IL7R mRNA-LNP制备与表征
构建并验证IL7R mRNA脂质纳米颗粒的理化性质。
使用线性化DNA模板进行体外转录,以N1-mψ-UTP替代UTP合成修饰mRNA;将mRNA与脂质混合物通过T-mixer混合、透析、浓缩和过滤,并检测粒径、分布、RNA浓度和包封率。
IL7R mRNA therapy enhances antitumor T cell immunity and suppresses tumor growth in preclinical tumor models
含B16和LLC两种同基因小鼠模型,体外qRT-PCR/ELISA、流式、Luminex、RNA-seq和TCR测序多种验证。
B16黑色素瘤同基因小鼠模型 Lewis肺癌(LLC)同基因小鼠模型 C57BL/6小鼠
IL7R mRNA总剂量15 µg/次,瘤内7 µg联合静脉8 µg,每3天一次共3次(第0、3、6天)。 对照设置:PBS、空LNP,空LNP采用相同瘤内+静脉联合途径并匹配体积。 B16和LLC细胞接种数量分别为0.3×10⁶和0.5×10⁶,皮下植入右侧腹。 治疗起始时间:肿瘤达到约50 mm³时开始。 流式细胞术每样本至少收集10,000个活CD45+事件。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建并验证IL7R mRNA脂质纳米颗粒的理化性质。
使用线性化DNA模板进行体外转录,以N1-mψ-UTP替代UTP合成修饰mRNA;将mRNA与脂质混合物通过T-mixer混合、透析、浓缩和过滤,并检测粒径、分布、RNA浓度和包封率。
验证IL7R mRNA在荷瘤小鼠体内能否增加IL7R表达。
在B16和LLC荷瘤小鼠中给予IL7R mRNA或对照,使用ELISA检测肿瘤裂解液和血清中IL7R蛋白,使用qRT-PCR检测肿瘤组织中IL7R转录本。
评估IL7R mRNA治疗是否与肿瘤和淋巴组织中T细胞浸润变化相关。
制备肿瘤、脾脏和肿瘤引流淋巴结单细胞悬液,通过流式细胞术检测CD45、CD3、CD4和CD8 T细胞群体。
评估IL7R mRNA治疗能否抑制肿瘤生长并延长生存期。
在肿瘤达到约50 mm³时开始治疗,给予IL7R mRNA或对照,监测肿瘤体积和生存,并检测体重及血清肝肾功能指标。
探究IL7R mRNA治疗相关的系统性和组织水平免疫激活及转录组重塑。
使用Luminex 17-plex检测血清细胞因子,对肿瘤、脾脏和肿瘤引流淋巴结进行bulk RNA测序,并进行差异表达、通路富集和免疫去卷积分析。
评估IL7R mRNA治疗是否改变肿瘤内T细胞受体库。
对对照组和IL7R mRNA治疗组肿瘤样本进行TCRβ测序,分析库多样性、克隆频率和克隆共享。
在人类癌症数据中分析IL7R表达与T细胞标志物、CD8 T细胞浸润和患者生存的关联。
分析公共肿瘤数据集中IL7R表达与CD3、CD4、CD8转录本的相关性,以及IL7R表达与无复发生存和总生存的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| mRNA合成 | 质粒C011KJRFG0-3/PH09006 | GenScript Incorporation | -- |
| LNP制备 | 透析盒 | Thermo Scientific | A52976 |
| 粒径检测 | Malvern Zetasizer Nano-ZS | Malvern | -- |
| IL7R蛋白定量 | 小鼠白细胞介素-7受体α亚基(IL7R)ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-EL011670MO |
| 流式分析 | CD45-FITC抗体 | BioLegend | 103107 |
| CD3-PerCP/Cyanine5.5抗体 | BioLegend | 100217 | |
| CD4-PE抗体 | BioLegend | 100408 | |
| CD8a-APC抗体 | BioLegend | 100712 | |
| TruStain FcX抗小鼠CD16/32 | BioLegend | 101319 | |
| 红细胞裂解液(10×) | BioLegend | 420301 | |
| Beckman Coulter CytoFLEX S流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 细胞因子检测 | ProcartaPlex小鼠17重细胞因子检测panel | Thermo Fisher | EPX170-26087-901 |
| Luminex 200仪器 | -- | -- | |
| RNA提取与质控 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA质控 | Agilent 5300生物分析仪 | Agilent | -- |
| NanoDrop ND-2000 | NanoDrop | -- | |
| RNA测序 | Illumina链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq X Plus平台 | Illumina | -- | |
| 基因表达分析 | RNA-simple总RNA提取试剂盒 | TIANGEN | -- |
| HiScript II第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | -- | |
| AceQ qPCR SYBR Green预混液 | Vazyme | -- | |
| QuantStudio 1 Plus System PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| TCR测序 | TRIzol | Thermo Fisher | -- |
| 基于UMI的链特异性试剂盒 | Kangce Biotechnology | -- | |
| Illumina NovaSeq X Plus | Illumina | -- | |
| 组织消化 | IV型胶原酶 | -- | -- |
| 透明质酸酶 | -- | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、周龄、性别、来源;B16和LLC细胞接种数量;皮下植入位置;肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods中Cell lines and mouse tumor models小节 |
| IL7R mRNA-LNP制备与表征 | 脂质摩尔比;mRNA与脂质比例;缓冲液pH;粒径、PDI和包封率;储存条件 阅读提示:Methods中Lipid-nanoparticle encapsulation of the mRNA小节及Figure 1A |
| 治疗给药方案 | IL7R mRNA总剂量;瘤内和静脉剂量分配;给药频率和次数;对照设置;治疗起始肿瘤体积 阅读提示:Methods中Treatment regimen小节及Figure 3A,B |
| 流式细胞术免疫表型分析 | 抗体克隆号、品牌、货号和稀释比例;Fc阻断条件;红细胞裂解;收集事件数 阅读提示:Methods中Flow cytometry小节及Figure 2A |
| 细胞因子检测 | 检测panel品牌和货号;检测的17种细胞因子;标准曲线拟合模型 阅读提示:Methods中Cytokine profiling by Luminex assay小节及Figure 4A,B |
| RNA测序与生物信息分析 | RNA质控标准;文库构建试剂盒;测序平台和读长;比对基因组和软件;差异表达阈值;富集分析校正方法 阅读提示:Methods中RNA sequencing and bioinformatic analysis小节及Supplementary Methods |
| TCR测序 | RNA提取试剂;TCR文库构建试剂盒品牌;测序平台和读长;数据处理软件及版本 阅读提示:Methods中TCR sequencing小节及Figure 7 |
| 生存分析 | 生存曲线比较方法;公共数据集来源;统计检验方法和显著性阈值 阅读提示:Methods中Survival analysis和Statistical analysis小节及Figure 3E–H |