患者队列细胞因子分析与验证
识别与严重iCMP相关的细胞因子,并验证其与LVEF的关联。
在DHZC队列(n=63)和全国队列(n=425)中,使用Olink PEA技术分析EDTA血浆中384种炎症相关蛋白,通过线性回归模型分析细胞因子水平与LVEF的关系。
Cytokine-associated ROS and Ca2+ dysregulation in severe inflammatory cardiomyopathy
包含患者队列(n=63和n=425)的细胞因子分析、iPSC-CMs和HAEC体外功能验证(ROS和Ca2+检测)以及EMR探索性分析,涉及多个独立证据层级。
严重iCMP患者队列(DHZC队列,n=63;全国队列,n=425) 人诱导多能干细胞衍生心肌细胞(iPSC-CMs) 人主动脉内皮细胞(HAECs) 电子病历(EMR)数据队列(n=348)
患者分组依据LVEF:严重iCMP为LVEF≤35%,轻中度iCMP为LVEF>35% 细胞因子暴露浓度:IL-6 8.6 pg/mL、CRIM-1 1000 pg/mL、COLEC-12 6400 pg/mL 细胞因子暴露时间点:24小时和48小时 ROS检测:H2DCFDA assay,染料浓度5 µM,孵育30分钟 钙检测:Fluo-4AM assay,染料浓度100 µM,孵育30分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与严重iCMP相关的细胞因子,并验证其与LVEF的关联。
在DHZC队列(n=63)和全国队列(n=425)中,使用Olink PEA技术分析EDTA血浆中384种炎症相关蛋白,通过线性回归模型分析细胞因子水平与LVEF的关系。
建立体外细胞模型,验证心肌细胞身份,用于后续功能实验。
将hiPSCs分化为iPSC-CMs,并通过免疫荧光染色(TNNT2、SAA、MYBPC3)和RT-PCR(TNNT2、MYH2、MYH7、TNNI3、ACTC1)验证;培养原代HAECs至第6代。
评估COLEC-12、CRIM-1和IL-6对iPSC-CMs和HAECs中ROS产生的影响。
将细胞暴露于细胞因子24和48小时,使用H2DCFDA assay检测ROS产生,以H2O2作为阳性对照。
评估COLEC-12、CRIM-1和IL-6对iPSC-CMs和HAECs中细胞内钙水平的影响。
将细胞暴露于细胞因子24和48小时,使用Fluo-4AM assay检测钙流入,以KCl作为阳性对照,通过荧光显微镜观察。
探索性评估临床使用的细胞因子抑制剂是否与心脏损伤标志物降低相关。
从Charité三个风湿科部门筛选EMR数据,分析接受IL-6或JAK抑制剂治疗的患者中hs-TnT和NT-proBNP水平变化,使用匹配队列和配对样本方法。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| E8培养基 | -- | -- | |
| EDTA | Thermo Fisher | 15575020 | |
| RPMI培养基 | Life Technologies | 11875093 | |
| B27补充剂 | Life Technologies | 17504044 | |
| TrypLE消化液 | Life Technologies | 12604013 | |
| 内皮细胞基础培养基 | PromoCell | C-22211 | |
| 补充剂包 | PromoCell | C-39211 | |
| 胎牛血清 | Pan-Biotech | P40-47500 | |
| 青霉素/链霉素 | Fa Sigma | 4049 | |
| 蛋白质暴露 | IL-6 | Biotechne | 206-IL |
| CRIM-1 | Biotechne | 1917-CM-050 | |
| COLEC-12 | Biotechne | 2690-CL-050 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Gibco | 14190-144 | |
| 牛血清白蛋白 | Pan-Biotech | P40-47500 | |
| ROS检测 | H2DCFDA试剂盒 | Thermo Fisher | D399 |
| 磷酸盐缓冲液 | Thermo Fisher | 70011044 | |
| 钙检测 | Fluo-4 AM试剂盒 | Thermo Fisher | F14201 |
| Tyrode缓冲液 | Thermo Scientific | J67607.K2 | |
| 免疫荧光 | 0.2% Triton X-100 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 抗TNNT2抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抗SAA抗体 | Sigma | -- | |
| 抗MYBPC3抗体 | Abcam | -- | |
| Alexa Fluor标记二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RT-PCR | miRNeasy微量试剂盒 | Qiagen | 217084 |
| DNase | Thermo Fisher Scientific | AM1907 | |
| TaqMan基因表达检测 | Applied Biosystems | -- | |
| TaqMan基因表达预混液 | Applied Biosystems | 4369016 | |
| 设备 | CLARIOstar Plus酶标仪 | BMG Labtech | -- |
| Zeiss Axiovert 25显微镜 | Zeiss | -- | |
| KEYENCE BZ-9000显微镜 | KEYENCE | -- | |
| LSM 710 Meta共聚焦激光扫描显微镜 | Zeiss | -- | |
| Abbott StepOnePlus RT-PCR系统 | Abbott | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列细胞因子分析 | 样本类型(EDTA血浆)、细胞因子检测方法(Olink PEA)、统计模型协变量(队列、性别、年龄)、FDR阈值(<0.05) 阅读提示:Methods 2.3 Cytokine analysis和2.4 Statistical analysis of patient samples |
| iPSC-CMs分化与表征 | 分化方案(小分子-based protocol)、分化天数(第20-25天使用)、验证方法(免疫荧光和RT-PCR) 阅读提示:Methods 2.5 Cardiac differentiation of iPSCs和Supplementary Figures S1、S2 |
| HAECs培养 | 细胞来源(Cell Applications,Cat. No. 304-05a,Lot:2139)、培养基成分(Endothelial Cell Basal Medium + Supplement Pack + 10% FBS + 1% P/S)、使用代数(第6代) 阅读提示:Methods 2.6 Preparation of primary HAECs |
| 细胞因子暴露 | 细胞因子浓度(IL-6 8.6 pg/mL、CRIM-1 1000 pg/mL、COLEC-12 6400 pg/mL)、暴露时间(24和48小时)、溶剂(PBS + 0.1% BSA) 阅读提示:Methods 2.7 Protein exposure |
| ROS检测 | H2DCFDA浓度(5 µM)、孵育时间(30分钟)、阳性对照(H2O2终浓度1.29 M)、检测设备(CLARIOstar Plus) 阅读提示:Methods 2.8 Quantitative ROS production analysis using the H2DCFDA assay |
| 钙检测 | Fluo-4AM浓度(100 µM)、孵育时间(30分钟)、阳性对照(1 M KCl)、检测设备(KEYENCE BZ-9000显微镜) 阅读提示:Methods 2.9 Qualitative calcium in- and efflux analysis with fluo-4AM |
| EMR数据分析 | 患者筛选标准(接受IL-6或JAK抑制剂)、匹配标准(年龄、性别、肾功能不全、共病)、排除标准(GFR<30 mL/min/m2)、统计方法 阅读提示:Methods 2.11 Evaluation for potential correlation of cytokines in EMR real-world data |