队列数据收集与睡眠表型评估
获取多队列参与者的睡眠测量和遗传数据,定义多种睡眠表型。
从HCHS/SOL、MESA、ARIC、BHS四个队列中收集睡眠问卷和遗传数据,根据睡眠时长、WHIIRS、ESS等定义短睡眠、长睡眠、失眠和日间过度嗜睡的不同阈值。
Using Polygenic Risk Scores to Evaluate Definitions of Self-Reported Sleep Phenotypes Across Cohorts
基于四个队列的遗传关联分析,有明确实验方法和验证结果,但未涉及功能或机制验证。
HCHS/SOL队列(N=12 182,西班牙裔/拉丁裔) MESA队列(N=2085,多种族) ARIC队列(N=1550,欧洲血统为主) BHS队列(N=1078,白人和黑人)
睡眠表型定义阈值:短睡眠≤5、<6、≤6、<7小时;长睡眠>8、≥9、>9、≥10小时 PRS构建方法:UKB PRS-CS、MVP PRS-CS、MVP PRS-CSx及组合PRS 协变量调整:年龄、性别、中心、祖源主成分(HCHS/SOL和MESA为5个,ARIC和BHS为10个) 荟萃分析模型:固定效应逆方差加权,异质性p<0.05时报告随机效应结果 样本量:总N=16 895,各队列样本量及病例数见表2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取多队列参与者的睡眠测量和遗传数据,定义多种睡眠表型。
从HCHS/SOL、MESA、ARIC、BHS四个队列中收集睡眠问卷和遗传数据,根据睡眠时长、WHIIRS、ESS等定义短睡眠、长睡眠、失眠和日间过度嗜睡的不同阈值。
基于UKB和MVP的GWAS汇总统计量构建睡眠PRS。
使用PRS-CS和PRS-CSx方法,基于UKB(欧洲血统)和MVP(多种族)的GWAS结果构建PRS,包括单一来源和组合PRS。
评估各PRS与相应睡眠表型定义的关联强度。
在每个队列中使用逻辑回归或线性回归,调整年龄、性别、中心、祖源主成分等,估计PRS每增加1个标准差与睡眠表型的关联,然后进行荟萃分析。
验证主要结果的稳健性并探索睡眠定义与认知和心血管性状的关联。
使用MESA visit 4数据、BMI调整、性别分层进行敏感性分析;分析睡眠定义与DSST和高血压的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因分型 | Illumina HumanOmni2.5-8 BeadChip | Illumina | -- |
| Affymetrix GeneChip SNP Array 6.0 | Affymetrix | -- | |
| Illumina Human610 BeadChip | Illumina | -- | |
| 基因型填充 | TOPMed填充服务器 | -- | -- |
| PRS构建 | PRS-CS | -- | -- |
| PRS-CSx | -- | -- | |
| PLINK | -- | -- | |
| PRSice | -- | -- | |
| 荟萃分析 | GWAMA v.2.2.2 | -- | -- |
| 统计分析 | R | -- | -- |
| 方差解释率分析 | r2redux R包 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列选择与样本量 | 各队列纳入分析的样本量及睡眠和遗传数据完整性:HCHS/SOL visit 1(N=12 182)、MESA visit 5(N=2085)和visit 4(N=5384)、ARIC visit 4(N=1550)、BHS Biceps visit(N=1078) 阅读提示:Methods中Cohort studies部分及Table 2 |
| 睡眠表型定义 | 短睡眠和长睡眠的阈值(≤5、<6、≤6、<7小时;>8、≥9、>9、≥10小时)、失眠WHIIRS阈值(≥9、≥10、3问题≥5、≥6)、EDS ESS阈值(≥10、≥11、≥12)及一般问题分类 阅读提示:Methods中Sleep phenotypes部分及Figure 1 |
| PRS构建 | UKB和MVP GWAS汇总统计量来源、PRS-CS和PRS-CSx参数设置、参考面板选择、目标数据版本 阅读提示:Methods中Sleep polygenic risk scores部分及Supplemental Table 1 |
| 统计模型与协变量 | 逻辑或线性回归模型、协变量(年龄、性别、中心、祖源主成分数量)、BHS种族调整、HCHS/SOL抽样权重、荟萃分析方法 阅读提示:Methods中Statistical analysis部分 |
| 敏感性分析条件 | MESA visit 4敏感性分析、BMI调整分析、性别分层分析的具体设置 阅读提示:Methods中Statistical analysis及Results中相应段落 |