠PHx模型、Ldha敲除、细胞、类器官和人肝组织多个独立证据层级,并有功能与机制验证。
70%部分肝切除C57BL/6J小鼠模型 肝细胞特异性Ldha敲除小鼠 AML12小鼠肝细胞系和原代肝细胞 小鼠肝细胞类器官及人肝癌癌旁正常肝组织
NALA剂量:0.05 g/kg处理组肝重体重比和PCNA最高,术前6小时腹腔注射后每日注射 PHx模型:雄性C57BL/6J小鼠22–24 g,70%部分肝切除术,48小时为主要检测时间点 EdU标记:处死前6小时腹腔注射50 mg/kg EdU,用于检测增殖肝细胞 体外处理:AML12细胞使用10 mM NALA处理24小时,类器官使用10 mM NALA处理72小时 基因干预:LDHA-shRNA、GCN5-siRNA、GCN5 WT或E639Q质粒转染,LDHA抑制剂GSK2837808A和MCT1抑制剂AZD3965处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确肝再生过程中肝脏乳酸水平和组蛋白乳酸化水平的动态变化
对小鼠进行70% PHx,在术后24、48、72小时检测肝脏乳酸水平,并用Western blot检测H3PanKla、H3K9la和H3K18la水平
验证外源乳酸是否促进肝再生并确定合适剂量
小鼠术前和术后腹腔注射不同剂量NALA或PBS,检测肝重体重比、PCNA、Ki-67、EdU掺入、乳酸水平、组蛋白乳酸化及细胞周期和干性相关基因mRNA
明确内源乳酸产生对肝再生的必要性以及外源乳酸能否挽救Ldha缺失表型
对Ldhafl/fl和Ldhafl/fl;Alb-Cre小鼠进行PHx,检测肝乳酸、肝重体重比、血清乳酸、Ki-67、PCNA和细胞周期/干性基因;并在Ldha敲除小鼠中补充NALA观察挽救效果
探究细胞内乳酸水平变化是否调节肝细胞增殖、干性和H3乳酸化
使用NALA或MCT1抑制剂AZD3965处理AML12细胞,检测细胞活力、集落形成、H3PanKla/H3K9la/H3K18la及细胞周期和干性相关基因mRNA;并用LDHA抑制剂GSK2837808A或LDHA敲低进一步验证
确定肝细胞中催化H3K9乳酸化的酶和关键氨基酸残基
在HEK293T细胞中共转染Myc-H3与Flag-MOF、Flag-GCN5或Flag-P300,Co-IP检测H3乳酸化;在AML12细胞中敲低GCN5并检测增殖和乳酸化;通过理论建模和E639Q突变验证GCN5与H3K9la的结合及功能
鉴定H3K9乳酸化调控的下游基因及其参与的代谢过程
用PBS或10 mM NALA处理AML12细胞,进行H3K9la CUT&Tag和bulk RNA-seq,结合分析筛选同时具有H3K9la增加和转录上调的基因,并进行KEGG和GO富集分析
在体内、类器官和临床样本中验证乳酸通过H3K9la上调Lipin1及FAO相关基因
在NALA处理或Ldha敲除的PHx肝组织中检测Lipin1总蛋白、核/质蛋白、TG含量、油红O染色和FAO相关基因mRNA;在小鼠肝细胞类器官中检测NALA对生长、H3K9la、PCNA和Lipin1/FAO基因的影响;在人肝癌癌旁正常肝组织中检测H3K9la与PCNA相关性
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Wisent | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 细胞转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| 药物处理 | AZD3965 | Selleck | S7339 |
| GSK2837808A | Selleck | S8590 | |
| NALA | Sigma-Aldrich | 71,718 | |
| EdU掺入实验 | EdU | MedChemExpress | HY-118411 |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Hifair AdvanceFast一步法RT-gDNA消化SuperMix qPCR试剂盒 | Yeason | -- | |
| CFX96 Touch实时PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| qPCR SYBR Green预混液 | Yeason | -- | |
| Western blot | 放射免疫沉淀分析裂解液 | FUDE | -- |
| BCA蛋白检测试剂盒 | FUDE | -- | |
| 核蛋白提取试剂盒 | Solarbio | -- | |
| Co-IP | protein A/G MagPoly磁珠 | Smart-Lifesciences | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | MCE | -- |
| 乳酸测定 | 乳酸检测试剂盒 | Solarbio | -- |
| 甘油三酯测定 | 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| 类器官培养 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| 肝类器官培养基 | JFKR | -- | |
| CUT&Tag | 抗H3K9la抗体 | PTM Bio | -- |
| 抗IgG阴性对照抗体 | PTM Bio | -- | |
| Western blot | 抗β-actin抗体 | CST | 4970S |
| 抗P300抗体 | CST | 57625S | |
| 抗H3抗体 | CST | 4499S | |
| 抗Myc抗体 | CST | 2276S | |
| 抗Flag抗体 | CST | 8146S | |
| 抗Lipin1抗体 | CST | 5195T | |
| 抗H3K18la抗体 | PTM | PTM-1406RM | |
| 抗H3K9la抗体 | PTM | PTM-1419RM | |
| 抗PanKla抗体 | PTM | PTM-1401RM | |
| 抗MOF抗体 | Abcam | ab200660 | |
| 抗GCN5抗体 | Abcam | ab217876 | |
| 抗LDHA抗体 | Invitrogen | PA5-88137 | |
| 抗PCNA抗体 | Proteintech | 60097-1-Ig |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PHx肝再生模型 | 小鼠品系、性别、体重、切除比例、麻醉方式及检测时间点;文中明确为雄性C57BL/6J小鼠22–24 g,70% PHx,异氟烷麻醉,48小时为主要分析点 阅读提示:见Materials and Methods中Animal Experiments小节及Figure 1 legend |
| NALA处理 | NALA剂量、给药途径、给药时间及对照;文中明确0.05 g/kg处理组再生能力最高,术前6小时腹腔注射后每日注射,对照为PBS 阅读提示:见Materials and Methods中Animal Experiments小节及Figure 1 legend |
| Ldha敲除与NALA挽救 | Ldhafl/fl;Alb-Cre小鼠构建方式、对照基因型、PHx后检测时间及NALA处理方案;文中明确由Ldhafl/fl与Alb-Cre杂交,PHx后36或48小时分析,n=5/组 阅读提示:见Materials and Methods中Animal Experiments小节及Figures 1、2 legend |
| 体外细胞处理 | 细胞系、NALA浓度、处理时间、AZD3965和GSK2837808A剂量范围、siRNA/shRNA靶序列及转染后检测时间;文中明确AML12细胞使用10 mM NALA处理24小时,AZD3965处理24小时,GSK2837808A处理24或48小时,转染后48–72小时收集 阅读提示:见Materials and Methods中Cell Lines, Culture, and Transfection、Reagents小节及Table 1、Table 2、Figure 3、4 legend |
| 小鼠肝细胞类器官实验 | 类器官来源、接种细胞数、Matrigel品牌、培养基品牌、NALA浓度、处理时间及检测指标;文中明确每孔24孔板接种20,000–50,000个细胞,Matrigel为Corning,培养基为JFKR,10 mM NALA处理72小时 阅读提示:见Materials and Methods中Murine Hepatocyte Organoid Culture and Analysis小节及Figure 12 legend |
| CUT&Tag与bulk RNA-seq | 细胞处理条件、样本量、抗体和测序平台;文中明确AML12细胞用10 mM NALA处理,CUT&Tag使用100,000细胞/样本,H3K9la抗体和IgG对照来自PTM Bio,RNA-seq由BGI Genomics完成,n=3/组 阅读提示:见Materials and Methods中CUT&Tag, Bulk RNA Sequencing, and Functional Enrichment Analyses小节及Figure 10 legend |
| 人肝组织样本分析 | 样本来源、样本量、伦理批号及检测方法;文中明确来自9例接受肝切除术的肝癌患者癌旁正常肝组织,伦理批号KT2025046,Western blot检测H3K9la和PCNA相关性 阅读提示:见Materials and Methods中Human Liver Tissue Samples小节及Figure 13 legend |